明嘉靖四十一年（1562年）十月，倭寇乘戚继光北上回浙江，聚集大股兵力，进攻邵武，杀死领兵抵抗的明军指挥齐天祥，随后转掠罗源、连江等县，游击倪禄率所部明军与倭寇交战，战败被杀。倭寇乘胜攻破玄钟所城和宁德县城，兵锋直抵兴化府，在攻城失利后，几股倭寇合流，围攻兴化府城一月之久。
十一月，都督刘显率兵救援兴化。一开始，刘显所部主力在江西剿匪，当时他所带到福建的士兵不足七百人，而且久战疲惫。倭寇新到，连战连胜，兵力众多，正是锐气十足的时候。刘显自知此时打不赢倭寇，于是在离兴化府城三十里的，隔江扎营，按兵不动。但是按兵不动，就成了逗留之罪，于是刘显派遣五名士兵，携带文书和兴化府守军相约，准备率兵进城御敌。不料这五名士兵在半路被倭寇截获，被倭寇斩杀，从明军尸体上搜到了刘显的文书。
于是倭寇用其职衔和印章，假装刘显与守军约在某日夜某时分，率兵潜入城中应援，要守军切莫举火作声，以免让倭寇发觉。然后倭寇选了五名奸细，假扮为刘显部士兵，进入兴化府城中。当时兴化府守军将领为参将毕高、参政翁时器，拿到书信之后相信了奸细所说。到了约定的夜晚，倭寇假冒刘显部明军入城，当时没有一个人怀疑是倭寇假扮的。倭寇上城之后，突袭兴化守军，约六千倭寇越墙而入，城中大乱。毕高、翁时器，及卫掌印指挥徐将等，仓皇失措，从城墙上吊绳索缒下，弃城而逃，同知吴世亮领兵和倭寇巷战，然而大势已去，被倭寇杀死，兴化府城沦陷。
倭寇攻陷兴化府城后，屠城烧屋，惨不忍睹。朝廷闻报后十分震惊，当即任命谭纶为福建巡抚，统一指挥俞大猷、戚继光两部入闽作战。在两军未到之时，十二月十日，刘显领兵攻入兴化府，与倭寇在教场激战，因兵力不足，战败退出城外。嘉靖四十二（1563年）年正月，刘显屯兵染店，指挥欧阳深率兵二千屯驻林口，巡按御史陈志亦领兵一千余人来援。正月十二日，倭寇出城南攻欧阳深所部明军营垒，明军反击，射死三十二人。二十二日，倭寇北攻刘显部，刘显诈败设伏，左右夹击，斩首九十级。倭寇见明军战力强悍，以为戚继光兵至，彷徨无措，相顾而视说“戚虎何时来也”。二十七日，忐忑不安的倭寇弃城而逃，半夜出城，至黎明已经离城二十五里。
刘显当时屯兵宁海桥，待天明发现城中倭寇不见，遂即率兵追赶。倭寇在巷口以逸待劳，击退刘显，第二天逃至岐头堡。岐头堡是为防倭而修筑的民防要塞，乡民登城据守，因人员相差过于悬殊，而最近的一支明军就是刘显部，此时距离岐头还有八十里。岐头堡守城乡民，在顽强抵抗后终究不支，堡垒失守沦陷，倭寇在屠堡泄愤后占据岐头。二月二十七日，又有六百倭寇从同安登陆，直至岐头堡，得到新一轮援军的倭寇士气大振，于二十九日进攻平海城。城中兵少援绝，倭寇破城而入，署印指挥叶焕然被杀，平海沦陷。三月十八日，刘显与欧阳深两部明军，移军至平海六十里外的岭头和树下两地设营。二十三日，倭寇突袭树下，欧阳深领兵拒战，见倭寇来袭兵少，随领兵出营与敌交战。倭寇且战且走，将欧阳深引入埋伏圈中。当明军深入之后，倭寇两翼伏兵大起，明军寡不敌众，欧阳深当场战死，士兵阵亡四百余人，余部溃散。刘显不及救援，只能率军退至度滨。
四月初，总兵俞大猷领漳州泉州兵四千人来援，明军再次低进平海城四十里扎营。十一日，四百余名倭寇从上径行至佘埔，试图与平海倭寇回合，刘显率兵截击，未能成功击退。刘显判断这帮倭寇肯定要从自己防区穿过，于是在度滨设伏。十三日，倭寇果然从度滨经过，刘显伏兵四起，倭寇被斩一百七十余级，残部逃回平海城。眼见明军大军云集，平海城中倭寇企图乘船归国，于十六日乘船出海，被巡视平海卫外洋许朝光部拦截，斩首四十九级，只能退回平海城。
