南京是中国四大古都之一，有“六朝古都”、“十朝都会”之称。古时的称谓有：金陵、建康、江宁、石头城、天京、应天、博爱之都、虎踞龙蟠等。
195年，孙策渡江占据丹阳、江乘、胡孰、秣陵等县。208年前后，诸葛亮出使江东，观察南京山川形胜，作出了“钟阜龙蟠，石头虎踞”的著名评语。211年，孙权听从谋士张纮之言，自京口迁秣陵，改名建业。229年，孙权称帝，是为吴大帝，自武昌还都建业，是为南京为国都之始。吴石头城遗址在今南京城西草场门至清凉门之间。
280年，西晋灭吴，改建业为建邺。后因避晋愍帝司马邺之讳，改名建康。琅玡王司马睿南渡，以建康为根基。317年，司马睿即位，是为晋元帝，东晋正式建立，定都建康。
420年，刘裕代晋称帝，是为宋武帝，宋立国，都建康。479年，萧道成代宋称帝，是为齐高帝，齐立国，都建康。502年，萧衍代齐称帝，是为梁武帝，梁立国，都建康。557年，陈霸先代梁称帝，是为陈武帝，陈立国，都建康。
吴、东晋、宋、齐、梁、陈合称六朝，故南京被称为六朝古都。今南京图书馆保留有六朝建康城遗址。六朝建康城为当时世界上最大的城市，人口达百万。经济发达，文化繁盛，在江南保存了华夏文化之正朔。
作为首都自然安全是第一位的，而能对首都形成威胁的无非内忧和外患；内忧多起于饥荒，而南京位于江浙之地，作为鱼米之乡，饥荒自然也就不会直接威胁首都；外患在中国历史上多是北方游牧民族，而南京地处江南远离北方直接威胁，且从北到南有多道屏障，极大的拉长了侵略战争的时间长度，有效发挥粮食后勤充足的优势；除此之外，税收也是国家的重要问题，而南京地处江南腹地，极大降低运输成本。
