双屿之战、走马溪之战后，朱纨大获全胜，葡萄牙人消失在中国沿海。被葡萄牙人武装的中国走私商人和日本人乃至东南亚人，在武备失去支持后也已式微。鉴于夷屿作战之时，福建走私商人当着明军的面，仗着小船的速度比明军哨船速度快，直接向被围困的葡萄牙人出售粮食等物资。为震慑这种肆意妄为的通番资敌行为，朱纨决定斩杀所有俘获的对海寇联军贩卖物质的人。而这些人，很多就是福建浙江沿海豪族的家庭成员。
朱纨半身像
“断人财路如杀人父母”，现在朱纨不但断了这帮人的财路，还依法处置了他们的亲族。于是同族同窗同堂们开始联合，闽浙籍官员纷纷上奏弹劾朱纨，要求皇帝削弱他的职权，并调查杀人事件。朱纨上奏辩解称，逮捕的海盗都是本地人，如果不赶紧杀掉，恐怕迟则生变。
杀了其实也有变，只是刀子是从背后捅过来的。在朱纨的奏报里，有三名佛朗机国王。这三个所谓“国王”，更大可能是东南亚当地部落首领。因为在俘获的俘虏中有不少数量的女性，这是东南亚的航海特色。葡萄牙人虽然使用东南亚人作为武装奴隶和桨手，但是按欧洲的航海习俗，远航或者海战，船上是不能有女性成员的，所以通常不会在船上长期携带妇女。一般的东南亚人也不会和葡萄牙人联合军事行动，因为葡萄牙人在东南亚颇为强势。所以这些非奴隶的东南亚人中，有在当地地位较高的人，被朱纨误作夷王上报。
不过对于弹劾朱纨的福建、浙江籍官员，真相并不重要。他们因为自己的财路被断，需要的只是一个攻讦朱纨的借口。于是不明真相的嘉靖，下令调查滥杀的真相。
兵科给事中杜汝桢与会同巡按御史陈宗夔调查结果出来了。他们声称，“所谓葡萄牙人其实是满剌加国（即马六甲）商人，每年私招沿海无赖之徒，往来海中贩卖外国货物，未尝有僭号流劫之事。朱纨擅杀之罪证据确凿，闽浙官僚们对朱纨的弹劾也的确不是罗织罪名。”
杜汝桢跟陈宗夔，直截了当的无视了葡萄牙攻灭明朝藩属国马六甲的事实，更将二十年前葡萄牙公然在广东与明朝开战的事实置之不理，说其为和平商人。
嘉靖皇帝
要知道，十六世纪在中国的葡萄牙人已经在一条船上装备着三十几门炮，时常炮击中国军船的和平商人；开战时能敲锣擂鼓，以军队正规作战方式指挥战斗；更是把火炮卖给中国沿海海盗，导致一条海盗船上能装备十六门火炮。
这样的武装殖民侵略者，都被士绅们说成和平商人，那帮既得利益者颠倒黑白、指鹿为马的能力可见一斑。
明代铁质佛郎机，其全长近两米，重约三百斤，炮口径６厘米，是十六世纪初传入我国的西方火器之一，最早是在明正德末年、嘉靖初年从葡萄牙人处传入我国的
根据杜汝桢的报告，嘉靖皇帝对朱纨案裁定如下：朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以首犯论处，其他官员如通判翁灿；拒捕顽抗的葡萄牙人方叔摆等四人当处死，其余佛南波二者等五十一名当安置；现存通番奸徒当如律发配发遣。于是嘉靖诏命朱纨进京讯鞫，与其一同作战的福建都司都指挥佥事卢镗、海道副使柯乔被丟进牢里等死。当消息传到杭州，朱纨很明白，这是闽浙官僚们要他死。朱纨说：“我既贫且病，而且脾气倔强，决不肯跟奸佞对簿公堂！我是死定了！即使皇上不要我死，福建、浙江参与海上走私的人也必将至我于死地。横竖是死，我宁可自己了断，也不愿死在他人手里。”临死前，朱纨给自己写好了墓志，写下一首绝命词，然后服毒自尽。这位威震海疆的“海盗克星”就这么惨死于既得利益者的陷害。
当朱纨死后，嘉靖询问是否开海，对走私不缴税很满意的闽浙官僚们，为了避免开海禁之后的抽分，也为了避免开海之后利益流失。这帮人告诉皇帝，通番不赚钱也没好处，不用开海。翻云覆雨的福建、浙江官僚，就这样轻易弄死了巡抚级别的重臣，自此明廷罢巡视大臣不设，中外不敢言海禁事。从中外不敢言海禁也可以看出，当时明廷上下对朱纨为什么死非常的清楚，朱纨不是因为所谓的擅杀而死，而是因为海禁而死。当朱纨死后，在福建、浙江沿海士绅们的纵容之下，武装走私船再一次蓬勃的发展起来。
“去外国盗易，去中国盗难，去中国滨海之盗尤易，去中国衣冠之盗尤难”，朱纨的身亡，名将卢镗、柯乔的入狱，代表着明朝试图重新恢复东亚秩序的行为，惨遭失败。葡萄牙在远东的投入，其实远超现在学者所认为的袭扰。这是一次大规模的军事技术扩散。葡萄牙人连接中国、东南亚、日本三国的不法分子，中国和东南亚提供人力、船只；葡萄牙人提供火器、军事技术；日本人提供冷兵器，军费。使得中国在维持东亚秩序上的成本，已经远超了国初所设计的能力。
明朝初年的时候，东南亚和日本的船只上面只有少量或者没有火器，中国水军在压制周边国家的时候有着极强的技术优势。加之中国造船技术先进，船只巨大，曾经的挑战者日本人，多数仅仅是载人二三十的小船。
当葡萄牙人发现自己在远东人数稀少，实力较弱，无法挑战明帝国，于是拉拢怂恿周边的势力，将以上各方的优缺互补，整合出了一支庞大而专业的倭寇军队。
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