走投无路的倭寇仿效项羽破釜沉舟，将船全部烧掉，以示不留退路，和明军决一死战。四月十九日，新任总理军务巡抚都御史谭纶抵达省城，二十日在浙江义乌招募了新兵的戚继光入闽，与俞、刘二部会师。谭纶在渚林召集戚、俞、刘商讨进剿方略。大家一致认为，倭寇虽少，但占据险地，能以一当十，明军必须速战速决。谭纶当即决定以戚继光为中军，担任正面攻击；以俞大猷为右军，刘显为左军，担任两翼包围，以重兵临战，务求全歼倭寇。二十一日夜，在福建巡抚谭纶的指挥下，戚继光为中军，刘显、俞大猷为左、右军，兵分三路向平海卫进攻。
中军戚继光率先登城，遭遇二千倭寇的阻击，戚继光令部队以火器轰击，倭寇阵型大乱，被迫退守平海卫附近的许家村。戚继光乘胜追击，俞、刘二部紧随奋进，在许家村乘风放火，许家村顿时火光冲天，火借风势，倭寇死伤不计其数，次日又追剿倭寇一百七十余名。此战前后斩首二千二百五十级，救回被俘平民男女二千三百八十人，缴获刀枪剑铳三千九百六十一件，取得了平海卫大捷。
平海卫奏捷之后，戚继光又率部先后在连江马鼻岭和宁海肖石岭歼灭倭寇各一部，福建倭寇暂告平息。然而倭寇来袭数量庞大，福建沿海兵力远远不足，为加强福建水陆防务，以为长治久安之策，谭纶与戚继光等人议定御倭方案，上报朝廷，准备加强福建沿海守备兵力。然而倭寇不甘心失败，又于十月间聚合二万七千余人，再次大举入侵福建，计划先以一万五千人劫掠仙游，来年春天进攻省城福州。
十月上旬，倭寇舰船先后入侵台山、福宁三沙和闾间澳、万安连盘澳、平海卫后潘澳等地。戚继光调拨各路明军围追堵截，十二战十二捷，歼敌三千余人，但未能从根本上阻止倭寇对福建的进犯，而在分路堵截中，戚继光手中的机动兵力越来越少，被分散在福建沿海各个告警地点。为加强对抗倭的军事领导，十一月，嘉靖任命戚继光为总兵官，领导福建全省并浙江金、温二府，负责水陆军务。十一月初一，倭寇乘船十六艘进犯兴化府青山巡检司石城澳，然后继续南下。三日，又有五艘倭船于连江东岱澳登陆。六日，倭寇一万余人登陆仙游，分屯仙游县城四门外城，将仙游团团包围。当时，仙游城内驻兵只有二百余人，另有民兵二百五十人。而戚继光当时在闽兵力集中起来，也仅为六千多人，只是倭寇兵力的一半，而且分散在福建沿海各地。
戚继光根据敌情，调整部署，以一部随监军副使汪道昆往福州，以防倭寇袭击省城；一部防守闽江、兴化，以防倭寇深入福建内地；又命把总傅应嘉统三千名水兵驻守漳州、泉州，控制沿海要地；戚继光本人亲率六千名士兵增援仙游。此时倭寇已经在仙游城外环城立营筑垒，对仙游城发动进攻。戚继光以兵力悬殊，决定以仙游城为支撑，抑留敌人，等明军主力集中后，再设法歼敌。于是戚继光派亲兵二百人乘夜入城，以加强仙游城内防守力量；命守备胡守仁领兵驻扎铁山，据险为垒，牵制倭寇；从各营挑选精锐五百人，组成敢死队，不时袭击敌营；同时将大本营移至离倭寇较近的石马，四面布置疑兵，既遏制倭寇分兵四处剽劫，又让其不能一心一意集中兵力攻城。
陈大有等率领守城军民，在城外明军的配合下，拼死抗击倭寇。倭寇几次强攻难以得手，于是企图进行诱降陈大有。陈大有一面同敌谈判周旋，拖延和争取时间；一面借着谈判的，修补破损的城防工事，并加筑了一道土城，同时改进和制造防御器械，以加强防御。倭寇打打停停，一直到十二月初六。倭寇看陈大有没有投降的心思，加之粮草不足，无力进行长期围困。倭寇乘着明援军未到，而且城内明军官兵伤亡甚重，防守力量大减，遂展开了大规模的攻城行动，拥兵直抵西北水关，砍倒栅栏，挖开土城，竖起云梯登城。在此危急关头，城外游兵李以仁冲进敌阵，烧毁攻城云梯。戚继光闻报，令部队发炮呐喊助阵。倭寇误以为援军赶到，为防被内外夹击，于是停止攻城。
