基因也能被剪辑?

基因的发现

基因的发现堪称人类历史上最伟大的里程碑,与到达南极点或者攀登珠穆朗玛峰比起来,它不仅更困难,而且耗时更长。通过前后三代学者的接力,才揭开了遗传的神秘面纱。

第一位踏上征途的是孟德尔。1856年,孟德尔已经完成了在维也纳大学的学业,顺利当上了神父。对于一个寒门子弟来说,这也算是人生巅峰了。不过,孟德尔没有满足于传经、布道、教授书本上现成的东西。他对遗传显然有些“离经叛道”的想法,并打算通过实验去验证它们。经过一番思索,孟德尔选择了豌豆。他首先对豌豆的性状进行分类,如高茎还是矮茎、黄色叶还是绿色叶、种子是饱满的还是褶皱的。接着,他进行了长达8年的豌豆杂交实验。高茎豌豆和矮茎豌豆杂交,有很大概率生出高茎豌豆;在这些高茎豌豆之间进行杂交,产生的高茎后代和矮茎后代之比是3:1。这说明,父亲或者母亲的性状会影响到孩子,而且它们的影响是均等的。

豌豆杂交

到了1928年,英国细菌学家格里菲斯进行了肺炎双球菌转化实验。肺炎双球菌有两种,一种有荚膜(为方便描述,以下简称为S型),对生物的免疫系统有较强的抵抗力;另一种没有荚膜(为方便描述,以下简称为R型),即使进入生物体内,也会被免疫系统消灭,几乎不产生症状。格里菲斯发现,将R型肺炎双球菌和高温杀死的S型肺炎双球菌注入到小鼠体内,小鼠会因为细菌感染而很快死亡。由此可见,S型肺炎双球菌体内的某些物质使原本无害的R型肺炎双球菌得到了生成荚膜、逃避免疫系统、感染小鼠的能力。换句话说,决定生物性状的并不是某个细胞,而是细胞内的某些物质。


在格里菲斯实验的基础上,艾弗里完成了探索基因科学之路中最耀眼的一击。他将S型肺炎双球菌分解,得到了蛋白质、类脂、多糖、RNA、DNA等多种物质,在对这些物质进行纯化之后,一一进行小鼠感染实验。结果显示,只有S型肺炎双球菌的NDA可以感染小鼠[1]

不朽的双螺旋

如今,我们知道,NDA是生物生长、发育、新陈代谢和一切性状的决定力量。那么,这种力量是如何发挥作用的呢?为了方便描述,我们不妨把DNA想象成铅字。大家应该听说过活字印刷术,如果想印刷本文,那么,首先要准备相关的铅字,然后将它们按照正确的顺序整齐排列,接着,在铅字上涂抹一层油墨,盖上白纸,用滚筒轻轻挤压,文字就被转移到纸张上。

?基因的双螺旋结构

DNA这种“铅字”有些特殊。第一,它只有四种“文字”,即人体内的DNA由四种核苷酸组成,一般标记为A、G、C、T,三个核苷酸可以编码一个氨基酸;第二,在正常情况下,DNA是双链螺旋结构,这条链上的A只和对面链上的T结合,G只和C结合。在某些时候,比如人体内蛋白质合成或者在实验室中加以合适的温度,两条DNA链会彼此分开。信使RNA就像油墨,可以精准地将DNA上的A、G、C、T复制下来;转运RNA好比滚筒,它能识别“三个核苷酸——一个氨基酸”编码,并将氨基酸组装成蛋白质。

细胞中的DNA

蛋白质,可以说是人体内最重要的物质。生长发育离不开它,心脏跳动离不开它,人体的每一个新陈代谢过程中的每一次调节都离不开它。DNA就这样通过蛋白质控制着生物。

最早的剪刀手

既然DNA是一切事件的幕后黑手,那么,通过调节患者的DNA,不就能治病了吗?这种想法是好的,但是实际操作起来很困难。首先是伦理问题。这个不是重点,我们略过不提。其次是没有工具。

DNA作为人体的遗传物质,其结构十分复杂,具有一定的稳定性,其功能涉及人体的方方面面,十分庞杂,加之体积非常小,所以要想剪辑DNA,必须找到一把特殊的剪刀。这把剪刀既要准确,顺着科研人员的心意,只对DNA做最必要的改动,又要普适,可以按照科研人员的计划进行调整,完成各种各样的剪辑任务。

