虽然密西西比文明缺乏文字史料，但今天我们仍然可以从考古发现以及西班牙征服者的一手记载，还原16世纪时密西西比土著的军事形态。大量发掘出的战争相关陪葬品以及西班牙人所记载的密西西比人熟练的防御工事营造技艺，无不暗示着军事在密西西比诸城邦中同样占据着长期且重要的位置。密西西比人的神像中充斥各种军事器物，也使现在学者相信这些神明不仅仅是为了保护人民的日常生活，亦是保佑酋邦的军人们在战争中旗开得胜。
不同的密西西比城邦间存在着激烈的竞争和摩擦，使得酋长们需要采取各种外交策略和阴谋诡计。这一点从德索托与塔斯卡鲁萨以及奇卡扎等酋长的交往中就可以看出。酋长的政治地位虽然处在一个城邦的顶点，但在他的下面仍然有一个专门的顾问团队为他分担各种职责，其中跟军事相关的顾问官员包括“战争祭司”（War Priest）以及“大元帅”(Great War Chief)。前者主要负责战前、战时以及战后的占卜和宗教仪式，监督军队的各种行为，后者则负责为酋长统筹兵马，制定各种战争策略。这两类官员在城邦中拥有很高的地位，这一点从对他们墓葬的考古发掘中就可以看出来。根据近期考古学家在卡霍基亚遗址的72号土丘堆中就发现一个包含250具遗骸的坟墓，其中有两具遗骸被放置在由将近20,000个贝壳珠串所编织成的鸟形席帘上，周边伴随着丰富的装饰各种战争图样的陪葬品。考古学家相信墓葬的主人在生前就是很有威望的军事统帅，而一同埋葬在内的其他200多具遗骸，极有可能就是在这两位将领下葬时一同殉葬的仆从和奴隶！
至于这种军事官员究竟采用何种晋升机制，是靠战功，血统，或者兼而有之，迄今为止学界仍然没有一个准确的定论。但可以肯定的是，密西西比社会有着一套至上而下的社会等级制度，不论是城邦与城邦之间、村镇与村镇之间、社区与社区间，还是同一社区内的不同家族，都有上下之分。酋长（Mico）理所当然出身于整个城邦中等级顺位最高的家族，但这并不意味着他有着绝对的独裁权力。为了处理城邦中的大小事务，城邦酋长需要召开城邦议会，召集的对象包括下属各个村镇的头人（被称作Bolatas 或者Oratas）。
根据1566-1568年西班牙人胡安·帕多（Juan Pardo）的探险记录，头人在城邦议会中占据了仅次于酋长的最高席位。除此以外，参加议会的每个头人还带有自己的顾问团和秘书（被称为Henihas），他们在议会中占据较低的席位。在不同的城邦内部，酋长以及头人的关系也大不相同。譬如在奇卡扎城邦中，头人具有很大的自治权力，他们与酋长的关系仅止于定期缴纳贡物，这也就是为什么奇卡扎酋长需要拉拢强大的军事盟友来震慑这些独立性高的头人。而在今密西西比州中南部的纳切斯城邦里，酋长则对于各个村镇有很高的支配权，甚至可以指派自己家族中的男性成员担任村镇的头人。在一个结构较为简单的城邦内，酋长通常统治着4-5个村镇。
拥有巨型土丘的村镇是一个城邦的行政中心。在这个村镇内，不同的土丘象征着不同等级的家族。酋长家族的居所无疑是建立在位于村镇广场正北方，规模也是最大的那一个土丘之上，而环绕在广场四周的其他小规模土丘，则供其它家族的人居住。通常一个城邦只存在一至两个这样的村镇，而在譬如与德索托结盟的库萨等一些规模较大，拥有附属城邦的强大城邦内，则可能存在好几座这样具有土丘群结构的附属行政中心，用以监视各个附属城邦的动态。
政治制度上的等级同样会在军队组织中造成影响。出身较高等级家族的军人往往在军队中也拥有较高的职位，在他们当中一些拥有军事专长的人将会被选拔为参谋或者指挥官，就跟他们的对手欧洲人一样，指挥军队中的不同支队。低等级出身的军人同样也拥有自己的晋升体系，通过在战斗中的勇敢表现，他们可以获得更高的头衔，直至成为“荣誉勇士”。获得“荣誉勇士”头衔的军人将有资格列席城邦的军事会议，并发表自己的意见。
