1368年，一代英主朱元璋在南京应天府建立了中国历史上最后一个汉族大一统王朝明朝。随即从龙兴之地江南一路向北，横扫中原后剑指元大都北京。最终将统治了中原大地一个世纪的蒙古大汗政权驱逐出境，此后再也无法问鼎中原。除了强大的陆军实力之外，明朝的水军力量同样可圈可点。在之后的三百多年里，纵横东亚水域无敌手。
朱元璋在鄱阳湖大战后基本奠定了自己全国第一的实力，明朝水师也在此后统一全国的战争中发挥了巨大作用。无论是支援北上大都的陆军作战，还是剿灭江南的张士诚和方国珍集团，再到击败割据福建的陈有定、攻下广州，最后是配合陆军水陆并进消灭四川的大夏政权。强大的明朝水师为明朝的建立立下了汗马功劳。以至于明朝此后规定：沿海每百户所及巡检司各配备2艘战船，执行海上巡逻任务。
明朝一统华夏后又经历了靖难之役的波折，等到明成祖朱棣继位，为了争取海外地区对政权更替的了解和归附，提高威望，显示中国富强，也为了加强与海外各国经济文化友好联系，派郑和出使西洋。明朝水师又以自身惊人的规模和战斗力，震动了世界。当时明朝的造船厂遍布于全国，以江苏、福建、湖广、浙江等地最发达。郑和下西洋时的主力船只--宝船，就在江苏太仓和南京两地建造。
郑和下西洋就是以江苏太仓和南京为母港，由太仓、崇明出发航至福建福州闽江口五虎门扬帆出洋的。每次出洋除宝船外还有船舰 200 余艘或数百艘不等。其他船只包括了马船八桅，粮船七桅，坐船六桅，战船有五桅。郑和船队中，驾驶宝船的舟师多是闽、粤、浙沿海具有数十年丰富航海经验的渔民。他们熟知潮势、季风、洋流等自然规律。在航行于亚非诸国中，积累了丰富的航海经验和科学知识，编写了航海图和过洋牵星图。整个船队中包括了率水手、官兵、翻译、采办、工匠、医生等27800余人，规模堪称当时的世界之最。
1407年，从西洋返航的郑和船队，在今天印尼的旧港一带遭遇到了当地最强海盗势力陈祖义的暗算。自知战斗力不如明朝水师的陈祖义起初准备向郑和诈降，以便发起突然袭击。郑和对陈祖义早有提防，立即作了反偷袭的准备与部署。在陈祖义率众海盗来袭时，郑和指挥战船从待机点迅速包围敌船，用火攻烧毁海盗船。最终陈祖义一伙5000多人被杀，海盗船被击沉10艘，俘虏7艘。整个海盗集团被一举歼灭。
1411年7月，第三次下西洋后准备回国的郑和船队，经过位于今天斯里兰卡的锡兰。其王亚烈苦奈儿发兵五万，打算劫掠郑和船只。然而庞大的锡兰军队根本无法攻克火力强大的宝船队，船上装备的碗口铳、火铳、火箭等火器都是锡兰人（从没见识过）的先进武器。郑和则临危不惧，率兵2000抄其后路，生擒亚烈苦奈儿并家属头目，回国后，献俘于朝。
明朝水师强悍的战斗力给当时东南亚国家都留下了深刻印象。在印度著名港口古里，此后便一直留下了神秘的东方大船传说。这些至少有四杆的大船，搭载着威风凛凛的武士，却执行着和平外交的使命。连当时在当地做生意的威尼斯商人都对宝船队赞不绝口，他留下的记载也让当时依然在航海上不够发达的欧洲人，对中国有了一个最初级的印象。
十六世纪，欧洲在大航海时代开始后，不断有西方殖民者流窜到中国沿海为非作歹。已经在印度等地取得了大量殖民地的葡萄牙殖民者首先东来。明朝水师先后在屯门岛海战、西草湾海战中将其重创，使其打消这个不切实际的念头。此后，明朝水师又发动了跨海突袭，将葡萄牙人盘踞的双屿岛基地捣毁，又将转进福建的残余势力消灭在了当地沿海的走马溪一带。一系列完胜迫使葡萄牙人转与中国通好，即便使用澳门作为贸易港口，也需要向中国方面缴纳租金。这一局面一直持续到了鸦片战争以后。
十七世纪，新崛起的海上马车夫荷兰人开始入侵中国沿海。当他们发现广东沿海防御严密后变转向了福建沿海，盘踞在了澎湖列岛。当他们被明朝水师击退后又转进到了人烟较少的台湾盘踞，双方不时发生冲突。当时的明朝由于辽东战争的压力而财政吃紧，却依然在海上保持了对荷兰人的优势。在著名的料罗湾海战中，以接受招安的海盗头子郑芝龙为首的大明水师投入了战舰150多艘，士兵几万人，对抗荷兰人方面由巴达维亚殖民总部派遣了最强大的武力。虽然在武器上稍逊一筹，明军依然发挥了主场优势，利用火船策略扬长避短。结果，在大明水师的伶俐攻势下，荷兰人损失惨重。荷兰人不得不屈尊于中国海商集团的实力，反过来向福建方面缴纳过路费。
更别说几十年后，已经只有金门和厦门两座小岛苦苦支撑的郑芝龙之子郑成功。在面对大陆上清军来犯的巨大压力下，依然集中了2万多海陆军力量，进攻由荷兰人经营多年的台湾岛殖民地。虽然岛上有荷兰东印度公司精心建造的近代棱堡防御体系，期间还有从巴达维亚来的增援舰队。但郑成功依然克服万难，将荷兰人的据点牢牢围困，最终迫使他们交出台湾后撤离，从此再也不敢来犯。正是强大的水师力量，在大陆地区的领土沦陷后，将明朝又延续了几十年之久。
当然在明朝历史上，时间持续最长的水师作战还是在沿海各地与日本倭寇的持久战。
早在明初，倭寇就喜欢袭扰辽东沿海一带。明朝水师一方面加强巡逻防范，一方面也利用当时最先进的武器技术来营建防御系统，于是历史上最早的海防炮台便由明军建造完成。这些沿海堡垒军寨都安装了先进的火铳等武器，非常有效的阻截了登陆偷袭的倭寇队伍。
明代中期，日本战国时代的更多倭寇流向中国沿海，袭扰区域也逐渐南移到了浙江和福建沿海。此时的倭寇力量逐步增强，不仅可以袭扰沿海地区，更能组织较大规模的部队进入内地活动。名将戚继光在陆地横扫倭寇之时，明朝也重组了自己的水师船队，并建造能容纳100人的大福船。其船身高大，上面的佛郎机可以俯射，也可以在遭遇倭寇时直接将对方的小船撞成碎片。正是利用这样的优秀战船，倭寇很快被从江浙沿海驱逐出去。
然而明朝水师与日本倭寇的战争并没有就此结束。完成暂时统一的日本，在十六世纪末入侵明朝的属国朝鲜。在最后的露梁水域，明朝水师截住了逃跑的日本船队。日军海军主帅岛津义弘统领600多艘战舰、15000人拼死突围，明朝与朝鲜组成的800艘联合舰队则严防死守。虽然在战斗中损失了主将邓子龙、李舜臣等将领，却仅以死伤500人的轻微代价，烧毁200艘日军船舰，并俘获了另外100艘。
可惜，明朝灭亡后，海战再次被人们所忽视，最终酿成了近代鸦片战争的惨剧。
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