十九世纪中期，大清王朝被国内的太平天国起义和捻军起义搞得焦头烂额，清朝统治者把防范重点都集中在了江南和华北平原一带。因此，清朝对西部的控制力就变得越来越薄弱，不少敌对势力开始抬头。
1862年，西北地区发生民变，清廷虽然派出了军队进行前去平定叛乱，但却未能将其成功镇压下去。
1865年，与新疆接壤的浩罕汗国乘着清朝内部混乱，派出被称为“中亚屠夫”的将领阿古柏入侵新疆。由于清朝在西北地区的兵力投入严重不足，所以阿古柏的军队在新疆大肆攻城掠地，扩充势力。到了1870年，阿古柏已控制了整个南疆以及北疆的部分地区。在接连不断胜利的鼓舞下，阿古柏决定自立为王，建立“洪福汗国”。
与此同时，北方的沙俄（沙皇俄国）也趁机出兵，占领了新疆伊犁，并假惺惺地的声明一旦清朝重新控制新疆，就将伊犁交还给清朝。事实上，沙俄显然认为软弱无力的清朝再也不可能恢复它在新疆的统治了。
直到1873年，太平天国和捻军的残余势力才基本被剿灭，清朝终于准备腾出手来向新疆进军。可此时却又发生了一件意外：日本入侵台湾。日本出动的兵力只有3000余人，可是驻守台湾的清军却完全抵达不住日本人的进攻。此事后来在英国公使的调节下得到解决，没有演变成更大的事件，但清朝海防力量的薄弱却完全暴露出来。因此，清朝政府就面临着一个很伤脑筋的问题：在资金有限的情况下，到底是先建设海防，还是先侧重边防？
当时朝廷中的官员分成了“海防派”和“边防派”。海防派的领袖人物李鸿章向朝廷建议放弃向新疆出兵，他提出了五个建议：1、边防不如海防重要和紧迫，因为北京距离海岸近，而距离新疆遥远；2、由于沙俄在新疆也建立了势力，所以向新疆出兵没有必胜把握；3、新疆土地贫瘠（当时清朝人还不知道新疆资源的丰富程度），不值得花那么高的代价急于收复；4、新疆离帝国中心太遥远，兵力薄弱，很难长期固守；5、延缓收复新疆的时间，并不是要放弃新疆，待到日后实力充足时，再大举出兵。
边防派领袖人物左宗棠也不甘示弱，同样向朝廷提出了五个建议：1、新疆是西北防务第一线，一旦失去新疆，蒙古就岌岌可危；2、海防虽重要，但西方列强目前并无意入侵，而沙俄在新疆的推进已成为主要威胁；3、沿海防务已有固定军费，不宜再将边防军费转用于海防；4、新疆是列祖列宗百战经营下来的土地，万万不可放弃；5、新疆的一些战略要地尤其应当率先收复。最后，左宗棠还警告说现在一旦放弃出兵新疆，将来再想收复恐怕就是难上加难。
海防派和边防派的建议各有各的道理，不过沿海暂时没有直接纠纷，新疆的地位却岌岌可危。于是，清廷决定任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，率领清军收复新疆。最终，左宗棠不负众望，在短短一年多的时间内就指挥清军消灭了侵占新疆的阿古柏势力，维护了中国的主权和领土完整，左宗棠也因此名垂青史。
假如当初清廷接受了李鸿章的建议，以晚清的实力，恐怕真的再也无力收复新疆了。从这个角度来看，幸好他的建议未被采纳。不过，换个角度来看，如果从那时候起就注重海防建设，后来的“中日甲午战争”清朝也许未必会一败涂地。当然历史没有如果，不曾发生过的事情，谁又能预料的到结果会如何呢？
