清军入关，建立了清王朝后，沿袭了明朝的内阁制度。然而，内阁在清朝成为定制，却经历了相当长的时间，共历时二十七年，直至康熙九年才确定下来。
清朝内阁的主要官员定为大学士满、汉各一人，均为正一品；协办大学士满、汉各一人，均为从一品；学士满六人，汉四人，均为从二品。内阁大学士地位极为尊崇，每一大学士均有殿阁头衔，如文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士等，内阁大学士也被尊称为“中堂”。
清朝内阁的主要职能为：凡各处官员上呈的奏章，先由内阁代拟批旨（替皇帝拟出几种处理意见），再进呈皇帝；对于皇帝的诏令，也由内阁下达六部等衙门执行。
雍正皇帝继位后，认为内阁权利过大，影响中央集权的稳定，于是便借“紧急处理西北军务”为契机设立了“军机处”。
军机处总揽军政大权，完全置于皇帝的直接掌握之下，成为最高国家机关。但军机处无编制、无定员，人员任免都由皇帝一人决定，因此在形式上始终处于临时机构的地位。
军机处机构极为简洁，只有军机大臣、军机章京两层，有官无吏，队伍精干。这使得军机处工作流程简捷，效率极高，皇帝能专注于军政大事，将国家资源投放到最需要的地方，极大的提升了中央机枢决策效率。
军机处的设置，取代了议政王参与议政的权力和内阁的“票拟批答”的职权。此后，皇帝通过军机处将机密谕旨直接寄给地方督抚，称为“廷寄”；各地督抚也将重大问题直送军机处转皇帝审批，称为“奏折”，不再像过去经过内阁奏报批答，也无需交议政王大臣会议议决。可见，军机处的创设，大大削弱了内阁之权，使之成为一个徒有虚衔，却不得干预机务的经办例行公事的机关。随着许多机密大事、军国要务都由军机处办理，“内阁宰辅，名存而已”。
