指令制导是由制导站发出指令控制导弹飞行的制导方式。制导站可设在地面、海上（舰载）或空中（机载）。按指令传输方式，有无线指令制导和有线指令制导两种。
最常用的无线指令制导是微波雷达指令制导。制导雷达测量目标和导弹的运动参数，输入计算机进行计算，产生制导指令。弹上设备将接收到的制导指令转变成控制信号，控制导弹飞向目标。如果采用相控阵雷达，还可以同时引导多枚导弹攻击多个目标。但在制导过程中制导站需要连续进行跟踪和发出指令，易受到电子干扰和反辐射导弹的攻击。所以制导雷达必须采取多种抗干扰措施，才能提高生存能力。
“爱国者”导弹是一种无线指令制导的导弹，美国为使“爱国者”导弹兼具反飞机和反战术导弹的能力，从1984年开始研制“爱国者”-2，导弹的外型尺寸和火力单元构成与“爱国者”-1相同，增加了拦截导弹的控制程序，提高了杀伤威力。“爱国者”-2曾在海湾战争中用于拦截伊拉克的“飞毛腿”导弹。
另一种无线指令制导的导弹为“战斧”巡航导弹，该导弹实战使用是在1991年海湾战争期间，美军向伊拉克境内目标从海上共发射288枚“战斧”巡航导弹和空射35枚巡航导弹，取得显著战果。
有线指令制导是利用导弹拖曳的导线传送制导指令，主要用于射程在几千米以内步兵携带或直升机装载的反坦克导弹，它依靠射手目视观测发现目标，有人工发送指令和计算机自动发送指令两种形式。前者称人工指令制导，后者称半自动指令制导。
线导鱼雷是从潜艇、水面舰艇或反潜直升机发射，通过导线传输制导指令将鱼雷导向目标。用于攻击潜艇或水面舰艇。线导鱼雷的主要优点是命中精度高，抗干扰性好。线导鱼雷一般都装有末段声自导系统，鱼雷在接近目标进入声自导作用距离时启动声自导系统，开始自主搜索、跟踪、识别目标直至命中。
有限指令的最新发展是光纤制导。这种制导的优点是精度高、抗干扰能力强，并可用于攻击障碍物后面人眼看不到的目标。
电视制导炸弹是利用电视导引头引导投向目标的制导炸弹。其工作过程是：当飞行员目视发现目标后，将电视摄像机对准目标，拍摄的目标图像显示在座舱的荧光屏上，飞行员操纵飞机对目标进行跟踪。在合适的高度和距离准备投弹的一瞬间，将目标图像储存入炸弹电视导引头存储器并立即投弹。在炸弹下落过程中，导引头继续对目标进行拍摄，并将图像与已存入的图像对比，引导炸弹沿预定弹道飞向目标。电视制导炸弹命中精度高，载机在投弹后可迅速脱离，但只能再天气良好的白天使用。典型型号有美国的“小牛”AGM-65和AGM-130等。
