元顺帝兵退上都之后，看到遭红巾军一部劫掠焚烧，到处残垣断壁，四处瓦砾。见此情景，顺帝一行人心凉了大半，本想再远窜和林，不过当他们听说明军并未有大部队追来，才放下心来休整。
元朝虽败，依然控制着大漠草原、东北辽阳、朝鲜、西部甘肃、陕西及云南等地，让元顺帝觉得有重回大都的希望，一度企图恢复旧疆，夺回大都，重返中原。
朱元璋占领大都后，为了彻底击溃蒙古势力，占领北方，迅速发动了三次较大的战役：
一是太原战役
朱元璋是位懂谋略的帝王，他深知山西的王保保不除，大明将无宁日。于是，他下令徐达、常遇春两人立即率军进攻山西，同时又增派汤和等人作为增援。明军一鼓作气，连攻下泽、潞两州（晋城和长治），准备合围云中（太原）。
接到顺帝紧急命令的王保保，正往大都方向赶，听说明军正要倾其老巢，他立刻回军。走到半路，明军已经攻下太原。双方迅速摆开阵势，王保保挑选数万精兵，准备拼死一决。结果，王保保一个部将被明军策反了，连夜劫营。元军顿时崩溃，王保保惊慌中骑上一匹马就跑。结果，除了王保保带走的十八骑兵外，数万劲骑，不是被杀，就是投降明军。
王保保先逃至大同，担心明军追来，又逃往甘肃。由此，山西皆为明军攻克。
明军一鼓作气，稍事休整后又开拔，准备克复陕西。
二是明朝北征
元顺帝思念大都心切，命右丞相也速率数万骑兵经通州攻大都。当时通州由明将曹良臣驻守，兵员不满千人，他只得使疑兵计，在白天夜里轮流不断让人摇旗呐喊击鼓不绝。以为明军人多，也速疑心重重，失去了进攻大都的最好机会。
朱元璋终于明白顺帝的心思，急遣大将常遇春率所部从凤翔急行军驰援大都，在优势兵力下，明军数战皆胜，接连攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝阳）。惊恐万分的顺帝现在连上都也呆不住了，只得逃往应昌（今内蒙克什克腾旗）。
常遇春明军势锐，一举攻克上都，斩首数万，降敌一万有余，得辎重、牲畜、粮草无数。
陕西方面，徐达一军直下奉元（今西安），元将张思道未战即逃，李思齐虽有十万大军，也不敢做像样的抵抗，西奔临洮。徐达与诸将异议，坚持己见，他认定要先拿关中元将中最硬的李思齐开刀，直下陇州（今陕西陇县）、秦州（今甘肃天水）、巩昌（今甘肃陇西）、兰州。由于事先做过不少“思想工作”，李思齐向明军投降，附近元军残部皆望风降服。
张思道从奉元逃跑后，向宁夏方向逃跑，留其弟张良臣和姚晖等人守庆阳。到了宁夏，穷蹙势孤的张思道走投无路，只得投靠王保保。王保保恨他以前跟自己争关中，立即把他押入囚牢关了起来。庆阳方面，张思道之弟张良臣诈降，伏击歼灭了几万明军。徐达闻讯大怒，指挥四路大军围攻庆阳。元廷派出数道兵增援，皆被围城明军打败溃逃而去。坚守数日，庆阳城中粮尽，守将之一的姚晖向明军投降，张良臣等人跳井未死，被明军捞出后，当着全军面斩首。
三是沈儿峪决战和奔袭应昌
王保保得知庆阳失陷后，便集优势兵力猛攻兰州。数日难克坚城。愤懑之下，王保保率元军在兰州附近大掠泄愤。出乎他意料的是，明朝大将徐达来得快，两军在定西车道峪相遇。
元、明两军中间隔一条深沟，树栅其间，作持久相斗状。明军兵强马壮、粮草充足；王保保粮草虽不少，但是元军已经被打怕了，战斗力不强。徐达使心理战，命令明军昼夜不停发动假攻击，使元军不得片刻休息。闹腾了两天，明军忽然闭营假装休整，筋疲力尽的元军谢天谢地，终于有机会吃块军粮想歇一觉。殊不料，大半夜间，明军全军发动攻击，又累又乏的元军根本不敌，近十万将卒被生擒，王保保仅与妻儿数人北走黄河，“得流木以渡，遂奔和林”。
东路明军三路北上，急袭应昌，元顺帝忽染痢疾身亡。元宗室出逃，宗室及官兵投降无数。皇太子爱猷识理达腊“登基”，改元“宣光”，即杜甫《北征诗》中之意：“周汉获再兴，宣光果明哲”，颇有中兴大元之意。
不过皇位还未坐热乎，朱元璋的外甥李文忠已经统大军杀来。本来他是大将常遇春的副手，常大将军在攻克上都后得暴疾身亡，所以小李就成为这支大军的总指挥。听说元顺帝已死，皇太子还在应昌，求功心切的李文忠马上向这座城市发动进攻。结果自不必说，明军杀擒元军数万，并活捉了北元皇帝爱猷识理达腊的皇后、嫔妃、宫女以及他的儿子买的里八剌。“新帝”腿脚利索，又逃过一次大难，最终逃往和林。
此后，在漠南的蒙古官吏军民大量投降明朝，辽东地区蒙古将领也投降明朝，1370年，高丽正式投降明朝。这样，蒙古势力全部退回到大漠草原。
明洪武五年，朱元璋怕北元卷土重来，派徐达、李文忠等人大军四出，统十五万精骑准备彻底消灭王保保和爱猷识理达腊。明军初战得利，但进至岭北，遭遇王保保埋伏，大败一场，死了几万人。“明年，扩廓（王保保）复攻雁门，（明太祖）命诸将严为之备，自是明兵希出塞矣。”
明军在北部沿边设哨探、建烽燧，驻守山间各隘口，并征调大批劳役，开始依险修筑边墙（即明长城），并主动送还北元昭宗之子，提出“君主沙漠，朕主中国”，相安而处。
