日本情报系统是指在日本国内，情报收集工作分散在六七个部门中，其中包括内阁一些省厅、日本内阁府和自卫队。在所有情报部门中，角色最关键的是日本防卫厅情报本部、直接听命于首相的内阁情报研究办公室和主要负责防止国内颠覆行为的公共安全调查机构。
内阁情报调查室：这是是日本国家主导性情报机关，其职责是搜集内阁成员决策特别是政治决策所必需的情报。
军事侦察机关：日本军事侦察机关依旧把俄罗斯、中国、朝鲜作为首要的侦察对象。为了获取情报，该机关使用了包括谍报侦察、无线电技术侦察、无线电电子侦察、航天侦察等在内的各种侦察手段。
警察厅情报通信局和警视厅公安部：警察厅所属情报机构的任务之一是使用警方的反侦察手段保障国家的安全。
海上保安厅：日本是世界上海岸线最长的国家之一。海上保安厅除负责保卫海疆外，还实施海上侦察、监视200海里范围内的渔猎活动、参加海上求援工作。
由于机构设置多，各部门力量不足且互不往来，造成日本的情报系统十分分散。
