1574年11月23日，林凤船队驶至吕宋岛伊禄古近海时，与一艘西班牙船相遇，该船载有二十二名西班牙士兵，并装载一门青铜炮。在林凤部众的围攻下，这艘木船被焚毁，船上的西班牙人亦被消灭，青铜炮则成为林凤远征马尼拉的第一件战利品。当时驻守在伊禄古地方的西班牙军官撒示度（juan de Salcedo）获悉此事后，立即派人前往马尼拉向菲督拉维撒里（Guido de Lavezares）报告。
▲菲律宾马尼拉西班牙王城（护城河已被填平）
11月29日夜，林凤船队抵达马尼拉湾口之科雷希多岛（Corregido），林凤命部将日本人庄公（Sioco）率领四百名精锐士兵登上小舟准备进攻马尼拉。三十日清晨八时，林凤部众弃舟登陆，以二百名名火枪手在前，二百名精兵随后。在向导的指引下，首先进攻位于马尼拉地峡西北端的炮台，和西班牙驻菲律宾总督官邸。第一个被杀的是西班牙军队守将戈蒂（Martin de Goyti），林凤军过于轻敌，此时已经开始纵火和欢呼胜利。在他们尚未进城前，马尼拉市民已知道了林军来袭的消息。队长维尔克斯（Velasquez） 和查昆（Chacon）急速召集驻守士兵赶至海岸，以火绳枪向林军射击。尽管当时林军数量多于西军，但由于西班牙人的顽强抵抗，迫使林军上船撤退。这一仗，西班牙人死亡十四人，而林凤部则多达八十余人。
▲圣地亚哥城堡
林军撤退以后，菲督拉维撒里接受在马尼拉居住的华人Sinsay（当即 “先生”之译音）的劝告，下令动员所有西班牙人连夜修建防御栅栏和工事，又在炮台上架起四门大炮，准备迎战再来之林凤。十二月二日，林凤亲自指挥全部船队来到马尼拉港，约有一千到一千五百名士兵，分为三队，从三个方向攻城。有大约八十名林凤的士兵冲入城中，但在西兵的还击下，这八十名林军全部遭到杀害。最后，林凤军队在西班牙士兵的顽强抵抗下，不得不撤退。林凤第二次进攻马尼拉的战役亦告失败。这一仗，西班牙战死十三人，而林凤损失则达二百余人，其主要将领日本人庄公，亦在这一战役中阵亡。
▲林凤
从这些记录可以看出，林凤这两次战斗的指挥者都是日本人，也就是正经的倭国海寇。其作战模式是火绳枪兵加肉搏兵，与缺乏火炮的日本战国时代的战术模式一样，林凤本人船队中的火炮，根本没有运用到作战当中。而在日本裔将领庄公死后，林凤就直接放弃进攻马尼拉，率部众撤退驶向距马尼拉四十里格的傍佳施栏（Pangasina）河口，于距河口四里格的上游之地设置基地，并建筑要塞在当地称王。林凤退据傍佳施栏港的消息传到马尼拉后，菲律宾拉维撒里认为，林凤将为菲律宾之心腹大患，决心铲除。于是调集人马船只，准备北上。据西文资料，1575年3月23日，菲督命撒示度为司令官，统率西班牙人二百五十名、土著番兵二千五百人，分乘五十九艘船从马尼拉出发，于3月30日清晨抵达傍佳施栏河口。
西班牙人在河口侦明情况后，即派七十名西班牙人，分乘九艘小船沿河上溯，捕拿林军船只以作封锁河口之用，同时又命人率二十八名西班牙人和土著番兵，陆路佯攻林凤要塞。西班牙人的船队在河上与三十五艘林凤船只相遇，林军船上的人当时弃船而去，船只全部被西班牙人焚毁。上午十时， 西军对林凤据地展开了进攻，杀死林凤部百余人，捕获妇幼七十余人。战斗持续了一整天，西班牙人也被打死五人，还有三十名参战土著被杀。但是这次明显是因为林凤没有防备。于是林凤趁西班牙人撤退时，修整了城堡，增强了军力，且在城寨内增架了三门大炮和大量轻型火炮。因此当第二天，西班牙人再一次向林军要塞发起全面进攻时，遭到了林凤部的炮火射击，西班牙人的火枪显然无法和林凤的火炮相抗，因此很快撤退，在附近扎寨驻守，打算将林军困死在港内。
就在西班牙人对林凤全面围困期间，西班牙人的一艘运粮船于仁牙因（Lingayen）湾麻里恶（Buliano）港与一艘中国军舰相遇。该船西班牙指挥官路亚尔加（Miguel）经随船马尼拉华裔林必秀（Sinasay）翻译，知道这是一艘中国的官船，船上的中国军官名为王望高（Omocon）。翻译林必秀又带领王望高来到傍佳施栏港，并面见司令官撒示度。王望高向撒示度表示，林凤是个凶恶巨盗，为中国官兵追剿对象。如果西班牙人能够予以活捉或杀死，中国政府将赐以重赏，并可在京城建一牌坊以表彰其功。接着王望高又与林必秀一起前往马尼拉，获拉维撒里总督接见，并商议讨灭林凤事宜，两者曾达成协议，拉维撒里答应如能生擒林凤，将之引渡中国政府。在王望高到达吕宋之前，明朝政府已经得知林凤在吕宋称王的消息，为防止林凤再度回到中国广东、福建沿海为害，因此特意选派“素有胆略，谙识夷情”的哨官王望高先赴吕宋，一面打探林凤在吕宋之现况，一面 “许以便宜行事行间”。明朝政府还颁发军令牌面给予札付，授予这位统兵不过几十人的下级武官，能够在海外行使特权。
