随着罗马军队与帕加马、亚该亚军队汇合并南下，安条克带领他的大军离开了萨迪斯，沿着赫尔墨斯山谷，这支军队走向了马格尼西亚，这个注定将决定霸权诞生或陨落的地点。在近一百年前，安条克大帝的先祖，塞硫西帝国基业的奠定者，“胜利者”塞琉古一世带领大军西进，与在色雷斯、马其顿、希腊建立统治并寻机东进的另一位继业者利西马库斯进行了库鲁佩狄安会战（Battle of Curupedion，公元前281）。在这次同样发生在马格尼西亚的会战中，两位耄耋之年的君主为了他们多年未竟的目标：重新统一亚历山大帝国，而亲临战场，最终塞琉古一世获胜而利西马库斯战死，塞硫西这个亚洲帝国朝向欧洲扩张的通路就此打开。对安条克而言，这场会战的性质别无二致，若胜，则此前的所有失败都显得微不足道，整个希腊将会重新对他开放；若败，则塞硫西帝国过去20年内苦心重建的实力将不复存在。
会战战场的精确位置位于两条东西走向的河流，北面的弗里吉乌斯河（Phrygios，今土耳其库姆河）和南面的赫尔墨斯河（Hermos，今土耳其杰迪斯河）之间，罗马-希腊联军占据了西侧，而安条克在东侧扎营。安条克投入了包括军事定居者主力在内的7万兵力，这是安条克统治期间，出现在野战中的最大一支塞硫西军队。而西庇阿的兵力则包括2个罗马军团、2个同盟军团和帕加马、亚该亚盟军提供的兵力，总数仅有3万人，但都是经验丰富、素质出众的精锐。
起初，卢西乌斯?西庇阿在两条河流最窄处布阵寻求会战的机会，但这里的战场宽度对兵力优势的安条克大大不利，因而安条克不为所动。随着时间即将进入公元前190年的冬季，在敌人境内难以获得补给的罗马-希腊联军越来越急切地寻求会战，他们将战线向前推进，以稍宽的战场宽度诱惑安条克接受会战。经过两次罗马战线的前推和战场宽度的增加后，安条克满意于战场环境，决定接受会战。
马格尼西亚会战
由于在骑兵实力上居于绝对劣势，卢西乌斯?西庇阿将步兵战线的左端紧贴弗里吉乌斯河部署，步兵与河流之间仅象征性地保留了容纳120名骑兵的空间，塞硫西的右翼将很难有足够的战场宽度进行侧翼迂回。总计4个罗马军团和同盟军团从北至南展开，其中罗马军团居于中央，而在这4个军团的右翼，是来自帕加马的大约3000人轻盾兵，以上所有单位展开了大约2.1km长的步兵战线。在他们的南面，帕加马国王攸美尼斯二世（Eumenes II）带领联军的几乎所有骑兵，其中800人是他的近卫骑兵，而其余骑兵则大多由罗马提供。加上骑兵，整条罗马-希腊联军的战线长度达到了3千米。
与之对垒的安条克限于战场宽度的限制，进行了一些有违常规的部署。总共16000人的定居者方阵，没有按照习惯的16排，而是以32排纵深部署，每个方阵团排布成50×32的队形，连同10个方阵团的间隙一起，占据了大约1公里宽的正面，与罗马人两个居于右侧的军团对应，每个方阵团之间都部署了轻步兵和2头战象作为掩护。紧邻着方阵的右翼，首先是一部分加拉太重步兵，以及安条克大帝亲自率领“近卫”骑兵队和3000名定居者铁甲骑兵，在他们的北侧是10000名银盾军，这些单位将对罗马战线左翼的两个军团发动主攻，1200名大益游牧骑射手在外围游弋掩护侧翼。值得一提的是，运用冲击骑兵正面强行突破结阵重步兵，这样的冒险做法在此前的希腊化军队中并不多见，安条克此次的右翼部署，一方面是由于战场空间有限，另一方面也是铁甲骑兵改革给予了他正面突破的信心。
而在方阵的左面，塞硫西军队的部署更为复杂，紧接着方阵的是1500名加拉太重步兵和2000名以相同方式作战的卡帕多西亚人，他们的左侧是安条克次子塞琉古带领的“伙友”骑兵队和另3000名铁甲骑兵。另有来自梅西亚、弗里吉亚、潘菲利亚、吕基亚、皮西迪亚、克里特、特拉利斯和西里西亚的多达15000名种类繁杂的轻步兵，包括投石手、标枪手、弓箭手和轻盾兵在内，部署在左翼，在塞琉古的骑兵主力前面，则是一些阿拉伯的骆驼弓骑兵。少量刀轮战车被部署在左翼前列，安条克希望运用他们的冲击力去扰乱对方的骑兵队形，为接下来左翼决定性的骑兵冲击减少障碍。
两支军队都选择在黎明就离开营地布阵，当天的大雾和尚未升至半空的太阳使得光线条件颇为差劲。为了更好的发挥远程部队的效力，两军的战线比往常更为接近，这为战局发展埋下了伏笔。马格尼西亚会战的开始以双方轻步兵的交战为标志，拉开了序幕，塞硫西中央和右翼的轻步兵由门第斯（Mendes）、左翼轻步兵由齐欧西斯指挥，与罗马各军团前方的轻装步兵进行了一系列前哨交战。但军团重步兵和方阵都不急于前进，双方都认为决定性的行动将从侧翼开始。