在军事会议上，酋长与他的高级顾问将与将领们商讨作战计划。由于没有欧洲人的参与，我们很难得知有关密西西比人军事会议内容的书面的资料。但毫无疑问的是，由于密西西比人的宗教观念，各种严格的等级纪律以及战场仪式将在会议中进行强调，会议也很可能会对那些被提拔为更高头衔的战士在战场上的各种表现进行审查。密西西比城邦中不存在职业军队的概念，出征军队中的士兵都是从城邦的男丁中临时募集而来。小规模的征集进行的十分迅速，譬如奇卡扎在出征讨伐米库拉萨时就是在短短的一天时间内募集了数百名兵丁并立刻启程。至于数千人规模的动员则需要花费数天的时间，如塔斯卡鲁萨在对抗德索托时便一边采用友好态度拖延对手，一边提前数天调派人手在马比拉修筑工事并屯集军队。如果是长期的行军和围攻，城邦甚至还会征调部分妇女和儿童，为军队携带后勤给养。这些后勤食品种类丰富，包括了蜂蜜、豆类和干玉米粉，有些条件好的还有烟熏过的鱼干。
通常来说，密西西比城邦军队采取的主要战术有两种，即奇袭战和正规战。奇袭战主要是用来骚扰对手，派遣小股部队在敌军防备薄弱的时候进行快速袭击，然后再迅速撤退。北美印第安人是奇袭战方面的好手，根据西班牙人的说法，他们在采取攻击和撤退的时候都表现得非常坚决，一旦发现情况有变，便会立即保持有序的组织撤离。但在一些情况下，为了震慑和征服对手，以对方的村镇以及土丘中心为目标的正规战便成了必要的战争手法。在正规战中，酋长和他的高级将领身着盛装坐镇指挥，将全军分为多个连队包围对手的村镇。即使是在正规战，密西西比勇士也喜欢近似突袭的手法，通常以发射箭矢，尤其是火矢作为战事的开端，当成功制造防守方的混乱之后，再在传令官的统一号令下，从四面八方一齐发动攻击。鉴于密西西比人落后的城防技术，这种攻击已经十分有效。一旦攻击成功推进到了对方的城镇内，印第安勇士们会立刻换上大棒等近战武器，与退入城镇内的敌军勇士进行残酷的肉搏战。
如果战争的最终目的是为了彻底摧毁对方，则对手的土丘以及在上面的酋长官邸会成为攻击方的优先目标。因为密西西比人相信，摧毁一个城邦的仪式中心意味着对手的祖灵以及陪葬品都已经为攻击方所拥有。胜利的攻击方会在烧毁敌人的村镇前大肆掠夺，同时也会进行彻底的屠杀。密西西比人同样把敌人的身体部位当做是战利品，因此为了尽可能的炫耀自己的功绩。胜利方的勇士很少留下活口，往往只有年轻的女性才有机会幸存下来成为胜利者的战俘。而这些女性俘虏的下场无外乎是三种：嫁入胜利者的家族、沦为奴隶以及最悲惨的一种，作为人牲被强迫为逝去的酋长殉葬。
传统密西西比武士的武器包括弓、刀、棍棒以及投枪。他们使用的弓大约有50磅左右，由洋槐木制成，具有很高的结实度。箭簇则通常由硬木、石头、鹿角、鲨鱼齿以及兽骨等材料打磨而成。北美土著都是技术很好的弓箭手，在与装备有板甲的欧洲征服者对阵时，“印第安弓手总能准确地射中没有被铠甲覆盖到的细小部位而造成杀伤”。西班牙人加西拉索·德·拉维加（Garcilaso de la Vega）记载了一个故事，说到德索托的部队经过阿里马木省份内的一条河川时，河对岸的一位部族武士曾向西班牙军队提出以弓术来一对一决生死，于是西班牙军中就有一名十字弓手出来应战。结果，阿里马木勇士隔着大河，一箭就射中了那名十字弓手的颈部。
在近战中，密西西比武士使用芦苇或其他植物纤维制成的匕首以及镶有鲨鱼齿的狼牙棒。在与欧洲人接触以后，他们也开始学会使用金属作为武器的材料。当法国人在德索托探险后大约二十多年来到美国东南部探险时，发现当地的原住民武士已经装备有铁制的刀具了。
甲胄在北美东南部的土著中并不流行，在16世纪欧洲人的记录中也鲜有与身着甲胄的印第安人交战的记载。只有高级的军队指挥官才会佩戴铜制的局部护具，但显然这种装备的装饰意义远大于防御，绝大部分的密西西比武士在作战时近乎裸体。不过加西拉索亦在一个密西西比人城邦的兵工厂中见到大量的兽皮制的甲胄以及木制的盾，现今的考古发现也证实了这个说法。密西西比城邦的武士，注意201号所穿的皮甲应该就是西班牙人在原住民的兵工厂中看见的。
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