黑旗军原是太平天国时期活动于广东、广西边境的一支农民起义军。太平天国运动失败后，退至中越边境保胜一带，因以七星黑旗为战旗，故称黑旗军，其领袖是刘永福。
法国侵略越南时，黑旗军应越南政府之邀援越抗法，多次重创法军。中法战争期间，黑旗军在西线战场配合清军阻击法军，获著名临洮大捷。1895年在反割台斗争中，黑旗军同台湾义军浴血奋战，弹尽粮绝后随刘永福内渡。黑旗军在近代反侵略斗争中有着重要贡献。
说到黑旗军就不得不提其领袖刘永福。
刘永福，原名刘义，字渊亭，是我国近代史上著名爱国将领。祖籍广西钦州，后随父母迁徙广西上思。二十岁时父母亡故，他参加天地会起义，率众归属吴亚忠部，任旗头，驻守在归顺州（广西靖西），抗击清政府军。太平天国运动失败后，率三百人跨界退入越南境内，取代粤人何均昌占据的越南保胜。刘永福在胜保设卡厘税，俨然地方长官。
至于为何称为“黑旗军”，还是有很多说法的。
首先，是因以七星黑旗为大纛，且与“太平军”有联络，故其部被人称为“黑旗军”，或“黑旗长毛”。
其次，依据部属的回忆。说刘永福曾对别人说过自己生来很黑，又不识字，觉得与黑色相配。
不过，以我们当代学者对太平天国的研究发现，洪秀全率部北伐时，广西天地会确实响应起义，也都是打着太平天国农民军某部的旗号，但是并不直接接受太平天国农民军的领导。
《刘永福历史草》里是这样记载的：“安德有一北帝庙，最应。公在庙前制七星黑旗一面（黑旗军之始也）”。
不管怎样，我们还是来看看黑旗军的战斗力如何吧。
同治年间，法国人看到自己之前开市的越南西贡，获得的利益越来越好，就想控制整个越南。为此，法国人不惜与越南土匪首领黄崇英勾结，想让黄的数万“黄旗军”打前锋，之后就是逐步推进。到了1873年（同治十二年），，法国将领安邺率军攻破越南河内。越南国王遣使诏谕刘永福归诚，并许诺，一旦成功就封爵。
刘永福随即率领黑旗军前往驰援， 在河内城西纸桥与法军进行激战。由于黑旗军英勇善战，大败法军，并杀死安邺。后越南国王任命刘永福为三宣副提督，管辖宣光、兴化、山西（越南）三省。
中法战争爆发后，刘永福率黑旗军三千人前往抗法。两军相遇于河内西面的纸桥，刘永福见敌人在武器上占优势，决定采用伏击战，在河内纸桥重创敌军，史称“第一次纸桥大捷”。
可由于清政府指挥不当，中法战争的胜利成果付之东流。
1894年，甲午中日战争爆发，刘永福率黑旗军赴台驻守。面对清朝政府与日本签订的《马关条约》要将台湾割让给日本，刘永福坚决反对，发出：“自问年将六十，万死不辞，愿众志成城，制挺胜敌”的誓言。之后，他领导台湾地区军民浴血奋战长达五个月，击毙日寇三万多人，击毙日军多名大将。
日军司令曾亲自致书刘永福劝降，英国领事也出面斡旋，结果都被刘永福严词拒绝。同年10月，由于弹尽粮绝，刘永福几次派人向大清求援，但是都被李鸿章拒绝。刘永福不得不换乘英国轮船潜回大陆。
1917年，享年八十岁的刘永福在钦州家中含恨而终。
