盐课在古代社会一直是财税收入的重要来源，同时也是民间走私最厉害的地方。眼见李卫在处理盐政上有独到心得，雍正三年李卫调任浙江巡抚，主管两浙盐政，当时两浙地区盐枭盛行，组织强大。李卫大力打击私盐贩子，设官兵巡缉查私，督饬将吏水陆巡查，打击盐枭整顿盐政。对参与私盐买卖的豪强地主及达官贵人，也绝不留情。这项工作也做得让雍正帝十分满意。
彼时江浙地区的社会秩序混乱，盗匪频频出没，李卫经走访发现之所以当地多盗贼，是因为人多地少，以致无业农民只能以偷盗为生，为此他招募百姓垦田晒盐，减少失业农民的数量，又兴修水利，灌溉农田，江浙地区在他的治理下，一改此前的积弊，以致''千里无盗贼''。雍正为此多次下发批示让各省官吏学习：“督抚中能察究匪类，惟李卫为第一，尔当仿效之。”。
雍正在总结李卫的工作成绩时，不吝赞美：“乃成全圣祖之是也，岂止朕之功臣，乃朕之恩人也。”竟视其为恩人，提升李卫为两江总督兼管浙江。两江总督本来就管理了江苏、安徽、江西三省，加上浙江，也就是说东南4个省都在李卫的控制之下，这都是大清朝最重要的财赋来源之地，全国最富庶的地区，说是掌控王朝经济命运也不为过。要知道李卫可是汉人，可见在雍正眼里他有多重要。
雍正七年，李卫封兵部尚书，加太子少傅，后又升任直隶总督，命提督以下并受节制。终雍正帝一朝，李卫官运亨通，风生水起，不过这也和雍正帝“取才”的用人方式有关。李卫虽然政绩卓著，但却恃才傲物，不懂圆滑为官之道，甚至仗着雍正帝对他的宠幸，不将上司放在眼里，和同僚间的关系也不好，屡屡被参。为此雍正帝多次告诫他“时戒血气，少务和平”。
李卫可犯了难，既要刚直不阿，又要有涵养、做个全人，谁能做到？干脆来了个“置若罔闻”，该咋样还是咋样。但是这个脾气到了乾隆时期就吃不开了，乾隆是个小心眼，吃软不吃硬，上台以后，他也有自己的心腹集团，并不喜欢李卫，但因其能秉公执法，特赐“四团龙补服”。后来李卫渐渐失宠，乾隆收回了很多雍正帝当初的赏赐，不过并没有为难他。
乾隆三年，李卫因病去世，年五十一岁，乾隆以总督的规格厚葬了他，并赐谥号“敏达”，入京师贤良祠，其五子皆在朝为官。后来不知为何，乾隆突然非常厌恶地评价李卫：“于督抚中并非公正纯臣，在浙江无功德于民，闻其仰借皇考恩眷，颇多任性骄纵之处。设使此时尚在，犹当究治其愆！”如李卫地下有知，估计要庆幸自己死的早！
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