安条克在右翼首先前进，他亲率“近卫”骑兵队居中，带领4000名重骑兵发动了正面的进攻，连同配属的银盾军和加拉太重步兵一起，直接强攻罗马左侧2个军团的正面。区区120名骑兵无力守住罗马阵形的左翼，而2个军团也没能挡住铁甲骑兵的正面冲锋，罗马战线的左半段在安条克亲自领导的攻击下顿时分崩离析，结阵的重步兵被骑兵正面击垮，也成为一个少见和颇令罗马人感到尴尬的战例。大批罗马和意大利同盟军团的溃兵随之向军营溃逃，在那里还配属着2000人马其顿和色雷斯的志愿兵，使得罗马的溃兵设法在营地中进行了重整。安条克获胜的右翼一路席卷，他又一次面临着拉菲亚会战的相同抉择：是重整部队转向左侧，还是继续直攻对手大营，国王又一次选择了后者。
安条克大帝
而塞硫西军队占绝对优势的左翼，却遭遇了完全意外的状况。居于前列的刀轮战车由于战线相接，没能获得足够的加速空间，结果攸美尼斯二世准确地判断出战车对骑兵的威胁，集中手中的轻盾兵和轻骑兵分散围攻战车。没能完成加速的战车，在投射武器的攻击下显得笨重脆弱，2马、4马甚至6马的刀轮战车，只需有一匹马匹受伤就变得难以驾驭。这样的攻击使得战车大多在失控中掉头向后，反而冲击了塞硫西军队的左翼。另一方面，由于铁甲骑兵笨重的铠甲和密集的队形，他们没有足够的速度和空间来躲避来自本方战车的误伤，于是塞琉古麾下的左翼骑兵主力，在本方战车的冲击下溃不成军。攸美尼斯二世顺势展开攻击，仅仅3000名骑兵和3000名轻盾兵，就将塞硫西的整个左翼战线打得一败涂地，追赶着数量五倍于自己不止的敌军，追亡逐北如入无人之境。
安条克此时对左翼发生的变化毫不知晓，在他看来，就连善战的罗马步兵都被自己的骑兵冲击一鼓而下，那显得更不堪一击的罗马骑兵，必然也被自己强大的左翼轻松碾碎。他带领右翼的得胜部队猛攻罗马军营，却被留守的罗马军官马库斯?阿米里乌斯（Marcus?Aemilius）带领溃兵和营地守卫们暂时挡住。安条克眼见短时间内无法攻下营地，便回过头来冲向罗马的另一半战线。
在攸美尼斯二世击溃塞琉古之后，前者将自己的右翼迂回到了塞硫西的方阵之后，尽管背后受敌，但这些经验丰富、值得信赖的老兵迅速结阵，组成四面对敌的阵形，而将战象和脆弱的轻步兵包裹在阵形内部。正面的2个军团不敢强攻结阵的马其顿方阵，便投入轻装步兵，以连续的投射打击软化塞硫西方阵的防御。由于对方骑兵的威胁，塞硫西方阵不敢放出轻步兵进行反击，只得直接承受长时间的投射攻击，尽管伤亡惨重，老兵们依旧坚韧地维持着阵形，并缓缓向营地后退。但就在这时，塞硫西各方阵内部的战象忍受不住投射打击，纷纷因痛苦而发疯失控，这些动物从内部冲垮了严密的方阵，军团抓住机会发动了冲锋，失去队形的方阵无力抵抗，塞硫西的战线就此崩解。
直到此时，安条克才回到战场，攸美尼斯二世的弟弟阿塔卢斯（Attalos），带领200名帕加马骑兵试图阻止他，他弃之不顾地冲向中央战线。但随后的景象出人意料，满地的方阵士兵和战象尸体，以及已经被攻下的军营摧毁了他的意志，他带领得胜的右翼部队仓惶撤离战场，在当天半夜逃回了萨迪斯。根据阿庇安的记载，被俘虏或杀死的塞硫西士兵达到五万人，而罗马人的损失微不足道。一些后世的历史学家去除了其中的一些水分，但马格尼西亚会战仍是一场伤亡一边倒的决战，安条克苦心经营多年的军队，遭到了毁灭性的打击。
就这样，马格尼西亚会战以这样出人意料的结局结束，一支经验丰富、装备精良的军队，在人数不足自己一半的敌人面前被压倒性的击垮。安条克几乎要为这场会战负全部的责任，是他在不合适的战场环境下使用战车，而招致了左翼的覆灭；是他实验性的在方阵间部署战象，而将一场仍能获得平局的会战，转化为惨败；安条克曾经的噩梦，拉菲亚会战的指挥失误，以完全相同的方式在马格尼西亚重演。毁灭性的结局使得他的朋友和部下们向他抱怨，有人指责他发动这场战争，是因为错误的判断战略态势；他的步兵指挥官们则质问他，为何跟随他征服了整个帝国的方阵老兵们，会在最关键的会战里被置于次要的战术地位。胜利者则兴高采烈，一句话在罗马士兵之间流行：“安条克大帝，他曾是一位国王。”，为安条克霸业的功亏一篑画上了一个句号。
作为马格尼西亚会战和整场罗马-叙利亚战争的结果，安条克三世在公元前188年签订了耻辱性的阿帕米亚合约：缴纳3000银泰伦现金作为军费，在未来10年内分期支付12000银泰伦作为赔款。同时仅保留限制性的军备，为此，无数艨艟巨舰被拆卸摧毁，而大量印度战象更是在悲鸣中被屠杀。包括国王的三子小安条克在内的20名人质被送到罗马城。更重要的，帝国在陶鲁斯山脉以西的全部领土，被割让给了帕加马与罗德岛。此后，尽管塞硫西帝国起起落落，但其步伐从未再能涉足陶鲁斯山脉以西。
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