基因剪辑示意

最早的基因修饰技术,是通过探针,将外源性基因直接注入到胚胎内,让其自行结合;结合得多了,总有运气眷顾“碰巧对了”的时候。把这些胚胎选出来,通过近亲繁殖,进一步纯化实验动植物,直到得到想要的样本为止。这就好比说,我想把本文印刷下来,在印刷之后发现,其中某几个字打错了。正常人会挑出这几个字后替换掉,但是印刷工不识字。于是他把那几个正确的铅字丢进铅字盘里,然后不停地摇晃,只要有足够的耐心,总有恰好对的时候。但是这样的做法,不仅效率极低(在植物研究中,通常只有10-6~10-5),而且仅对某些生物(如酵母菌)有用,根本不可能大规模展开。

基因修饰示意

到了上世纪八九十年代,类转录激活因子效应物(Transcription activator-like effector,TALE)被发现,在此基础上,建立了新一代的基因修饰技术。类转录激活因子效应物,这个名字有点吓人,不过理解起来,并不困难。前边说过,碱基的排列有特定顺序。科研工作者们发现在很多细菌中存在这样一种物质,它们可以特异性识别某些碱基排列。

活字印刷术

还是以活字印刷术为例。老板觉得,印刷工居然是文盲,实在不像话,于是把他开除了,重新找了一个。新来的印刷工的文化水平也不高,但是好歹认识“摘要”、“报道”这俩词。如此一来,他起码能够找到文章第一段。假如印刷错误恰好出现在第一段,剪下这一长条之后,虽然还是要打散、插入、重组,但是工作量就大大减少了。但是这种技术的缺点也是显而易见的,第一,它的识别度并不高;第二,很难对它进行修改,让它适应各种情况[2]

CRISPR/Cas9系统

1987年,日本科学家发现大肠杆菌体内存在一种特别的结构。一段段重复序列之间连着一小段间隔DNA,现在将它称为“成簇的规律间隔短回文序列(Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats,CRISPR)”[3]

人体内有一套主动免疫系统。当人体第一次接触某种致病微生物时,免疫细胞会把它的特征记录下来,同时,合成抗体,这样,下次再有同样的微生物入侵时,人体就能准确识别,进而将它迅速消灭。

细菌常常使人患病,但细菌也有“生病”的时候,比如被病毒感染。病毒就是一个外壳加一小段遗传物质(RNA),借助外壳上的结构,病毒可以吸附到细菌表面,然后钻进去,释放遗传物质,运用细菌的成分,大肆复制,最终,细菌死亡,病毒被释放出来,继续感染其他的细菌。


tracrRNA/crRNA二元复合体指导Cas9蛋白(蓝色图标)寻找并切断靶点双链DNA

在长期的进化中,某些细菌为了对抗病毒,发展出了一套与人体主动免疫相似的系统,就是CRISPR。当病毒入侵的时候,CRISPR可以把病毒的遗传物质(RNA)切一小段下来,保留到系统内,作为识别特征;倘若病毒不知好歹,再次入侵,CRISPR就会和CAS酶联手;后者就像抗体一样,可以迅速破坏病毒的遗传物质。

2012年,珍妮弗·道德纳和埃玛努埃勒·沙彭蒂耶意识到了这一系统的意义:因为细菌要提防的病毒很多,所以CRISPR/Cas系统可以精准地识别许多碱基序列,稍作改造,就有可能以此建立一套精准、易于调整的基因修饰系统。随后,她们将自己的发现发表到《科学(Science)》杂志上,详细介绍了CRISPR/Cas9的工作原理和制备过程。


珍妮弗·道德纳(左)和埃玛努埃勒·沙彭蒂耶(右)

CRISPR/Cas9系统的意义十分巨大。科学家早就知道DNA的组成、DNA的表达,缺少的只是一个顺手的工具。所以,CRISPR/Cas9系统出现以后,相关领域迅速获得突破,研究成果呈现井喷。比如2015年10月,杨璐菡及其团队宣布,她们运用CRISPR/Cas9系统成功敲除了猪内源性逆转录病毒[4];再比如2016年4月,有学者宣布借助CRISPR/Cas9系统,在实验室内成功移除了被艾滋病毒感染的细胞基因片段[5]

韩春雨坚信他的基因编辑论文没有问题

不过,CRISPR/Cas9系统通过编码RNA的顺序来达到调整剪刀的目,终究饶了一个弯。在《DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute》一文中,韩春雨宣布,他运用格氏嗜盐碱杆菌内的一种蛋白质——Argonaute,实现了DNA引导的基因组编辑[6]。这无疑更为直观而简便。所以,他的论文一经发布,就引起了巨大的关注。