十二月下旬，浙江援军约六千人赶到福建，抵达仙游以东的沙园。戚继光得到援军，于是开始着手歼灭仙游城外的倭寇。仙游城外围城倭寇一万余人，明军即使援军赶到，也不过一万一千多人，在兵力对比上并不占优势，甚至还略有不如，难以向倭寇发起全面攻势。但倭寇在仙游城外四面合围，四个城门外面分别修筑了四个堡垒，而四垒之间有一定距离，可以集中优势兵力，采取各个击破的战术，先攻破一座，然后就可以在兵力上占据优势。
于是戚继光命王如龙率兵一部作为中左路，胡守仁率兵一部作为中右路，金科督军一部为大营正兵专备策应，主力部队合力攻取南垒；陈濠等部为右翼奇兵，攻取倭寇东垒；李超督兵一部为左翼奇兵，攻取倭寇西垒；吕崇周等率标兵一部同郭成苗兵四百人设疑兵于铁山，牵制倭寇北垒之兵；傅应嘉领兵一支取道西岭，绕至倭寇西垒之后，配合李超部行动；命中军吴京押运火器，随军接济。二十五日，明军各部开始行动。左路王如龙部、左翼李超部先后进至新岭扎营，中右路胡守仁部进至天光岭扎营，右翼陈濠部进至水沟扎营。
当晚天降大雨，到了次日上午，大雾弥漫，明军各部乘雾隐秘向敌营逼近，快到城下，才被倭寇发觉。当时倭寇正推着八辆吕公车攻城，车高过城墙一丈多，离城头仅有二尺，数百名倭寇藏身车内，正准备登城。恰逢明军赶来，中右路明军直冲倭寇南垒，倭寇攻城部队只好放弃攻城，掉头结阵对付戚军。明军中左路协同中右路奋力拼杀，倭寇大败，退入南垒。明军立即包围倭垒，拔除木栅，纵火焚烧。倭寇当即被烧死数百人，残倭逃奔东垒。中右路乘胜追击，与明军右翼军夹击东垒倭寇。与此同时，中左路戚军与左翼戚军一齐扑向倭寇西垒。东、西二垒在猛烈攻击下，先后被明军攻破，倭寇被烧杀一千余人。东、西二垒残倭逃奔北垒，戚继光亲督金科等部进攻北垒，倭寇不能支持，弃垒而去，至此仙游之围解除。
倭寇余众见明军连拔四垒，进入仙游城内，遂后退数里，脱离与明军接触，两军相持数天，眼见明军戒备森严，于是倭寇在三十日向同安方向离去。戚继光领兵追击，在王仓泙再次击败倭寇，斩首数百，坠崖者不计其数。尚有残倭数千逃至漳浦县蔡丕岭，据崖设寨而守。戚继光命部下分为五哨，各持短兵攀岩而上，当明军登上崖顶之时，倭寇伏兵四起。狭路相逢勇者胜，戚继光下令明军不得后退一步，擂鼓突击，杀入重围。倭寇伏兵大败，被杀数百人，仙游之战，戚继光前后杀敌近万，倭寇不敢继续在福建逗留，残倭南下逃进广东，抢劫渔船出海。
嘉靖四十三年（1564年），潮州倭寇纠集两万多人，与海盗吴平互为犄角，俞大猷也从江西调往了广东，负责广东防倭事宜，而此时，少数民族首领蓝松三、伍端、温七、叶丹楼、程绍录、梁道辉等聚众五万余人，正在省内作乱。惠州参将谢敕与伍端等交战，打不赢，就说“俞家军”来了，俞大猷之前有招降这些少数民族部落的经验，而后又多次歼灭倭寇，在广东很有威名，伍端等首领赶忙逃回山寨。于是俞大猷抵达广东后，单枪匹马去招降程绍录，又让程绍录劝梁道辉归降。不久，来到惠州，将温七擒获。伍端见温七被擒，于是负荆请罪来俞大猷军中，请求攻打倭寇来弥补自己的过失。
俞大猷于是以伍端为先锋，从造反的矿工中挑选了二千余名精装，在邹塘作为先锋，进攻倭寇，明军主力随后。一日之内攻破倭寇营垒三座，焚杀倭寇四百多人。倭寇全部逃到崎沙、甲子等处，抢夺渔民船只向大海方向逃去。倭寇船只在海中多遇风沉没。侥幸脱险的二千多人，退守海丰金锡都。俞大猷率军将其包围两个月。倭寇粮食断绝，打算从火埔寮逃走，却被副将汤克宽设伏兵击败，手刃倭寇首领三人，参将王诏等人随后赶到，斩首一千二百余级，残倭仅剩千余，建制被打乱，只得分散入山林中逃避明军追捕，俞大猷命明军化整为零，追入深山老林，直至将倭寇全灭，从此浙江、福建、广东大股倭寇均告平息，“嘉靖大倭乱”基本结束。
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