“李陵之祸”是司马迁最大的不幸，生前因此而被施腐刑，身后也被认为是为投降者辩护而获罪之人。
关于李陵投降的原委，据《汉书·李广苏建传》载：天汉二年（公元前 99 年），凭借强大的国力，汉武帝刘彻一改以往妥协的和亲政策，采用战争的手段来解决汉匈关系。
他派自己的宠妃李夫人的哥哥，贰师将军李广利领兵征伐匈奴，趁此借军功封侯，另派西汉名将“飞将军”李广的孙子李陵“将辎重”。李陵拒绝了汉武帝的命令，率五千步兵独自出征，以分散匈奴对李广利的军事压力。
可是，李陵凭着自己所率领的五千士兵，皆为荆楚地方的勇士，要求自当一面，到兰千山以分单于兵。最后，武帝同意了李陵的要求，并派强弩都尉路博德将兵半道迎李陵。
但是，路博德不甘心只做李陵的“陪衬”，故意拖延出发时间，被武帝怀疑是李陵后悔而不出兵，于是他仓促命李陵于九月必须出兵。
在君疑将忌的情况下，李陵率领五千人步兵出居延，向北行军三十天，到浚嵇山安营扎寨。
谁知，匈奴三万骑兵很快包围了浚嵇山汉军大营。
不过，由于李陵沉着应战，千弩齐发，匈奴纷纷中箭倒地；而那些已经走上山的匈奴兵，接着也被汉军追击，损失数千人，单于大，不得不再次召集八万多骑兵发起攻击。
次日，李陵又斩首三千多匈奴兵，单于“使其子将骑击陵，陵复杀数千人，单于不能破，乃还。”
而匈奴的骑兵骑兵源源不断，战事紧急，正在这关键时刻，李陵的军侯管敢却归降了匈奴。
管敢不但将李陵的军情泄露给单于，还彻底出卖了他。李陵弓箭都用完了，只能凭借砍断的车辐和尺刀继续还击匈奴，士兵战死得更多了。
李陵想独自杀向单于，并一刀结果他，却未能成功。这时，身边的一些将领开始劝李陵罢兵，将来或许还能得到武帝用对待客人的礼节礼遇自己。
然而，李陵却说：“吾不死，非壮士也。”他打发其他士兵回长安报武帝，在弹尽粮绝又无后援的情况下，自己和韩延年以及壮士等仅数十人，与匈奴进行决战，最终还是当了俘虏。
在二十倍于己兵力的情况下，李陵仅凭五千步兵，杀敌上万，可见战斗异常悲壮激烈，这在武帝对匈奴的战争史上也少见。被俘时，李陵说：“无面目报陛下”。
等到李陵投降的消息，朝廷内外震荡，爱好征伐的汉武帝为之食不甘味，愁容满面，文武大员争相贬谪李陵，以亲媚主上。
深受先秦士族精神熏陶的司马迁认为他有必要站出来说句公道话，虽然他自己也不知道具体的战报，只是凭借自己对李陵为人的认识与赞赏，他坚信李陵不会背叛国家的，一定有不得已的原因，希望武帝的宽恕。
但是，正直往往是遭遇到迫害，就因为这一句话，被误认为是欺君罔上，诋毁贰师被施以宫刑。
司马迁与李陵之间的关系从司马迁原话：“夫仆与李陵俱居门下，素非能相善也。趣舍异路，未尝衔盃酒，接殷勤之余欢。然仆观其为人，自守奇士：事亲孝，与士信，临财廉，取予义，分别有让，恭俭下人，常思奋不顾身，以徇国家之急。其素所蓄积也，仆以为有国士之风。夫人臣出万死不顾一生之计，赴公家之难，斯以奇矣。”
可以看出，他之所以敢于站出来为这位他认为有国士之风的李陵说一句公道话，完全是因为出于一个史官的正直。有必要“献款款之愚，以广主上之意，塞睚眦之辞。”从这个意义上讲司马迁就是在实践先秦士族的优秀精神。
