日本古称倭奴国,故古代中国史籍将日本海寇称为“倭寇”，活跃于元末至明万历年间。
倭寇的成员并非全部来自于日本海盗，只是由于这批海盗最初都来自日本的一部分日本武人、浪人(流亡海上的败将残兵)和破产农民,，所以被统称为“倭寇”。
到了嘉靖后期，由于日本国内政治形势转变，加上官府的管制，日本人出海抢掠船只的事件已经减少。取而代之的是来自中国和朝鲜的海商与海盗，他们依从过去倭寇抢掠的方式继续为祸于东海，也被归于倭寇之列。不断侵扰我国及朝鲜沿海地区,前后历时达三百年之久。
朱明王朝建立后，实行严厉的海禁政策，除了官方与海外国家保持朝贡贸易关系以外，其他一切贸易全部禁止。朱元璋亲自颁布《申禁人民无得出海与外国互市》禁海诏令，成为明朝历代皇帝必须遵守的“祖训”。
禁海使许多穷苦人失去了生活来源，而且还断了沿海一带大地主的财路。他们强烈要求恢复通商。
在这种情况下，某些地主集团便采取铤而走险手段：你禁止通商，我就秘密通商。他们自己组织船队出去，其中有一些照样财源滚滚，有一部分就遭到倭寇的抢劫；而另外一部分则采取和倭寇合作的办法，他们也变成了倭寇。他们组织船队出去，能够作买卖就作买卖，不能作买卖就抢。因此，倭寇主要是日本海盗，但其中也有很多是中国人。
除了倭寇之外，当时还有一种情况，即在十六世纪初年(1513年)，葡萄牙人到东方来了。这些葡萄牙人一方面进行通商活动；另方面也进行海盗活动。不但进行海盗活动，而且占据了我国福建沿海的一些岛屿。
明初倭寇，绝大多数是真的倭寇，很多来自日本列岛的萨摩、长门、博多、鹿八岛等地，入侵道路和以往入贡道路一样，由高丽趋山东，在四、五月间趁东南风沿海扬帆而至。所以，山东、辽东半岛的倭患在明初最严重，其次是浙江。当时受倭患困扰最大的，还有明朝的藩属国高丽（朝鲜）。但李氏王朝建立后，朝鲜国内政治局势好转，倭寇连连受挫，就把入侵重点转向中国沿海。
胡惟庸案发生后，朱元璋因为此案涉及日本人参与而面龙颜大怒，对日本深恶痛绝，遣使痛责。不料，南朝的怀良亲王觉得山高皇帝远，派人送来表文，语意傲诞无礼：
臣闻臣闻三皇立极，五帝禅宗，惟中华之有主，岂夷狄而无君。乾坤浩荡，非一主之独权，宇宙宽洪，作诸邦以分守。盖天下者，乃天下之天下，非一人之天下也。臣居远弱之倭，褊小之国，城池不满六十，封疆不足三千，尚存知足之心。陛下作中华之主，为万乘之君，城池数千余，封疆百万里，犹有不足之心，常起灭绝之意。夫天发杀机，移星换宿。地发杀机，龙蛇走陆。人发杀机，天地反覆。昔尧、舜有德，四海来宾。汤、武施仁，八方奉贡。
…………
朱元璋看完气得哇哇大叫。但最终还是以元朝征倭失败为前鉴，没有发兵征讨这个海外狂妄小国。洪武二十七年，幕府将军足利义满已经统一了日本,并以太政大臣的身份当上了日本实际的主人。他派人主动来向明朝示好，皆被老朱拒绝。当然，朱元璋不敢轻视海防，他下诏“筑山东、江南北、浙东西海上五十九城，咸置行都司，以备倭（为）名。”
（现存于日本东京大学的明代中国人绘制的倭寇图。图片来源于网络）
几十年间，洪武一朝共在辽东、山东、南直肃、浙江、福建、广东等地设立了五十八卫及八十九所，置兵数十万，有兵舰千余艘，严防倭寇。
明太祖朱元璋死后，其孙朱允炆即位，也就是建文帝。日本的足利义满忙趁机遣使表示友好，在正式表文中有“日本国王臣源（道义）”的自称，也就是以藩国身份向大明称臣。建文帝厚报使者，热情接待。
但是，日本使节再来明朝时，大明皇帝已经变成了朱棣。明成祖朱棣虽然篡了侄子的江山，对日本的态度却没有变化。他非常热情，特别是足利义满的“称臣纳贡”，让这位野心家十分舒坦。为此，明、倭两国友好关系建立，约定日本十年一入贡，人数每次不超过二百人，并给予日本人“永乐勘合”。
