▲bpRNA
近日，美国俄勒冈州立大学的研究人员开发出一种被称为bpRNA的计算机程序，用于注释RNA的二级结构（单个核酸聚合物或两种聚合物之间的碱基配对交互作用），使我们可以更进一步地理解突变遗传物质与疾病之间的联系。
“RNA是生命中最基本的分子之一，我们需要了解RNA的结构，以了解它们是如何运作的。许多疾病都与RNA的突变相关，这些突变可能影响了RNA的结构。为了统计分析突变与疾病的相关性，我们需要自动化分析RNA结构。”俄勒冈州立大学的David Hendrix说。
5月20日发表在《核酸研究》上的论文呈现了迄今为止最大和最详细的RNA二级结构数据库。
“bpRNA能够解析RNA结构，包括含有伪节点的RNA，最终会对所有环、茎和伪结点给出一个客观的、精确的、易于解释的描述，我们还可以得到每一个结构特征的位置、序列和碱基对，bpRNA使我们能够大规模地研究RNA结构。”
“bpRNA是一个元数据库，但我们的特殊之处是注释一切的工具，在没有办法以自动化的方式指出所有的结构特征之前，我们提供了一个颜色编码的地图，显示了所有结构的位置。这些注释将使我们能够对RNA结构形成统计趋势，并可能为机器学习算法打开一扇门，使其能够以不可能的方式预测RNA二级结构。”Hendrix说。
研究人员已经成功地在10多万个结构上测试了这个工具，其中很多都非常复杂，有很多伪结点。
“每天都有新的RNA被发现，研究人员在理解它们的功能方面取得了巨大的进步。我们开始意识到，除了信使RNA，基因组中充满了非编码RNA，它们是重要的生物分子，对人类健康和疾病有重大影响。”Hendrix说。
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编译：花花 审稿：三水 责编：南熙
