公元399年（东晋隆安三年），会稽人孙恩起兵举事，余众由孙恩妹夫卢循领导，史称“孙恩卢循之乱”。
当代很多学者认为“孙恩卢循之乱”是受到了天师道的影响，理由之一就是起义军首领孙恩是五斗米道道士。
五斗米道又称天师道，由道教演变而来。
关于道教，现在很多学者都认为道教正式成为宗教的标志就是--汉末张道陵“创建”了天师道。
往后，张鲁控制汉中，实行政教合一，成为割据一方的军阀，没想到最后被曹操所灭。曹操见汉中的天师道力量雄厚，为防止再次“叛乱”，干脆将这里的天师道组织打散，把信徒全部迁往全国各地。但是，分散天师道，也恰恰产生了另外一个问题--促进或者演化出了葛氏道、李家道、帛氏道等道派，之后还出现了上清派与灵宝派。至南北朝时期，天师道又分为南北天师道，各自还进行了道教改革。
相传东晋末年南方五斗米道的首领是钱塘人杜子恭。我们都知道，当时的一些“宗教”首领为了控制信徒，都会很多小把戏，就是今天的魔术。而杜子恭的小把戏就是可以利用水中的鱼给千百里外的信徒远距离传递物品，这在现在看来完全就是骗人的，可是在当时，这些信徒都认为这是杜子恭的法术。
杜子恭死后，其弟子孙泰继承其衣钵，成为本地五斗米道的教主，而这孙泰正是孙恩的叔父。
公元398年（东晋隆安二年），孙泰暗中号召数千名信徒准备趁乱起义，谁知消息封锁不严被东晋朝廷诱捕斩首，他的六个儿子也一起被砍头了，只有孙恩带领百余人侥幸逃到海岛（舟山群岛）。
孙泰死后，信徒们就将孙恩当作他在人世间的代表。而孙恩的脸皮也很厚，竟自称“征东将军”，还将部下都称作“长生人”。
仅仅一年后，孙恩重振旗鼓，亲率数十万信徒渡海登陆，横扫东南。
很快，起义军得到三吴地区庶族地主的支持，当地的客佃、奴隶和农民纷纷响应。
孙恩连续杀了吴兴大守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道、太子洗马孔福、乌程令夏侯愔之后，获得了浙东八郡作为根据地。
可是他并没有建立政权，又由于他所代表的是浙东庶族地主的利益，不可能与东晋王朝分道扬镳，他还做着招安的美梦。
自称征东将军后，孙恩上表晋安帝，将司马道子、司马元显父子作为替罪羊，历数两人之罪，并请诛以谢天下。事后，孙恩无不得意地对手下说：“天下无复事矣，当与诸君朝服而至建康。”
可仅仅一个月后，司马元显指挥谢琰和刘牢之两支大军先后攻克义兴、吴兴和吴郡，迅速向钱塘江推进，并很快渡过钱塘江，向会稽进攻。
孙恩再次退回舟山群岛，做起他的海盗之梦。
公元402年三月，桓玄取代司马道子父子，成为东晋权臣。
孙恩以为机会来了，再次来攻。不料，在临海郡被太守辛昺打得落荒而逃。
加上去年也曾被刘裕打败，此战之后，孙恩的数十万大军还剩下几千人，他害怕被官府的人抓到，因为他知道自己的下场会很惨，于是干脆投海自尽。
孙恩死后，其妹夫卢循率领剩余信徒又转战八九年，最后才被东晋剿灭。
