三公九卿制是中国古代社会官僚政治制度的最主要内容。
三公之名起于西周，有两种说法，一指太师，太傅和太保，太师是军队最高统帅，又是老师（周代又称乐官为太师，要注意区分），傅和保是辅助、保育。据《史记》说，西周初，吕望（姜太公）、周公旦、召公奭分别任此三职，权高位重。三公在天子年幼时可代摄国政。
另一指司马、司徒和司空。东周以后，三公之职缺而不全。不过这种说法并没有多少人支持。
一般认为周代的“三公六卿”，分别以辅佐皇帝的太师、太保、太傅为三公，以冢宰（总管军政）、司马（负责军务）、司寇（分管刑罚）、司空（负责工程）、司徒（负责民政）、宗伯（负责礼仪）为六卿。
秦始皇统一六国后，听从李斯建议，建立以皇帝为尊，以三公九卿为中央官制的中央集权制。即三公是辅助国君的三个最高官员，九卿是中央政府的九个高级官员。
所谓“三公”，分别是：丞相、太尉御史大夫。其中，丞相主管全国行政；太尉负责总揽全国军政；御史大夫则负责皇帝与群臣的沟通并监督群臣。
所谓“九卿”，分别是：奉常（太常、秩宗）卿，掌宗庙祭祀；掌历法、典籍的太史令，掌宫廷医药的太医令，掌经学传授的博士，也都是奉常属官。这既表明，皇帝祭祖的家事，是国家的头等大事，也表明以前地位极高的巫、史等的地位明显下降。
郎中令（光禄勋），主要掌管宫殿侍卫和皇帝侍从，其属官尚有掌议论的大夫，具有候补官员性质的郎，掌引见、传达的渴者等。
卫尉（大中大夫）卿，掌宫门警卫，其下尚有宫车司马等。吏民所上奏章，四方呈送的贡物皇帝征召人员，亦归其接送转呈。
太仆卿，掌管皇帝车马及御厩马匹饲养，兼管全国马政。
廷尉（大理，作士），最高司法官，廷尉寺是最高审判机关，但重大案件需由丞相主持会审，最后由皇帝裁决。
典客，负责外交事务。
宗正，分管皇族事务。
治栗内史，掌管赋税遥役。
少府，负责宫廷财政。
上述“三公九卿”，是秦始皇创立的秦代最重要的官僚制度，也是中国封建社会前期专制主义中央集权制度最基本的内容。
汉代沿用了“三公九卿”的基本构架，但具体名称有所变化。丞相被改为“大司徒”，太尉改为“大司马”，御史大夫改为“大司空”；九卿中的奉常变成了“太常”，廷尉变为“大理”，典客成了“大鸿胪”，治栗内史变为“大司农”等。尽管如此，但其基本职责都变化不是很大。
众卿之下有人数不等的僚属，负责处理具体政务，组成权力执行机构，两级权力机构组成以君权为核心的金字塔式中央行政体制。
秦汉时期中央行政体制尽管有发展变化，但以君权为核心的两级权力机构始终保持着动态平衡，并一直围绕着强化皇权这个核心而运作。
可以说，秦汉时期存在着贯穿始终的、具有完整意义的三公九卿制度
但是，我们也应该看到，九卿中的大部分官职原本都只是负责皇家家事的奴仆，却纷纷担任起处理国家要务的职责，这也反映出皇帝制度建立之初，皇帝家事、国事不分。
自秦到两晋，历朝历代均以三公九卿制为基本的中央官制构架，直到隋朝文帝创立三省六部制，才宣告三公九卿制的结束。但是，三省六部制仍受到三公九卿制的影响。
实际上，三省六部制形成后，三公九卿一直是存在的。三公因为是虚职，且置而不论，但九卿却是实职。
到魏晋南北朝时期，其职能曾一度与尚书发生重叠，二者混乱不堪。直到隋唐，二者的关系才分清：尚书六部变为政务机关，九寺五监变为事务机关，九寺五监接受尚书六部业务指导，一直持续到明清。
