与日本人短暂的起源不同，我国境内有70万年前的北京人，60万年前的元谋人（以前认为170万年），而现在发现最古老的日本人人骨，大约属于2万年前至3万年前的冰河期时代。
但问题是，北京人是现代中国人的直系祖先吗？
北京人，又叫北京猿人，属于直立人。直立人与现代人类有着很大程度的相似，不过脑容量还只有现代人的74%。它们有更平的前额和更小的牙齿。
1929年，我国考古工作者在北京周口店发现了一个完整的北京人头盖骨化石。北京人生活在距今约71万年至23万年，还保留了猿的某些特征，但手脚分工明显，能制造和使用工具，会使用天然火。
50多年来，中国考古学家先后在云南元谋、陕西蓝田、安徽和县等地发现了60多处古人类化石地点以及千馀处旧石器时代文化遗址。中国考古学家认为，从以北京人为代表的直立人到现代中国人，中间没有间断，是河网状不断推进附带少量杂交而来的。因此中国的现代人类起源于本土的早期智人。北京人作为现代中国人的直系祖先之一，被写入历史书。
但这种说法受到分子人类学研究的挑战。基于对现代人群线粒体DNA和Y染色体的分析，证明现代人约于20—10万年前在非洲东部出现，并至少于6万年前进入东亚。美国德克萨斯大学休士顿医学中心人类遗传学中心的科学家金力与中国一些科研单位合作研究后也撰文指出，目前的基因证据并不支持现代中国人有独立起源的说法。他们认为，在10万年前至4万年前之间的东亚地区，事实上存在一个化石“断档”期，即这一阶段的人类遗址非常少见。6万到4万年前源于非洲的现代人到达现在中国南部，并逐渐取代了亚洲大地上的古人。北京人这一直立人种分支早已灭绝了，并不是现代人的直系祖先。
遗憾的不只是我们，欧洲曾经也认为他们有远古的传承和独立起源，认为他们是60万年前的海德堡人（德国境内的直立人）和12万年前的尼安德特人（德国境内的晚期智人）的后代。但现在也不得不承认，他们的直系祖先来自非洲，4万年前才迁移过来。
