关于孔子在鲁国任大司寇时诛杀过少正卯之事，最早见《荀子·宥坐》载：孔子为鲁摄相，朝七日而诛少正卯。门人进问曰：夫少正卯，鲁之闻人也，夫子为政而始诛之，得无失乎？孔子曰：居，吾语汝其故。人有恶者五，而盗窃不与焉。一曰心达而险，二曰行辟而坚，三曰言伪而辩，四曰记丑而博，五曰顺非而泽，此五者，有一于人，则不得免于君子之诛，而少正卯兼有之。故居处足以聚徒成群。言谈足以饰邪营众，强足以反是独立，此小人之桀雄也，不可不诛也。
由于记载十分生动传神，后世不少古书据此转述，将它当作真事。如至《孔子家语》里就更加细化了“诛乱政大夫少正卯，戮之于两观之下，尸于朝三日”。不过，《荀子》中的“门人”却改为“子贡”。
此外，《吕氏春秋》、《说苑》、《史记·孔子世家》等不仅有记载，还给出了另一种理由:少正卯与孔子一向不和，原来孔子讲学时，少正卯也收徒讲学。由于他讲学效果好，影响大，学生比孔子的还多，曾使孔子的讲课处“三盈三虚”，即孔子的满门弟子，被少正卯讲学所吸引，多次离开孔子之门。
不过，这样的记载在《荀子》之前都没有找到相关记录，加上孔子又是儒家圣人，后世不少大儒认为“孔子诛杀少正卯”是假的。
其中就有南宋理学大儒朱熹，认为“齐鲁陋儒愤圣人之失职，故为此说以夸其权耳。”
清朝崔述《洙泗考信录》也认为：“此盖申韩之徒言刑名者，诬圣人以自饰，必非孔子之事”。此外，孔子仅是齐鲁两国交往的礼相，职位虽为司寇，却在季孙氏诸人之下，无权诛杀大夫，怎可能杀掉“鲁之闻人”少正卯呢？
两人都是从维护圣人之名方面反对此事，且列出的理由也斑白无力，让人难以信服。
此后，很多学者都给出了不同的反对理由。
首先，孔子的主张为“仁”，怎么会新官上任仅7七天就诛杀一个国家大夫呢？
其次，就算有，为何《论语》所不载，子思孟子都从没提起呢？为何要等到250 年后的荀子首次披露了孔子诛少正卯的整个事件，荀子的根据又是什么呢？
实际上，梳理整个事件我们不难发现，只要是儒家思想影响不大的时代，这件事就会被提出来。如孔子之后的两百多年，孔子的后人及门人可能出于维护圣人“名誉”出发，从来不提及此事，如朱熹等。而荀子、司马迁等人生活的时代，儒家思想影响还没有那么大，于是这些人根据一些史书，就将此事记载出来。
加上年代久远，留下的史料又少之又少，此事真的还“无迹可寻”。
其实，朱熹是理学大家,用气理将儒学贯通,为儒教的诞生奠定基础，为孔子鸣冤，还是情有可原的。
可见，“孔子诛杀少正卯”之事还是有的，但是这也并不影响孔子作为一个大思想家的名誉。
南怀瑾先生在《论语别裁》中讲：“子曰：巧言乱德，小不忍，则乱大谋。”时，认为这里的“忍”字有两种解释，一是人要忍耐、凡事要忍耐、包容一点，如果一点小事不能容忍，脾气一来，坏了大事。许多大事失败，常常都由于小地方搞坏的；另一意思即为作事要有忍劲，狠得下来，有决断，有时候碰到一件事情，一下子就要决断，坚忍下来，才能成事，否则不当机立断，以后就会很麻烦，姑息养奸，也是小不忍。
正因少正卯巧言乱德的能力，那一套学说对当时的社会会产生不好的影响，于是，孔子当机立断，将他诛杀。
