目前，新冠病毒（SARS-CoV-2）还在世界多国蔓延，全球每日新增多达数十万例，累计已超2.2亿。新冠病毒是一种冠状病毒，科学家还在不断分析这种病毒的基因，希望能够找到它们的起源。牛津大学的一项新研究表明，冠状病毒疫情早在21000年前就已经出现。
上个世纪20年代，科学家首次发现了能够感染鸡的冠状病毒。到了60年代，科学家又首次发现了能够感染人类的冠状病毒。目前已知的冠状病毒有45种，可以感染人类的有7种，其中有3种是进入21世纪后发现的，并且都出现了大流行。
长久以来，病毒给人类带来了不少的疾病和瘟疫，但人类对于病毒的了解时间并不长，直到19世纪末才真正认识到了它们的存在。事实上，病毒已经在地球上存在了极为漫长的时间，它们可能早在38亿年前生命刚刚起源时就出现了，冠状病毒的起源时间也是非常早。
冠状病毒出现在多种蝙蝠和鸟类的身上，它们被认为是这类病毒的自然宿主。先前的研究表明，冠状病毒最早出现于大约2.9亿年前，后来分化为甲、乙、丙、丁四个属。到了大约3000万年前，它们感染了蝙蝠和鸟类，并且随着这些会飞的动物扩散到全世界。
甲型和乙型冠状病毒与蝙蝠共同进化了很长时间之后，一些变异种类变得能够感染其他哺乳动物，然后在中间宿主身上的进一步变异，其中有的种类就会感染人类，例如，中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）被认为起源于蝙蝠，然后至少在30年前，它们感染了骆驼，后来又发生基因突变，进而传播给人类。
人类最早的祖先起源于230万年前的能人，现代人类的共同祖先起源于30万年前的智人。也就是说，冠状病毒比人类存在了久得多的时间，它们早就有机会接触到人类。
根据《当代生物学》（Current Biology）杂志刊载的一项新研究[1]，英国牛津大学的生物学家发现，包括新冠病毒在内的沙贝病毒亚属病毒的最近共同祖先可以追溯到2.1万年前，这比此前估计的时间要更古老30倍。
作为RNA病毒，由于RNA本身的不稳定性，导致了冠状病毒的突变率高于一般的DNA病毒。然而，病毒为了能够在宿主身上生存下去，它们的突变积累数量被严重限制，从而更好地适应宿主，这会导致病毒的进化表观速度随着时间的推移而变慢。
研究人员提出了一种预测机制模型，由此可以在更大时间尺度上回溯病毒的起源。此前，分子钟被广泛用于研究病毒的近期进化历史，但这严重低估了病毒的长期时间起源。
据此可以分析出，新冠病毒及其同类的最近共同祖先出现在2.1万年前。科学家基于病毒序列数据的估计，与最近对人类基因组数据的分析具有高度一致性，这表明人类祖先在大约同一时间感染了一种古老的冠状病毒。
当时感染古老冠状病毒的人类可能主要生活在东亚，那些幸存下来的感染者把这种基因印记遗传给后代，所以科学家可以检测出来。不过，目前科学家并不清楚当时到底有多少人感染，也不清楚两万多年前的那场古老冠状病毒疫情又是怎么结束的。
参考文献
[1] Mahan Ghafari, Peter Simmonds, Oliver G. Pybus, et al. A mechanistic evolutionary model explains the time-dependent pattern of substitution rates in viruses, Current Biology, 2021, DOI: 10.1016/j.cub.2021.08.020.
