1307年10月14日，黑色星期五后第二天，教皇克雷芒五世才得知圣殿骑士团团员被悉数逮捕一事，顿时惊诧莫名（菲利普瞒天过海是如此娴熟，连教宗也被蒙在鼓里）。虽然案件的主审官只是巴黎的一名普通检察官威廉，但克雷芒知晓幕后的主使，也深信这绝不仅仅是普通案件，而是世俗法国政权对教皇权威及天主教会的突然袭击，甚至关系到了教皇国的生死存亡。他迅速召集了各位红衣主教，10月16日在教廷举行了紧急库里亚会议，一共持续了整整三日。
▲克雷芒五世的牧徽
如果换做以往的强势教皇，可能早已将法王的作为当做忤逆，并将他开除教籍。但此时的教廷十分虚弱，并且地位尴尬：几年前法王对前教皇卜尼法斯八世的抓捕和虐待，人们还记忆犹新。克雷芒五世也惧怕重蹈覆辙，沦为法王君权的牺牲品，何况教廷已经被强制搬迁到法兰西的土地上，难免有寄人篱下之感。不过克雷芒依旧尝试着做一番抗争，他发出一份诏书，指责菲利普的行为乖谬，不合律法，不过也给后者提供了台阶：只要法国交出被俘的圣殿骑士团成员及其财产，并转与教会，宗座便既往不咎。
▲克雷芒五世
11月，两名教皇特使抵达巴黎企图商议交接事宜，但法王故意闭门不见，他的大臣们则表示恕难从命，因为骑士团员已经供认了异端大罪，教皇的调停是多此一举。当使节们把这沮丧的信息带回教廷后，在库里亚会议上掀起了轩然大波。超过10位红衣主教表示如果教皇甘当法王的傀儡，将立即挂印而去。克雷芒面临空前的压力，并且左右为难。如果他屈从法国的压力，任凭骑士团由法王处置，必将导致教会内部分裂；如果他对法王表示强硬，直至开除其教籍，则有可能遭受血光之灾。不过克雷芒也非泛泛之辈，他工于心计而且老谋深算，很快便想出了出奇制胜的妙招：1307年11月22日，教皇发布了新的诏书，内容与此前一封大相径庭。他要求所有基督教国家的国王与王公们，立即逮捕境内的圣殿骑士团成员，并抄没其资产，转交教会。
这不啻于化被动为主动的一步好棋，既然无法令法王收回成命，教皇就极力扮演角色让世人以为铲除骑士团实际是教廷的授意，法王也不过遵照施行而已。当然，挽回名声与同法国改善关系的同时，圣殿骑士团便成了最大的牺牲品。之前菲利普的迫害还仅限于法国国内，教皇的落井下石才真正宣布了骑士团的末路。很快，在英格兰、德意志、意大利、西班牙、葡萄牙、塞浦路斯等地，都掀起了对圣殿骑士团的抓捕和迫害。克雷芒还特意给菲利浦四世去信，称赞他信仰坚定，充满热情，不过也要求既然瓦解骑士团是教皇的本意，那么以后对他们的审理也必须在教廷的指导下进行。面对变色龙般的教皇，菲利浦四世这条老狐狸也总算是遇到了对手。
▲菲利浦四世
一个月后，两位主教再次出使巴黎，他们要求法王交出圣殿骑士，否则他会被革除教籍。这一次法王乖乖照办，12月24日，法王正式同意将骑士囚犯们移交教廷看管。12月27日，主教们终于见到了雅克·德·莫莱及其他骑士团主要领导人。一旦从法国的地牢中被解放出来，面对来自教皇的“亲人”，他们立即推翻了以往的全部供状。据说，为了证明自己是在酷刑下屈打成招，莫莱甚至亲自脱衣让主教们检视他身上的累累伤痕。也许对教廷的动机心存疑虑，法国政府迟迟未能履行转交骑士的诺言。1308年2月，教皇终于按捺不住，要求法国解除对骑士团的起诉，而法方的回应则是准备立即重开审判。代表法王进行这场同教皇的秘密战争的得力干将依旧是诺加雷的威廉。他竭尽所能对教皇进行诽谤和诋毁，甚至赤裸裸的威胁要将克雷芒罢免，并威胁他家人的安全。但教皇并没有屈服。