基因修饰的意义

前面洋洋洒洒地说了这么多,那么,基因修饰究竟能做些什么呢?第一个好处是显而易见的,那就是为临床医生提供新的治疗方案。笔者在之前的文章中介绍过器官移植。需要器官移植的病人多,而愿意捐献器官的人少。供需不平衡意味着很大一部分病人不仅要忍受疾病的折磨,还要经历等待的绝望。有了基因剪刀,通过定向敲除内源性逆转录病毒,异种移植则成为可能。

第二,因为种种原因,我们很多时候要用动物模拟人体,进行病因探究、药效研究等。有些疾病,比如败血症,是很容易模拟的;有些则不然。你可能在生活中遇见过某个人,他只要一出汗,就有一身的鱼腥味。这不是普通的狐臭,这是鱼腥味综合征。因为基因的关系,患者缺少代谢三甲胺的酶,三甲胺无法通过正常途径排出体外,使得体液与气息含有鱼腥味,这时应该怎么用动物模拟他的这种症状呢?


基因修饰

传统上,是选择特定的小鼠,进行同源重组,这种方法的成本高、耗时长、操作复杂。而有了成熟的基因修饰系统就不一样了,可以直接对小鼠的胚胎细胞进行剪辑,一步到位[7]。也就是说,基因剪刀不仅是一种强大的工具,它还是制造工具的工具,将极大地减少了研究步骤,缩短研究周期。

第三个好处,最终将让每一个人受益。之前,媒体曾经报道,安吉丽娜·朱莉自曝接受接受了双乳切除手术,以降低患乳腺癌的风险。对于一个以性感闻名的女人来说,双乳切除,自然是痛苦的。要是不切除,患上乳腺癌的风险则太大。两害相较取其轻,应该说,这是一个很有勇气的决定。实际上,具有遗传倾向的疾病不仅是乳腺癌,还有血友病、鱼腥味综合征、白化症、苯丙酮尿症等,比得病更痛苦的是从生下来就有病。

基因测序

随着基因技术的进步,未来的情况可能会发生改变。一方面,基因快速测序的成本不断下降,越来越多的父母有条件为后代进行基因筛查;另一方面,2015年4月,中山大学的黄军就教授成功运用CRISPR/Cas9系统编辑了人类胚胎,对能导致遗传病β地中海贫血缺陷基因进行了改造[8]。

出于伦理上的考量,科研工作者们于目前还只能用实验胚胎(无法存活、发育成人类个体)。不过,前途是光明的。有了基因工程,消除与治愈遗传疾病,只是时间问题。


他们/她们在基因工程方面努力的结果必然会受益于全社会

总结

CRISPR/Cas9系统是近年来,基因工程领域的最大突破,而由于基因工程的重要意义,称之为影响人类文明史的发现并不为过。尤其值得一提的是,CRISPR/Cas9系统是由两位女科学家发现的,这对打破科研领域的性别偏见、鼓励更多女性投身科学,有重要的意义。科研从来不是一小撮精英的事,只有鼓励每一个人对科学的信仰,给每一个人充分接受教育的机会,科研领域才能得到新鲜的血液,最终,他们/她们努力的结果必然会让全社会受益。

参考文献

1. 高翼之. 奥斯瓦德· 西奥多· 艾弗里[J]. 遗传, 2006, 28(2): 127-128.

2.. Shan Q, Gao C. 植物基因组编辑及衍生技术最新研究进展[J]. 遗传, 2015, 37(10): 953-973.

3. 袁越,基因工程的新时代[J].三联生活周刊,2015,820(2):154-159.

4. Yang L, Güell M, Niu D, et al. Genome-wide inactivation of porcine endogenous retroviruses (PERVs)[J]. Science, 2015: aad1191.

5. 蝌蚪五线谱,科学家成功移除被艾滋病毒感染的细胞基因片段https://news.kedo.gov.cn/hotnews/photonews/835629.shtm,2016.4.5

6. Gao F, Shen X Z, Jiang F, et al. DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute[J]. Nature biotechnology, 2016.

7. 白敏, 李崎, 邵艳姣, 等. 利用 CRISPR/Cas9 技术构建定点突变小鼠品系[J]. 遗传, 2015, 37(10): 1029-1035.

8. 吴晓丽. 2015 年生命科学热点回眸[J]. 科技导报, 34(1): 23-35.