1644年，北京被李自成的农民军攻破，崇祯于煤山自缢身亡，明政权覆亡。此时，南方又相继出现弘光、隆武、永历几个小王朝，史称“南明王朝”，最后一任皇帝是永历帝。
自上而下信奉天主教的小朝廷
明朝中后期，西方很多传教士到中国来进行传教，天主教在中国也逐渐传教成功，特别在那些达官贵人之中，多数是信奉天主教的。
南明三个小朝廷的皇帝都与天主教的传教士有联系。
弘光帝的父亲福王朱常洵结识了在开封传教的意大利人毕方济，后弘光帝在南京登基后召毕方济前来相助。1645年毕方济受命前往澳门求葡萄牙驰援，不过在半路上，弘光政权就亡了。
隆武帝也很早就与毕方济相识，1645年闰六月，隆武帝在福建登基，召其负责联络澳门事宜。
与南明前两任任皇帝相比，永历帝朱由榔与天主教的渊源最为深远。
公元1646年，云贵总督何腾蛟等拥立桂王朱由榔在肇庆称帝，即永历皇帝。
肇庆是利玛窦传教的地方，至明末已发展到2500 多信徒。永历朝中最先入教的是司礼太监庞天寿，教名亚基楼·契利斯当。庞天寿是顺天府大兴人，崇祯时期的御马太监，北京城陷落不久，奉敕至南京事弘光帝，管两广珠池、两广征税，南京陷落后，侍奉隆武帝，改任司礼监。隆武帝希望通过耶稣会士从澳门获得西方军事援助，就派庞天寿和毕方济前往澳门求援，途中又闻隆武帝死了，就辗转肇庆，带300葡兵“保卫”永历帝。
当时耶稣会在三个政权里都有传教士，如大西政权里有两个传教士安文思和利类思；清军进关后汤若望留在北京；随南明朝南迁的有毕方济、瞿纱微、卜弥格诸教士。而毕方济作为在弘光、隆武两朝都备受重用，因此在永历朝依然被倚重，但是此时他年事已高，于1649年于广州逝世。与永历帝关系密切的传教士是德国人瞿纱微和波兰人卜弥格。
在瞿纱微的推动下，永历朝里信教的人越来越多，甚至宫中都设有小教堂。皇太后，和皇后接受了受洗仪式，永历帝嫡母王太后教名为赫肋纳，永历生母马太后教名马利亚，皇后教名亚纳，太子慈煊教名公斯当定。大臣里，瞿式耜等四十余人入了教，妃嫔入教的也达到五十余人，太监更多。甚至永历皇帝本人也想入教的，但因妻妾成群，按教规不能受洗礼。
不久，瞿纱微又进献西历，永历帝下令颁行，很快有大臣指斥“瞿纱微擅用夷历，乱祖宪”，于是又恢复《大统历》的使用。同年，皇太后赫肋纳派庞天寿前往澳门，请求主教司铎为明王室祈福。葡萄牙总督热情地款待了使者，还赠予庞天寿一百支火铳，还派兵“保护”永历帝。
南明最后的特使--卜弥格
随着南明政权的局势越来越严峻，1651年永历帝在大太监庞天寿的建议下，决定派遣一个传教士卜弥格作为南明特使，前往罗马教廷求援。
永历帝以嫡母王太后的名义致信罗马教皇，信的原文是：“太明宁圣慈肃太后赫肋纳致谕于诺曾爵、代天主耶稣在世总师、公教皇主、圣父座前:窃念赫肋纳本中国女子，深处皇宫，惟知闺中之礼，未谙域外之教。赖有耶稣会士瞿纱微在我皇朝，敷扬圣教，传闻自外，予始知之，遂尔信心，敬领圣洗，使皇太后玛利亚，中宫皇后亚纳及皇太子当定，并请入教领圣洗，三年于兹矣。虽知沥血披诚，未获涓埃报答。每思诣圣父座前亲聆圣诲，虑兹远国难臻，仰风徒切。伏乞圣父向天主前，怜我等罪人，去世之日，赐罪罚全赦。更望圣父与与圣公教之会，求天主保我国中兴太平，传我大明十八代帝、大明第十二世孙，主臣等悉知敬真主耶稣。更冀圣父多遣耶稣会士来，广传圣教。如斯诸事，俱惟怜念，种种眷慕，非口所宜。仿有耶稣会士卜弥格，知我中国事情，即令回国致言我之差圣父前，彼能详述鄙意也。俟太平之时，即遣使官来到圣伯多禄·圣保罗台前，致仪行礼。伏望圣鉴兹愚悃，特谕。永历四年十月十一日。”
瞿纱微和卜弥格将该信译成拉丁文，写在黄绢金边的卷轴上，又另写一封“致耶稣会大尊总师神父”的信，和庞天寿呈罗马教皇书及呈耶稣会长书都让卜弥格带去。至今这些珍贵文书都还在罗马教廷宣教部档册里。
传教士卜弥格，于1612年出生在波兰勒阿波城一个笃信天主教的贵族家庭，从小受良好教育，二十七岁时加入耶稣会。由于他擅长于数学和生物学，被耶稣总会派往中国北京，进入钦天监工作，以及进行传教活动和学术活动。1642年，卜弥格由里斯本乘船前往澳门，经过三年的海上行程，于1645年(弘光元年)抵达越南北圻，随即前往中国海南岛传教。
当时，在欧洲的世界地图上还没标有海南岛等附近岛屿。卜弥格将这些岛屿都加进了自己所绘制的中国地图，还准确标注了不少大城市的地点，之后，欧洲人在此基础上绘制出精准世界地图。卜弥格还著有《中国植物志》，这是欧洲第一部关于中国生物多样性的著作。里面有作者手绘的芒果、荔枝和菠萝蜜等，欧洲人大开眼界，此外这些动植物除了有拉丁文学名和罗马拼音名字外，还详细的中文标注。开启了汉字出现在了欧洲的出版物上的先河。
翌年初春，卜弥格出使罗马，随行的有年仅十九岁的中国教徒秦安德。抵达澳门后，葡萄牙当局见清军迅速南下，不愿惹是生非，于是加以阻拦，不过最后还是暗地里让他们出行。
1653年1月，经过一年多的艰难跋涉，卜弥格一行人抵达罗马，但是罗马教皇不敢确认来使的真伪，于是迟迟没有给永历朝廷回信。
实际上，尽管当时罗马教廷仍在欧洲留有很强的实力，但是处于危机中的南明王朝，却跑到几万里之外的罗马去搬兵，远水救得了近火么？况且当时的耶稣会对中国的政治当局实施多边“讨好”的政策，派卫匡国前往欧洲上书梵蒂冈，说卜弥格代表的南明朝快完了，因此尽管卜弥格穿着明朝的衣服前往觐见，梵蒂冈根本没有重视卜弥格的建议。
直到两年后，最后，教廷实在没办法拖延了，礼节性地接见卜弥格，新教皇亚历山大七世才回复了王太后的信件，即“答王太后烈纳书”，就将他打发了。
1656年，卜弥格带着教宗给南明王太后和太监庞天寿的信离开欧洲前往中国。两年后才抵达澳门，只是广州已被清军占领，澳门当局哪里敢接待南明特使？没办法的卜弥格只好又返回越南，想从陆路回中国。
只是由于旅途劳顿，卜弥格病倒了，不久就在死在中越边界线上。他身旁的两个小修士，将他埋在了中越边界线上。
