司马迁写史的另一指导思想是要“通古今之变”。
他从其卓越的史识中体会到，要连贯地考察历史的变化，才能更好地展示人类历史的全貌。他“网罗天下放失旧闻，王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事”。
司马迁对社会状况作过广泛考察，对汉武帝盛世下的社会危机深有体察。如当时豪强富商兼并土地，与民争利;武帝兴利兴功，边衅不断;酷吏残民，俊幸得宠;百家己暗，儒学独尊等等，他认为“物盛而衰，固其变也”，他“见盛观衰”，从“盛”的表象中看出了“衰”的征兆.因此，他以略古详今，“原始察终”等方法去“通古今之变”，比较深刻地反映了历史变化发展的前因后果。
不仅仅是政治领域，在思想、学术等领域，也有很多事令司马迁陷入彻夜长思。汉武帝支持的尊儒的风气大盛，儒学原是有明确的政治主张和鲜明的原则的。现在五经博士所起劲鼓吹的已不复是孔子之学，大多变成了空洞的说教，毫无原则地投皇上之所好，丧失了原来的理想。
在这个过程中，他不得不以大量精力去考察社会条件、形势、人事及经济生活等，这使他渐渐产生了这样一个认识:要通变，要探究人间历史的变化及事件的因果，仅把它们归于“天命”“天授”是绝对不行的。
因为还有形势、人事、经济诸多原因存在，必须从这些情况入手，否则不可能使古今变化通贯下来.因此，在“原始察终”的过程中，司马迁看到历史变化的原动力在人而不在天，人在一定的客观历史条件下进行着改变历史的活动，“天人之际”中人是起主导作用的。
