大明天启朝之后，年仅十六岁的新君朱由检即位，这就是历史上明朝最后一位皇帝崇祯。
即位之初，崇祯就干掉了令举国上下闻风丧胆的太监魏忠贤，还进行了彻底得有些过头的清算。
当时的大明帝国虽然海神内忧外患，天灾人祸频繁，但是至少从朝廷看去，仍然气象一新。清算也随之开始，很多阉党被清除掉或者被赶走了，许多不是阉党的也被当成阉党赶走了，如在济南保卫战中殉国的李应荐。当年未被阉党杀死的东林党人们开始陆续还朝秉政，悼念殉难君子。这时候，熊文灿出山了。
其实，在福建任上时，熊文灿实施的安抚政策，就是以金银财宝开路的。以“买通”的方式招降海盗郑芝龙等人后，就依赖郑芝龙之力，以“以贼杀贼”的方式平定福建的海贼。在两广总督任上时，他也是依靠郑芝龙，剿灭了大海盗刘香。
熊文灿在闽广之地为官的日子久了，家里堆满了无数奇珍异宝，当然送入京中权门贵府的也不少，目的只有一个，那就是希望朝廷能恩准自长期“管理”镇岭南，享受荣华富贵。
可见，熊文灿是一个大言虚妄的人。
不过，说海盗头子刘香死了也只是熊文灿一面之词，崇祯还是有所怀疑的，他命太监以采购货物为名前往广东巡视，兼并“考察”熊文灿。
为了巴结高层，熊文灿金山银山地招待这位公公，并极尽奉承巴结。
一次宴会上，这位太监言谈之余，提及了“流寇”。谁知当时酒喝高了的熊文灿拍案而起，大骂：“诸臣误国！如果我熊文灿前去，岂能令鼠辈猖獗如是！”
太监一听，惊喜万分，连忙站起来，说道：“我来此地非为采买货物，实是奉皇上之命观察您熊公的为人。熊公有当世大才，只有您可以杀平中原流贼。”
这话，要是搁在别人身上，还真的是一条喜讯，可问题是它的对象是熊文灿啊。
果然，一听这话，酒醉熏熏的熊文灿随即被吓醒，他后悔得扇了自己几个大耳光。为了让这位公公认为自己无才，熊文灿还以自己情急之下弄出的去中原剿贼的“五难四不可”为理由不想去了。
那公公还是坚持自己的意见，说道：“熊公您甭推辞了，我回去入禀皇上，倘若陛下有意，您也不能推辞大任。”
崇祯得知，就问杨嗣昌。这个杨嗣昌，对熊文灿既不是好朋友，更不了解，就随即向崇祯推荐，说熊文灿绝对为人才。实际上，杨嗣昌这样推荐，主要还是因为朝中好友姚明恭。这姚明恭，与熊文灿是姻亲，因此他才劝杨嗣昌要将熊文灿当成心腹来用。
公元1637年（崇祯十年）四月，熊文灿出任大明帝国兵部尚书兼右副都御史，总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。
可谓熊文灿的悲剧人生拉开帷幕。
熊文灿上任后的第一件事就是：调遣明将左良玉六千精兵做自己的“保镖”，又在广东当地招募两千多新兵，带上“高科技”火器就去赴任了。
当他经过庐山时，见到昔日好友高僧空隐，空隐劝他：“流贼不同海贼，招抚之计不可轻用。如果师出不胜，性命不保。”
熊文灿自知自己倒霉透了，但是那有什么办法呢，谁叫自己吹那么大的牛呢？
那左良玉是一名桀骜的大将，根本不听调遣，带的那些广东士兵都说粤语，还天天斗殴，乱成一团。
熊文灿只好给这些广东士兵发放路费，让他们回老家种田去。
杨嗣昌得知后，另外派五千边兵给熊文灿，还在崇祯面前拍胸脯说：“三月平贼。”
那熊文灿督主军务后，确实是连打胜仗，农民起义一度转入低潮。
次年五月，当熊文灿再次使出在福建屡试不爽的招降故技，招抚张献忠、刘国能投降时，谁知那极有心计的张献忠，名义上是归顺了，实际上是向熊文灿催索饷银，屯兵数万于谷城，伺机而动。
果然，1639年（崇祯十二年）五月，张献忠再次反叛，势如破竹。
崇祯勃然大怒，派杨嗣昌取代熊文灿。
那杨嗣昌一到，就将熊文灿下狱。
即使熊文灿的亲家姚明恭当时已身居相位，也救不了他。
次年十月，熊文灿以抚议误国罪被斩首于北京西市。
