历史的遗迹并不仅仅是遗迹的存在，如《风雨天一阁》中的天一阁，“它只是一个藏书楼，但实际上已成为一种极端艰难、又极端悲怆的文化奇迹”，然而要让它继续地存留下来，它还有待于整理，但“在文化信息密集、文化沟通便捷的现代，它的主要意义已不是以书籍的实际内容给社会以知识，而是作为一种古典文化事业的象征存在着，让人联想到中国文化保存是何等悲怆和神圣。”
作者在描写敦煌灿烂文化所遭受的苦难的同时，利用巧妙的“两难”构思给读者留下很大的思考和讨论的空间：面对灿烂的文化遗产，我们该如何反思？我们不能选择时光倒流来竭力保护它，更不能阻止当时科学家的文物挖掘。
当时清政府的腐败和无能以及文物管理者王圆箓的愚昧无知，让我们深刻地体会到，只有在健全的社会环境下培养和提高全民的文化良知才是唯一出路。
谈文化总是离不开要谈文化知识分子。在《风雨天一阁》中，余秋雨说到，“范钦的选择，碰撞到了我近年来特别关心的一个命题：基于健全人格的文化良知，或者倒过来说，基于文化良知的健全人格”，“他以一种冷竣的理性提炼了丰坊也会有的文化良知，使之变成一种清醒的社会行为。相比之下，他的社会人格比较强健，只有这种人才能把文化事业管理起来。太纯粹的艺术家或学者在社会人格上大多缺少旋转力，是办不好这种事情的”。这里除了要有文化良知外，还要求有健全人格的知识分子。“一个成功的藏书家在人格上至少是一个强健的人”，“范钦身上所支撑着的一种超越意气、超越嗜好、超越才情，因此也超越时间的意志力。这种意志力在很长时间内的表现常常让人感到过于冷漠、严峻，甚至不近人情，但天一阁就是靠着它延续至今的”。
该书的写作摆脱了传统散文过于“小我”的思路,一扫委靡之气,转而变成“大我”,叙事抒情“不小气”，且书中选取的题材和现代人关注的问题紧密相扣,从中建立感情的脉络,赋予自然景物和人生命运感悟。