6月，最终双方达成了妥协：骑士团将交由教皇派出的调查机构与法国地方主教会议共同审理。作为善意的表现，菲利普四世释放了72名骑士团员交由教宗发落。其中虽然也包括大团长及其他四位领导人，但大部分已经被法王收买，以便确定不至于暴露法国的阴谋。但当护送囚犯的队伍行至希农城堡时，法王却下令扣押莫莱等领导人，官方的理由是他们身体有恙不适合立即交接。这显然是个谎言，因为希农距离教皇驻跸的普瓦捷已经不远。大约是菲利普四世也自知理亏，担忧一旦教皇亲自接见莫莱等人便会迅速宣布他们无罪。但克雷芒五世深谙与法王决裂的后果，于是故意装作未能识破他拙劣的借口，仅仅接见了送来的普通骑士们。1308年7月2日，经过数天调查，在骑士们做了忏悔并乞求教廷原谅之后，教皇正式宣布宽恕他们的罪孽。
这样的结果是模凌两可，而且耐人寻味的。假使骑士们真的犯下了异端重罪，显然不可能得到教皇的赦免；但如果他们真的白璧无瑕，教皇则大可以直接宣布其清白而无需表示“宽恕”。因此，克雷芒依然留下了与菲利普讨价还价的余地。在调查过程中，教皇也发现，骑士们大体依然是信教的，也大体上忠于职守，不过，关于他们在入会仪式上的种种荒唐之举，倒也并非空穴来风（骑士们都表示痛心疾首，发誓往后洗心革面）。在教皇看来，这些骑士更像偶然误入歧途的浪子，依然有回头的可能和挽救的价值。教皇也意识到很多古老的军事组织都有类似奇异的规定和仪式。具体到圣殿骑士团而言，其“亵渎”十字架和否认耶稣的举动，有可能只是在模拟骑士们遭受穆斯林俘虏后可能经历的折磨和考验。至于要求新晋骑士亲吻上级的行为，也可能只是训练他们对上级的绝对服从。
当然，随着时间的推移，这些“考验”的初衷被很多人淡忘，反而在各地的流传中不断添加了神秘主义色彩，也难怪普通民众和贵族会谈之色变（不过，对圣殿骑士团是否秘密崇拜巴风特一事，教皇在调查中一直未有定论，后世有学者认为所谓的巴风特实际是受难的耶稣的变形）。通过与72位普通骑士的接触，克雷芒倾向于认为他们并未犯下异端罪，不过依然德行有亏。虽不至于被送上火刑柱，但也需要长期地忏悔和苦修来洗刷罪愆。然而他无法对莫莱等几位高阶骑士做出这样的判断，因为法王从中作梗，一直扣押着他们。8月14日，三位主教终于到访了希农城堡，排除了国王爪牙的各种阻挠后，得以与莫莱等五人会晤。理论上，这应该是一场教会的内部调查或审讯，但它进行得是如此秘密，细节我们已不得而知。最终莫莱在他的供述中表示，之前接受审判时的认罪并非是刑讯逼供的结果（很可能是受人诱导，让他以为迅速认罪而非翻供能够早获自由）。他也承认各种亵渎耶稣、十字架的行为，不过辩解说这并非发自肺腑。对于骑士团内同性恋、鸡奸等罪行的指控，他则一概予以否认。其他四位团员的供述与之大同小异。
克雷芒五世收到上述报告后，也相信之前对团长的指控是出于误会，这是骑士团长期在海外与穆斯林交战形成的特殊“训练仪式”，而鸡奸和恶魔崇拜，纯属子虚乌有。但法王菲利普不这么想。本质上，法王对骑士团是否涉及异端并不关切，他关切的是骑士团的金库和宝藏。而菲利普洞悉舆论的力量，早已安排手下的特工鹰犬四处在街头巷尾散步骑士团的种种丑闻，并且已经在民众间掀起来一股股反骑士团的狂热。骑士团已经百口莫辩，而教皇的声音在喧嚣的人潮中显得那般弱小。克雷芒曾经试图在最后关头将圣殿骑士团与医院骑士团合二为一，通过这种方式，保全部分骑士的身家性命。然而法王发出越来越强烈的威胁，而民众严惩骑士团成员的呼声也一浪高过一浪。终于，为了维护教廷的生存，克雷芒选择了弃卒保车。
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