1260年忽必烈即位大汗并建元“中统”，1271年忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意改国号为大元，随后逐步消灭金朝、西夏、大理等国，1276年攻占临安，南宋覆亡。1279年经崖山海战后消灭南宋残余势力，全面占领中国，结束了自五代以来的分裂局面。
元朝建立后，继续向外扩张，但是扩张的目的只是掠夺财富和满足征服欲望。加上元朝整个社会道德沦丧，贪腐成风，淫乐成灾，盲目迷信僧侣，这直接导致了原本庞大的元朝帝国大厦的轰然倒塌。
蒙古帝国九白纹章
元朝官员的贪污腐败跟他们的初期武功一样，在历史上是空前绝后的。1303年，元成宗曾大力整顿官吏，一次竟然就有将近两万个贪官被撤职。
然而，惩治贪官的做法却没有能够坚持下去，以致每一个蒙古官员都是一个百万富翁。蒙古帝国的官员特别多，一块玉石的发掘或一张弓的制造，都会有若干官员管理，官员靠贪污、勒索维持高消费和超级豪华享受。
元朝的赋税非常繁重。元朝最初是采取包商制，很像现在的承包制。元王朝第二任大汗窝阔台时，曾打算把中央政府的赋税，以140万两银币包给中原籍巨商刘廷玉，大臣耶律楚材极力反对，才算作罢。可是，不久维吾尔籍巨商奥都喇合蛮出价220万两时，窝阔台终于同意包给了他。他们不知道鼓励生产，只知道盲目而凶恶地剥削。与腐败的南宋政府相比，元朝的赋税几乎增加一百倍，早已不堪重负的中国人，已经到了无法忍受的程度。
蒙古骑兵
加上元朝中期频繁更换皇帝，仅在1307年（大德十一年）至1333年（元统元年）就更换36个皇帝。由于这些皇帝在位都很短，诏令全由权臣摆弄下诏或颁布。皇帝成为傀儡，不能决策大事。宫廷纷争连续不断，尔虞我诈时时出现。再加上经济落后，广大人民处于水深火热之中，中原地区农民尤其悲惨，饥寒交迫，其严重程度已达到再也不能忍受的地步，被迫举行起义。
在泰定二年（1325年）就发生了河南赵丑厮、郭菩萨领导的起义。蒙古统治阶级内部却在为争权夺利而互相征战，因此加速了元朝的衰落。至元惠宗妥欢帖木儿正十年（1350年），元政府下令变更钞法，铸造“至正通宝”钱，并大量发行新“中统元宝交钞”，但导致物价迅速上涨。
次年，元惠宗派贾鲁治黄河，欲归故道，动用民夫十五万，士兵二万。而官吏乘机敲诈勒索，造成不满。白莲教首领韩山童、刘福通等人决定在5月率教众发动起事，但事泄，韩山童被捕杀，于是刘福通带韩山童之子韩林儿杀出重围，指韩山童为宋徽宗八世孙，打出“复宋”旗号，以红巾为标志，其后郭子兴等人也纷纷加入。彭和尚亦在湖北扶助徐寿辉起义。至此揭开了大元灭亡的序幕。蒙古政府则派兵镇压各地红巾军，由丞相脱脱亲自督战攻徐州起义军芝麻李部，一度取得了很大的胜利。
至正十四年（1354年），脱脱率军围攻高邮起义军张士诚部，被朝中弹劾，功亏一篑。至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年），朱元璋继承了病逝的郭子兴的地位，并不断扩充自己的势力，攻占了江南的半壁江山。与此同时，在北方察罕帖木儿（李察罕）和李思齐等元军将领则开始对北方红巾军展开反攻。至正二十三年（1363年），北方红巾军在安丰之役中败给新兴并降蒙的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀。
元军推动战略反攻的又一个时机是，1363年（至正二十三年）春，大宋朝林儿，间（离间）福通的失败和起义军互相攻击，如至正二十三春，张士诚杀刘福通，大宋红巾军亡；秋季，朱元璋杀陈友谅，天完及汉国一系列的红巾军败亡。恰在此时，元军未能组织对朱元璋部反击，元朝反而出现军阀混战、宗王之争。结果，元朝给了朱元璋北上灭亡的好机会和有利条件。
朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其它南方起义军和南方大元势力后，于至正二十七年（1367年）开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于至正二十八年（1368年）八月攻克通州，元惠宗于七月二十八日，仓惶北逃，徐达率军攻陷元朝的首都元大都（北京），元作为一个全国性质的统治结束。元惠宗北遁，朱元璋认为他顺天明命，给他上谥号为“顺帝”。
1388年，一支由10万人组成的中原军队进入蒙古地区，打败了元顺帝的孙子。至此，大多数蒙古部落宣布自治，蒙古草原又回归到历史上四分五裂的状态。
一个快速崛起的元朝帝国，转眼之间就这样轰然倒塌，土崩瓦解，成为废墟。
