淝水之战后，谢氏失掉了中枢执政权和北府兵权，晋孝武帝的弟弟司马道子掌握了中枢政权。孝武帝与司马道子不久便产生矛盾。为了制衡司马道子，孝武帝任命外戚王恭（孝武帝王皇后的哥哥）出镇京口，控制北府军以支持皇帝。孝武帝死后，司马道子一手遮天，与王国宝、司马尚之等人合谋削弱外镇实力。王恭自以为手握北府兵便有恃无恐，伙同荆州刺史殷仲堪、南郡公桓玄（桓温之少子）起兵进攻建康。司马道子手中无兵，于是杀了王国宝向王恭等人谢罪，王恭没有识破司马道子的缓兵之计，暂时退回京口。然而双方矛盾并未解决。公元398年，王恭再度联合殷、桓起兵，兵锋直指建康，其所用主力，自然是北府军。
北府军将领、王恭的司马刘牢之劝王恭不要对抗中央，但王恭不听，刘牢之因此对王恭产生了异心。加之王恭自视甚高，看不起流民出身的刘牢之，二者早有嫌隙。司马道子看准了这一点，派人策反刘牢之，并许诺，如果刘牢之帮助中央平叛，事成之后，中央将任命刘牢之为北府军的最高长官。刘牢之心动，和儿子刘敬宣密谋，不料被参军何澹之告发。但是王恭不信刘牢之要背叛他，一如既往信任刘牢之。刘牢之遂起兵归顺中央，并反戈一击，将王恭打的败逃，随后王恭被司马道子俘虏后杀掉。刘牢之遂被任命为都督徐、青、兖等州军事。此时王恭的盟友殷仲堪、杨佺期、桓玄举兵威逼建康，上表为王恭申诉冤屈，刘牢之率北府军渡江驰援建康。殷、杨等人没有打败北府兵的把握，因此在司马道子承诺不再侵犯荆州、江州等方镇的利益后，纷纷退兵。
王恭之乱标志着北府军开始介入东晋士族内斗，然而作为北府首领的刘牢之既没有足够威望，也没有士族根底，在诸多大族争斗中，他显然没有充分的准备和足够的政治素质，这使得北府军的命运开始走向衰败。
桓玄、殷仲堪、杨佺期等人随后也发生了内斗。最终桓玄凭借桓氏在荆州的积威，先后攻灭殷、杨，将荆州、江州等8州的军政大权收归己有，桓氏的势力又恢复到桓温时代的规模。这一问题引起东晋中央的警觉，晋孝武帝采取诸多措施意图遏制桓氏势力。恰巧这时三吴地区发生了孙恩、卢循领导的叛乱，桓玄借口帮助中央平定叛军，起兵东下威胁建康。看到政治羁縻已经无法阻止桓玄的野心，司马道子和他的儿子司马元显遂起兵讨伐桓玄，所用军队，自然是刘牢之统率的北府军。
桓玄兵多地广，实力强盛，北府军则挟有战胜前秦的余威，麻杆打狼两头怕，桓玄和司马元显彼此都颇为忌惮，一时对峙下来。正在此时，北府军又出现了问题。这次问题又出在了刘牢之身上。他和司马元显素来不和，生恐司马元显哪天夺去自己的兵权。因此他虽然出兵，却逗留不进，意图让桓军攻进建康，借桓玄之手除掉司马道子、司马元显父子，他再出手干掉桓玄，从而夺取更大的权力。这位四体发达却头脑简单的将军把如意算盘打的啪啪响，但他却太低估了桓玄这个枭雄的智慧。
火中取栗的事不是每个人都能干的。北府军虽然有实力，但与桓玄、司马道子等掌握数州之地的大族相比，北府军没有可资凭借的士族力量、土地、人民和财赋，其实力仅停留在战斗力层面上。即使曾经通过背叛王恭而成功地取得数州军权，刘牢之和桓玄仍有云泥之别。这一点，北府军将领何无忌、刘裕等人都看的非常清楚，力劝刘牢之不要再次叛变。刘牢之一意孤行，举全军投降桓玄。如此一来，全局形势顿时形成一边倒，桓玄以压倒性优势打进建康，废杀司马道子父子。与此同时，桓玄又迅速夺取刘牢之兵权，任命他为会稽太守。
