农村建房一般都是占用空闲地和宅基地，但也有少部分家庭占用了耕地建房。在耕地上建房分为合法建房和违法建房。
《土地管理法》对于占用一般耕地建房并无禁止，但提出了非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地，禁止擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。
根据《土地管理法》的规定，农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准。也就是说，如果占用耕地建房经过了合法审批，那就是合法建房；否则，就是违法建房。
如果是合法建房，那在征地发生时，在耕地上建的房屋也是可以得到补偿的；如果是违法建房，那不仅不能得到补偿款，还可能要受到处罚。
从现实情况来看，目前农村还是存在一些未经批准擅自占用耕地建房的情况。
2020年7月3日，国务院在北京召开了农村乱占耕地建房问题整治工作电视电话会议。会议指出，乱占耕地建房行为触碰耕地保护红线，威胁国家粮食安全。当务之急，就是要立行立改，坚决止住增量，防止再增加违法违规面积，使耕地再受到非法侵占。对历史存量问题的整治，要依法依规，讲求工作方法，把握好工作重点和节奏，分步整治，分类处置，积极稳妥有力有序有效推进。在保障农民合理住宅用地需求的同时，重点整治强占多占、非法出售等恶意占地建房行为。
