不少人认为腐乳是一种类似咸菜一样不健康的食品，其实不然。腐乳虽存在盐分偏高的问题，但它同时具有较高的营养价值和含有大豆异黄酮等保健成分。
腐乳是用黄豆作为主要原料，先制成豆腐坯，然后接种霉菌进行发酵，利用微生物酶分解豆腐里的蛋白质、脂肪和多糖，接着再搓去菌丝进行腌制，使它的水分含量降低，最后再进行后熟发酵。它既是一种佐餐品，也是一种调味品。因为有效提高了黄豆的消化率和生物价，被欧美人称为“中国奶酪”。
因菌种、配料、腌制时间和后熟时间等的不同，腐乳按色泽风味分为红腐乳、白腐乳、青腐乳（“臭豆腐”）、酱腐乳等。
红腐乳的红色主要来自红曲菌产生的红色色素，白腐乳的乳黄色来自黄酮类物质，在霉菌所产生的儿茶酚氧化酶作用下缓慢氧化产生黄色，青腐乳的淡青色来自氨基酸分解产生的硫与金属离子结合所产生的色泽。
腐乳有丰富的风味。轻微的酸味来自发酵产生的乳酸和琥珀酸，淡淡的甜味来自淀粉水解产生的还原糖和脂肪水解产生的甘油，以及额外添加上去的白砂糖等，鲜味主要来自大豆蛋白质分解产生的氨基酸和微生物菌体分解产生的核苷酸钠盐，此外，还有黄酒、酒酿、花椒、辣椒、各种香辛料等风味调料。
腐乳的营养非常丰富，如蛋白质含量大多在8%-12%之间，B族维生素含量丰富，尤其是维生素B12和维生素B2，其中维生素B12含量比豆腐高6-7倍。其中以红腐乳的营养价值最高。此外，还含有丰富的钙、镁、磷等矿物质。
腐乳除了含有大豆具有的营养价值外，经过微生物的发酵，还将大豆中的苦腥味、胀气因子（如低聚糖）和抗营养因子（如胰蛋白酶抑制剂、植酸）等不足之处都克服了，植酸的下降提高了铁等矿物质的吸收率。
腐乳不仅营养丰富，还含有生理活性物质，如大豆异黄酮、大豆皂苷。研究表明，在腐乳发酵后过程中，大豆异黄酮的含量呈上升趋势，而且比起大豆中的大豆异黄酮，它在人体的利用率更高。
最后，腐乳不像咸菜那样容易存在亚硝酸盐的问题。
唯一需要注意的是，腐乳中盐含量的问题。一块10克的腐乳（以含盐量6%计算）含盐0.6克，并不算高。所以只要吃得合理，对于普通正常人来说问题不大。
具体如何做呢？那就是，把腐乳中的盐拿来代替正常饮食中的盐，而不是作为一种额外的添加。比如吃白粥、馒头、或面汤时，可以配点腐乳代替咸菜来吃；或者在炖鲤鱼、做白切鸡、红烧肉等时把腐乳当成调料，用来代替盐和酱油；当然也可以和青菜一起炒，以及做一些凉拌菜等。