刘牢之明白桓玄的意图，他拒不受命，企图返回江北与桓玄对抗。然而刘牢之的反复无常早已让北府军将士心灰意冷，参与到士族内斗本非下层将士所愿，现在首领又朝三暮四，于是官兵拒不听从刘牢之的安排。此后桓玄遣军进攻刘牢之，刘牢之万念俱灰，自缢而死。桓玄随后以其弟桓修统领北府兵，北府军权再次易手。桓玄为了彻底瓦解北府军，从建制和驻地上打乱北府军，将其配给桓氏诸兄弟。值得注意的是，北府军经历了谢玄、刘牢之组建与统领，更取得过淝水大捷的胜利后，自有一股向心力存在，这种向心力不因主将变化而改变。因此即使桓修、桓谦等人领有部分北府旧兵，他们对北府兵实际上并未真正控制。
桓玄眼见建康周边形势都已落入他控制之中，便于公元403年篡晋自立，建号大楚。东晋南渡已八十多年，司马氏统治虽然腐败，但限于门阀政治的约束，没有哪一家士族能够打破藩篱代晋自立，各家都希望在晋室这一共主的维持之下保住自己的利益。尽管王、庾、谢等高门大族都已趋没落，但大族的利益诉求和江南土著士族日益高涨的政治意图，仍然在顽强地遏制着桓玄一家独大的努力。要想真正代晋自立，其前提条件除了掌握相当强大的武力外，还要彻底削平各大士族的力量。桓玄分割北府军后成为晋朝唯一强大的势力，但在消灭士族这件事情上，他显然还远远没有做到。
也正是在这样的形势下，北府军旧将刘裕联合何无忌、刘毅、诸葛长民等人，以恢复晋室为名起兵讨伐桓玄。北府军强大的向心力，使得刘裕的召唤得到广泛响应。他们在历阳、京口、广陵各自起事，杀死京口镇将桓修等诸桓人物，随即起兵渡江进攻建康。
桓玄在建康附近并没有稳固的根基，刘裕复晋的旗号很有杀伤力，同时刘裕作战勇猛，在北府军中很有威信，而桓玄所用部队有很多北府将士，他们素来佩服刘裕，不愿为桓玄卖命。桓玄派桓谦迎击刘裕，结果覆舟山一战，桓谦大败。桓玄在建康城闻讯大惊，立即与其亲信子侄逃回荆州大本营。
此时京口的北府兵因为桓玄的拆解没有多少现兵可用，刘裕一边讨伐桓玄，一边效法谢玄，重新招募京口附近的流民入伍，再次组建北府军。与时同时，刘裕派军西上追击桓玄，桓玄聚拢起荆州兵力意图再战，但建康的失败彻底击溃了荆州的人心。北府军以少胜多，在峥嵘州大败桓玄水军，桓玄再度西逃，最终被益州刺史毛琚所杀。北府军迎回晋安帝在建康复位，桓玄篡晋的闹剧终于被平定。
这场大变乱，可以算作是东晋门阀政治自身不可调和的政治矛盾的一次总爆发。士族共治无法再行维持，东晋政治局面终于向一家独大转变。桓玄在东晋百年历史上第一个尝试走向独大，然而却没有将各方面关系理顺，究其原因，有复杂的政治因素，也有荆州的方镇势力没有及时转移到建康的缘故。然而没有妥善处置北府势力，特别是没有彻底掌控徐兖青诸州流民潜在的武装力量，是桓玄失败的一个重要原因。刘裕起兵之所以能够取得胜利，也在于他很好利用了京口流民力量，这股近在肘腋的武装力量打得桓玄措手不及，进而引发荆州方镇和桓氏大族势力的多米诺式坍塌。
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