1898年6 月15日（光绪二十四年四月二十七日），戊戌变法的第四天，光绪帝突然将翁同龢革职。
要知道，翁同龢是两朝帝师，又任军机大臣，在他六十年的为官生涯中，做过许多大事，如平反杨乃武与小白菜的冤假错案；卷入甲午战争洪流；支持盛宣怀等创办中国第一家自办银行（中国通商银行），由户部拨100万两“生息官款”存于中国通商银行；举荐康梁等维新人才，亲自草拟《明定国是诏》。
可谓光绪帝所器重的大臣。
那么，这位两朝帝师为何最后被革职呢？
首先是光绪帝不满说。光绪帝主持的戊戌变法才展开四天，正是用人之际，像翁同龢这样的重臣，肯定应该是重用的，除非“不为我所用”。
“帝……此时已怀了变政的决心，觉得翁公过于持重，常常掣他的肘，心上也不愿意，遂……去翁。”（张孝若《南通张季直先生传记》）。
另，翁同龢在日记里也曾提到自己被革职前就因两件事“与帝不协”，为光绪所不满。这两件事分别是德国亲王亨利二世来华的接待礼节问题和光绪帝要他通知康有为将《明治变政考》等书再抄一份进呈，翁却以“臣以康素不往来”，认为康有为“此人居心叵测”，引起光绪帝的不满。
实际上，康有为还是翁同酥举荐给光绪帝的，后来见光绪与康有为洽谈甚欢，引起翁同龢的不满，就在光绪面前说康有为的坏话，引起光绪帝反感。
此外，也有人说翁同酥常以“帝师”自居，根本不把光绪帝放在眼里。据载，一次与光绪争执，翁同龢竟持砚投光绪，虽未击中，但墨汁溅在光绪衣服上。
还有人认为翁同酥是得罪了李鸿章和慈禧。原来甲午战败后，翁同龢想方设法逃避责任，将罪责推到李鸿章头上，甚至提议将其斩首。这也就罢了，翁同酥还称慈禧太后修颐和园挪用了海军军费，其实北洋水师多年未添寸舰，完全是翁同龢等人裁撤相关经费的结果，结果是得罪了“后党”。
关于此事，裘毓麔在《翁常熟去官之远因》中有详细描述：“翁常熟去官，言人人殊，其实甲午后，慈眷尚隆，其失眷在丁酉（1897年）秋冬，有旨交户部提款百万，搭排云殿彩棚，以万寿期近也（后生朝十月初十日），常熟持不可，内务府某大臣希后旨，遽拨百万与之。后意甚怒。逾月，太后召见内务府大臣时，尚申詈常熟不置也。未几常熟竟开缺。”
