（一）乳酸菌
乳酸菌是自然界数量最多的菌类之一，它包括球菌和杆菌，大多数不运动，无芽孢，通常排列成链，需要有碳水化合物存在才能生长良好；它能发酵糖类产生乳酸。凡发酵产物中只有乳酸者，称为同型发酵；凡发酵产物中除乳酸外，还有乙酸和CO2者称为异型发酵。
正乳酸菌多是嫌气性杆菌，生成乳酸能力强。白酒醅和曲块中多是异乳酸菌（乳球菌)，是偏读气或好气性。异乳酸菌有产乳酸酯的能力，并能将己糖同化成乳酸、酒精和CO2，有的乳酸菌能将果糖发酵生成甘露醇。乳酸如果分解为丁酸，会使酒呈臭味，这是新酒产生臭味的原因之一。还有的乳酸菌将甘油交成丙烯醛而有呈刺眼的辣味。
乳酸菌在酒醅内产生大量的乳酸及乳酸乙酯，乳酸乙酯被蒸入酒中，使白酒具有独特的香味。乳酸菌的侵入与白酒开放式的生产方式是分不开的；白酒生产需要适量的乳酸菌，否则无乳酸及其酯类，就不成白酒风味了。但乳酸过量，会使酒醅酸度过大，影响出酒率和酒质。乳酸过量还会使酒带馊酸味；当前白酒生产中不是乳酸不足，而是过剩，特别是浓香型曲酒，提出“增已降乳”的课题，这是提高浓香型曲酒的技术关键，为了“增已降乳”，除了要做好环境卫生和生产卫生，防止大量乳酸菌入侵外，还应在微生物方面进行研究。大曲中的乳酸菌有三个显著特点：一是既有纯型（同型的），又有异型的；二是球菌居多，占70%；三是所需温度偏低，在28~32℃之间，并具有厌气和好气双重性。大曲中乳酸含量不可过多，主要生成区域是在高温转化时由乳酸菌作用于己糖同化成乳酸，其量的大小往往取决于大曲中乳酸菌的数量和大曲生产发酵时对品温的控制，特别是顶点品温不足，热曲时间短时，更会使乳酸大量生成。
(二）醋酸菌
醋酸菌在自然界中分布很广，而且种类繁多，是氧化细菌的重要菌种，也是白酒生产中不可避免的菌类。醋酸菌在显微镜下呈球形、链球形、长杆、短杆或橡蛔虫一样的条形，在温度，时间和培养条件不同时，形状差别很大，因此，单纯从形态上很难鉴别。有的醋酸菌能使液体浑浊，有的附着在器壁上呈环状，有的不呈环状，也有的生成皱纹和皮膜，但它们都是好气性的。固态法生产白酒，是开放式的，在操作时势必感染一些醋酸菌，成为酒中醋酸的主要来源。醋酸是白酒的主要香味成分，同时也是酯的承受体，是丁酸、已酸及其酯类的前体物质。但醋酸含量过多，会使白酒呈刺激性酸味，醋酸对酵母的杀伤力也极大。当前白酒生产中，是醋酸过剩，应在工艺上采取措施。
醋酸菌主要是在大曲发酵前、中期生长繁殖，尤其是在新曲中含量最多。醋酸菌有一个致命的弱点是在干燥低温的环境下芽孢会失去发芽能力。所以，在使用大曲时，要求新曲必须贮存3个月或半年以上，这就是为了使醋酸菌以最少数量进入窖内发酵。
（三）己酸菌
在浓香型大曲酒生产中，发酵窖越老，产酒的质量越好，这是传统工艺的经验总结。为了解释劳教出佳品的奥秘。自20世纪60年代起，我国开展了浓香型白酒，与窖泥微生物关系的研究，发现老窖泥中富集多种厌氧功能菌，主要为嫌气性梭状芽孢杆菌，它们参与浓香型白酒发酵，是生成浓香型白酒的主体香味成分己酸乙酯的关键菌种。
（四）丁酸菌
在浓香型酒的老容泥中可分离到了酸菌，在酒醅发酵过程中有微量的丁酸发酵。而丁酸是形成丁酸乙酯的前体物质。
（五）甲烷菌
甲烷菌主要产甲烷，同时有刺激产酸作用。甲烷菌与己酸菌共栖，有利于己酸菌生长与发酵的进行。
(六）丙酸菌
丙酸菌能将乳酸转化生成丙酸和乙酸，可降低酒中的乳酸及其酯的含量，使已酸乙酯与乳酸乙酯的比例适当。
