网站备案信息会因空壳网站、违规违法网站、备案信息不符、虚假信息而被注销，具体为：
空壳网站一旦发现就给注销。所谓的空壳网站就是域名已经备案好，没有接入商信息或者该域名没有相关内容。这也是目前网站备案被注销的最常见问题。比如：网站没有接入商，该情况常见于自助备案。提交备案信息中接入商是万网，但实际并无使用万网相关主机服务；网站无内容。网站备案为百度，域名为baidu.com，而打开该域名一片空白。
违规违法网站。比如：备案信息是百度网，打开是成人内容、赌博宣传或者是传销内容等。一经查实立马注销该网站的备案。
备案信息不符分为：备案名称、网站内容、经营相关、联系人等因素有关。
网站备案名称必须为核验单上面和空间接入商输入的名称。比如：备案为百度网，打开是网站标题是游戏网。则属于备案名称不符。
网站内容是与经营相关有联系。企业不可逾越营业执照上面的经营范围，网站内容一样不可超越经营范围。网站内容只是经营范围的一个补充。如经营范围里面没有广告业务，在网站中就不要插入大段的广告。目前网站运营基本有接入百度等广告平台，但必须注意在醒目位置说明与本站的关联性。
网站联系人信息很重要，工信部各通信管理局在遇到政策性宣传、网站遇到木马干扰或者网友举报军会联系网站运营者。如：在备案信息中联系人是李某，电话028-8888XXX，工信部或者通信管理局复核时无法拨通，或者拨通联系人非李某都是会引起注销备案。
虚假信息传播不实言论是现在惩处力度最大的一项。如：某广告内容肆意夸大效果，引起使用后并无效果；或者网站传播损害他人合法权益的内容；传播子虚乌有的地震信息，引起市民恐慌等信息都会立马注销备案关闭网站且情节严重将交由司法机关处理。
除了上面主要的四种常见注销原因还有一种也要值得注意。一种冒称快速备案（不走捷径，其实与自己备案流程完全一致，目前各管局一般在7个工作日即可审核通过，且最慢不超过20个工作日），一种以职业备案盈利模式通过的备案也会受到工信部和管局惩处，网民也要时刻监督，共同维护纯净的网络环境。
简而言之：网站备案后及时上传与备案信息一致的内容，不超于运营范围，不传播不实言论且及时对网友的举报做出解释和追责。
