【博科园-科学科普-留言评论或建议有惊喜哦~( ^_^)】DNA通常被称为“生命之书”,但这个流行的说法让一些生物学家感到不安。诚然DNA承载着我们的基因,它阐明了我们的细胞用来制造蛋白质的指令——那些构成我们身体的工作马分子,并使生命中的每一件事都成为可能。但是基因编码的蛋白质“蓝图”与特定细胞的蛋白质含量之间的精确关系并不清楚。当一个基因被激活和其消息复制到一个RNA分子,生物学家可以不再一定知道如果它导致制造的蛋白质比银行家知道支票写的它的一个客户最终会被兑现。多亏了DNA和RNA测序的进步,生物学家非常擅长于了解基因的编码在任何时刻被复制到RNA信息中,这是制造蛋白质的第一步。
对DNA双螺旋结构的描述,四个编码单元(A、T、C、G)分别用粉色、橙色、紫色和黄色标注。图片版权:NHGRI
但是他们不太擅长找出这些RNA信息到底是如何快速地从终端到细胞工厂,被称为核糖体,在那里合成蛋白质。现在来自冷泉港实验室(CSHL)、石溪大学(SBU)和约翰霍普金斯大学(JHU)的多学科研究团队已经发布了软件,可以帮助生物学家更准确地确定这一点。使用单细胞酵母菌和常见的微生物大肠杆菌来演示他们的新程序叫做scikitribo。scikito - ribo就像一套数学矫正镜片,设计成“放置于”2009年推出的一种方法,名为Riboseq。后者揭示了细胞将RNA转化成蛋白质的速度和速度。CSHL和JHU的定量生物学家Michael Schatz博士说,这是一个巨大的进步,他与CSHL的博士、医学博士、医学博士、博士、博士、SBU的一名刚毕业的博士的工作密切相关。方才知道如何构建矫正镜片,使核糖体数据能够被聚焦。
使用先进的统计建模技术来解释核糖体不是以统一的速度工作,而是倾向于暂停——例如,当它们在传入的RNA信息中遇到发夹形状的扭结时。scikito -ribo也过滤出了噪声,这些噪声干扰了Riboseq的原始结果。现在,这两种方法可以一起使用来生成更准确的图像,在特定的核糖体上读取RNA信息,也许最重要的是,产生了多少功能蛋白。实际上制造的蛋白质的数量可能与给定基因表达的数量是相同的。有一个更可靠的了解方法将有助于疾病研究。CSHL的里昂在2011年发现的一种罕见的人类发展疾病——奥格登综合征(Ogden Syndrome)的背景下,利用scikito - ribo来探索核糖体将某些RNA信息转化为蛋白质的能力。在这种情况下,新的方法被用来研究在核糖体翻译中的错误可能与疾病因果关系有关的假设。
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参考:Cell Systems
内容:经“博科园”判定符合今主流科学
来自:冷泉港实验室
编译:双螺旋
审校:博科园
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