王望高于三月十二日抵达吕宋后，在吕宋土著的支持下，调集了五千名番兵、二百艘战船，于三月十八日至二十八日连续向据守在玳瑁港内的林凤军队发动几次袭击和进攻。几场战斗下来，“贼人死者过半”，林凤所剩兵力已不足千人，林凤部下主要将领林逢春、颜祐谦、许应美及吴大成等均已投降王望高。林凤集团在王望高指挥的番兵打击下，已到了 “战则无兵，守则无食，逃则无船”只等束手就擒的困境。当时明朝在传统朝贡范围内拥有极大的影响力，在条件允许下，一名哨官这种下级武官，便可手持印信，在朝贡国家中调集军队。如同台湾番社调集土著士兵一样，王望高在吕宋也征召了五千名士兵。这也是十六世纪后，明朝官方力量第一次抵达东南亚国家，行使宗主国的权力。这样的结果导致了占据马尼拉的西班牙人不满，于是西班牙人将王望高从前线请回马尼拉，向王望高保证会消灭林凤，怂恿王望高乘季风提前返回。
王望高在击败林凤主力后，林凤率残部退守玳瑁城，王望高认为林凤 “今以战则无兵，以守则无食，以逃则无船”，已成瓮中之鳖，擒获或击杀林凤应是十拿九稳。因此，在西班牙人的再三保证下，他决定暂时将林凤围困，自己想先趁五月份的南汛返回福建向上司报功。菲律宾总督自然巴不得这个能随意征召几千土著的中国人赶紧离开，于是向王望高提供全部返航必需品，并派遣使节与王望高一同回国。由林凤问题而促使西班牙海外殖民地 “吕宋国主”正式向大明国派遣使臣，是中欧关系史上的一件大事，西班牙成为大航海以来继正德年间第一个欧洲国家葡萄牙之后向中国派遣使臣的第二个欧洲国家。这一次西班牙出使的目的主要有二：一是要求中国政府允许传教士在华自由传教；二是请求划定福建的一个港供西班牙人作贸易之用，一如葡萄牙人在澳门。
这一次西班牙使华之起由是因林凤之事而引起的。由于林凤此时尚被围困，而并没有真正被擒获或击毙，尽管西班牙使节表示一定会擒获林凤，“及译审番僧马力陈等，亦自认决能擒贼以报效朝廷”。王望高则认为：“计此时当为周英等所得，特风汛不便不能回报耳”。就是说此时留在吕宋的周英，应该已经将林凤擒获，只是因为 “风汛不便”而无法回来报告。但是就在王望高等人来到福州不久，福建海面就发生了海盗掠夺事件，故巡抚福建佥都御史刘尧诲，立即对林凤事件的真相起了疑心。因此，刘尧诲决定先将使臣遣回吕宋，待到擒获或击杀林凤的证据到手之后再作决定。至于西班牙使节提出的要求，刘尧诲答复是必须上报朝廷，获得皇帝的批准。因此，刘尧诲第二次派王望高率船队再赴吕宋，一是护送西班牙使团返回，二是与西班牙人共同擒捕林凤。
但是出人意料的是，就在西班牙使团还未抵达福州时，被人认为已成瓮中之鳖的林凤居然逃脱出洋而不知去向。由于西班牙人只是封锁了附近地区，并不是直接在要塞附近设围。于是林凤派人到外面去砍伐木材，不久便在堡垒中建好了三十三艘船。在堡垒被围四个多月后，林凤在八月二日晚从河道进入大海，回到中国沿海，进入澎湖进行休整和补养。林凤在澎湖停留时间不长，约一月左右，于九月初再次去了台湾。在台湾停留了两个月之后，林凤于九月二十四日，率其部众从台湾新港开洋，直奔潮州，向明军乞降。
兵部与福建方面对待林凤的态度是，根本不要谈 “招抚”之事，下定决心要将为患闽广多年的林凤集团一举歼灭。这一仗是闽粤两省军队同林凤集团的最后一仗。十月一日，福建水师在浯屿誓师；三日出发；七日，闽师抵达潮州海门所，对刚到潮海的林凤集团发动攻击；九日，追林凤至碣石卫田尾澳；十二日，又追林凤部至淡水外洋。这几场战斗，均大败林凤，击沉林凤船二十三艘，擒获斩首共二百余人。经此一役，林凤虽被击垮，但仍然在沿海继续活动，在此时，潮州参政金淛出面力主招抚林凤，得到了首辅张居正的同意，于是林凤部属叛离林凤。孤家寡人的林凤投奔海南原自己的部属李茂部，后李茂被明军剿灭，林凤再次脱逃，流亡东南亚。但是东南亚各国惧怕明朝问罪，拒绝接纳林凤，因此林凤在各地流浪后，最后不知所终。
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