小飞鼠体小，体长小于200mm。吻较钝。眼大，耳正常，四肢粗短。前足掌裸露，具掌垫和指垫，后足蹠部被毛，无蹠垫，而仅具4个趾垫。尾扁平，尾毛呈羽状排列。雌性乳头4对，即胸部2对，腹部2对。
小飞鼠冬夏毛两色，夏毛背面褐灰色，毛基灰黑色，毛尖端棕灰色；在背毛中杂有基部黑色、上段灰色、尖端黑色的针毛，使整个背面呈现灰黑色波纹。飞膜与体背色基本一致。腹面为灰色，针毛毛基淡灰色，尖端白色。眼眶周围具黑棕色眼圈。耳被淡棕色短毛。四足背面棕色，足蹠被以淡棕黄色毛。尾背、腹中央有1条深褐色略染灰色的条纹，两侧橙黄色。冬毛较夏毛浅，呈淡黄或黄灰色
小飞鼠无冬眠习性。夜行性，多于黄昏后活动，白昼也偶尔可见。日间受到惊动后，即慢慢爬至洞口，有的即窜出往下滑翔，着地后急速爬上就近的树干，最后紧贴身子隐没于树杈或枝叶密集处；有的则往往在其洞口探视片刻，视其周围的动静而窜出洞滑翔或留守洞内。常在树上攀爬，或在树枝间滑翔。滑翔时，尾平展，伸直四肢，撑开皮翼，向下飘动，远达50m。
小飞鼠筑洞及营巢的树种主要是山杨和桦树，占据营巢的乔木，由于其髓部被挖空，致使该树不久即枯死，而小飞鼠居住其中，日积月累，洞穴不断加深，但洞径始终不变，洞口大小恒定，仅有时会增加出入的洞口数。巢穴底部主要以苔藓类为巢材加以填充。小飞鼠驰洞口距地面的高度无规律性，低的2-3m，高的可至6-7m。
