雅克萨坐落在黑龙江上游的北岸。此地原先是一位达斡尔族头人阿尔巴西的驻地，俄国人对雅克萨的称呼“阿尔巴津”就是从这位头人的名字而来。无论是从贝加尔湖方向，还是从外兴安岭方向进入黑龙江中下游都要经过雅克萨，因此其是黑龙江上的咽喉要地。
1650年9月，哈巴罗夫带领一支俄军侵入中国领土，从雅库茨克南下越过外兴安岭到达雅克萨，达斡尔人用兽骨和鹿角制成的弓箭之类的原始武器进行了顽强抵抗，但最后由于武器的巨大差距而失败。俄军就此占领了雅克萨并迫使黑龙江流域的达斡尔、鄂伦春等族人民缴纳貂皮作为“实物税”——在十七世纪中期，从西伯利亚毛皮中得到的岁入可能占到俄国政府总收入的百分之三十！
1676年，俄国特使米列斯库自北京返国，请求沙皇派军扫平中国，最后沙皇尽管未轻信米列斯库，遣大军进攻，但是在中国黑龙江流域抢劫居民，掳掠妇女，勒索毛皮和在中国江河偷采集珍珠的行为从未间断过。大清理藩院数次谴责，俄国都当做耳边风。
1677-1679年，俄国人还在中国境内的精奇里江岸，构建数座城堡，扩充军备，劫掠毛皮，勘验矿藏，收集情报，一步步试探满清政府的底线。1680-1681年，沙皇一面任命御前侍卫弗耶科夫出任尼布楚统领，一面派遣曾出使北京的米洛万洛夫，沿精奇里江顺流而下，侦察两岸，绘制地图，再修新堡，同时增兵此地，并封米洛万洛夫为精奇里城堡寨主。1682年之后，俄国进犯北方加剧，疯狂筑堡蚕食领土，野蛮抢掠部族无辜，造成了各部族极大恐慌，边疆部族民不聊生，他们的抵抗也愈演愈烈。
1681年（康熙十九年），康熙平息了内乱，在同沙俄的长期交涉中，他看到，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。1月28日，康熙派遣大理寺正清明爱与理藩院郎中额尔塞，前往精奇里江流域，与俄国人谈判。行前，康熙提醒他们道：“罗刹乃极边绝域外国之小人，具不可信。”足见康熙对俄国还是很了解的。
1682年，康熙皇帝东巡，乘舟航行松花江上“观兵”。次年，清廷便决心“永戍黑龙江”，设置黑龙江将军，任命熟悉边情的萨布素为黑龙江将军，就近指挥，并在瑷珲筑起黑龙江城，作为前进基地。经过3年努力，清廷修成从墨尔根（今嫩江县）到雅克萨对岸总计25站，全长1300里的驿站；建立了黑龙江水师，建造了500余艘战船和运输船，存储军粮七千石，足够三千兵士食用三年。可以说，如果没有这些后勤上的充分准备，远征雅克萨的清军必定会先于城中的俄军耗尽补给而被迫撤退。
第一次战役发生在1685年6月，由都统彭春率领的清军用“红衣大炮”围攻雅克萨三天之后，城中的俄军不支，“阿尔巴津督军”托尔布津乞降，保证将“不再来犯”。因此清军主帅彭春允许残余的俄军携带个人财物离开雅克萨，并提供了必需的马匹和食物将其送至额尔古纳河口。清军焚毁木制的雅克萨堡垒后也退往黑龙江城（今瑷珲）。
清军收复雅克萨，俄军残部狼狈回到了尼布楚，却未收割俄军留在在城外的庄稼，他们仅仅点燃了城墙下架好的干柴，把俄国人曾经盘踞的雅克萨付之一炬，便撤回瑷珲城去了。雅克萨大捷，深遂康熙之心。康熙觉得，中国北疆大患已除，他在战后总结表彰有功之臣时说，大清“兵马精强，器械坚利，罗刹势不能敌。”
托尔布津得知清军回师的消息之后，立即再次率兵入侵黑龙江流域，于8月27日悍然重占雅克萨，这时距离第一次雅克萨战争结束还不足两个月。
1686年夏，黑龙江将军萨布素再次出兵雅克萨，并在攻城的第4天战斗中击毙敌酋托尔布津。但清军受阻于俄军新建的雅克萨城堡之下，只得转入长围久困。从1686年8月起，在低达零下40度的严寒中，清军围困雅克萨城堡长达10个月，直到1687年5月16日，中俄双方即将开始签订《尼布楚条约》前的漫长边界谈判，清军开始从雅克萨撤军，第二次雅克萨之战宣告结束。
雅克萨之战是中国军队反击沙俄军队入侵的一次重要战争，有力地制止了沙俄向黑龙江流域进行侵略的计划，维护了清王朝的统治。
