编者按：
多项研究表明，检查点抑制剂与微生物组疗法的组合，可以增强患者对免疫疗法的应答。当前，已经有许多微生物组初创公司开始开展相关的临床试验。
那么，有哪些微生物组公司正在行动呢？又有哪些类型的微生物组疗法呢？
今天，我们共同关注微生物组疗法与检查点抑制剂，特别编译发表在Nature Biotechnology杂志上题为“Fecal microbiota potentiate checkpoint inhibitors, unleash microbiome startups”的文章。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发与帮助。
① 微生物组+检查点抑制剂
发表于Science杂志上的两篇论文表明，粪菌移植（FMT）可以提高免疫检查点抑制剂的抗癌效果，这为 FMT 与免疫疗法的联合作用，提供了第一个临床证据。
为此，至少有 8 家微生物组公司已经启动了首次人体试验，将微生物组制剂与获批的免疫疗法联合（表1），以满足日益增长的需要——增加检查点抑制剂应答患者的比例。
“免疫检查点抑制剂是个好东西，”德国默克公司全球开发主管 Danny Bar Zohar 说，“但问题是绝大多数人对它不应答。”这背后可能蕴含着各种机制作用，可能与患者基因组学或蛋白质组学有关，但新的数据表明，肠道微生物组在调节患者的应答中，起着重要的作用。
特拉维夫大学的免疫肿瘤学家、其中一篇Science论文的共同作者 Gal Markel 说，这两项早期临床研究，可以相互验证。“两个独立的研究团队，研究出了完全相同的结果，这是非常有力的证据。”
这两项研究，都把对抗程序性细胞死亡蛋白 1（PD-1）治疗有应答的转移性黑色素瘤患者的肠道菌群，移植到了对这些疗法没有应答或已停止应答的患者身上。
在第一项研究的 10 名患者中，5 名患者接受了同一位供体的 FMT 治疗，其中 3 名出现显著应答，其中 1 名完全应答。在接受另一位供体 FMT 治疗的 5 名患者中，有 2 名有应答，2 名病情稳定。
第二项研究，由匹兹堡大学和美国国家癌症研究所（NCI）的研究人员领导，是一项两阶段的单中心研究，即在 PD-1 抑制剂治疗无效的黑色素瘤患者中，同时使用检查点抑制剂和 FMT 治疗。
他们报道，16 名接受 FMT 治疗的患者中，有 3 名出现显著应答，包括 1 名完全应答，还有 3 名患者病情长期稳定。
不过，研究之间的微小差异，使得研究人员很难得出具体的结论。第一项研究使用的检查点抑制剂，是百时美施贵宝（BMS）公司的 Opdivo（nivolumab）——一种完全人源化的 IgG4 单克隆抗体（mAb），作用靶点是 PD-1 受体。在给患者进行 FMT 治疗（通过结肠镜和口服胶囊）之前，研究人员用抗生素清除了他们已有的肠道菌群。
而第二项研究使用的检查点抑制剂，是美国默克公司的 Keytruda（pembrolizumab）——一种完全人源化的 Ig4κ 单克隆抗体，靶向 PD-1 受体配体 1（PD-L1）和 PD-L2。
在第二项研究中，研究人员避免使用抗生素，因为大量的证据表明，抗菌药物会对癌症患者的生存，产生负面影响。并且用于 FMT 治疗的肠道菌群，来自于同一个供体。
尽管有以上的不同，但两项研究之间，依然存在相似之处。匹兹堡大学医学中心希尔曼癌症中心的研究人员、第二篇论文的共同作者 Hassane Zarour 指出，在最初抗 PD-1 治疗无效的患者中，通常只有不到 10%的患者，可以转变为应答者。
而在他的试验中，44%的患者至少病情稳定，而在另一项研究中，有一半的患者病情稳定。“虽然没有统计证据，但显然比预期的要多得多。”
② 单菌株制剂
在第一个检查点抑制剂 Keytruda 于 2015 年获得批准后不久，肠道菌群可能影响癌症患者对免疫治疗的应答的观点就被提出了。
当时，古斯塔夫-鲁西研究所的免疫学家和肿瘤学家 Laurence Zitvogel，通过小鼠模型发现，共生细菌脆弱类杆菌，与细胞毒性 T 淋巴细胞（CTL）抗原 4（CTLA-4）阻断抗体的抗肿瘤免疫反应存在关联，不仅如此肠道中是否存在该菌株，与 Yervoy（ipilimumab）的临床应答存在关联。而 Yervoy 是一种用于黑色素瘤患者的 IgG1κ 单抗，靶向 CTLA-4。
随后，由芝加哥大学肿瘤学家 Thomas Gajewski 领导的研究团队发现，一种独特的双歧杆菌，能够提高抗 PD-L1 药物在小鼠黑色素瘤模型中的疗效。
另一篇具有里程碑意义的论文发表于 2018 年，由美国德州大学 MD 安德森癌症中心的肿瘤学家 Jennifer Wargo 领导的研究团队发现——瘤胃球菌科细菌是人类抗 PD-1 疗法临床应答的关键。
Gajewski 的研究促成了他与 Evelo Therapeutics 公司的合作，该公司于 2019 年启动了最早的微生物组-检查点抑制剂联合临床试验之一，对单株动物乳双歧杆菌进行了测试，既作为单药，也与美国默克公司的 Keytruda 联合给药。
Evelo Therapeutics 公司正在开发单一菌株的和细胞外囊泡两种疗法。2020 年 12 月，Evelo Therapeutics 公司向美国默克公司提交了中期试验数据，显示动物乳双歧杆菌-Keytruda 联合疗法是安全的，并且耐受性良好。
即便如此，该公司还是放弃了该计划，转而支持 EDP1908 候选药物。这是一种来源于未发表的颤螺旋菌科菌株的细胞外囊泡疗法，在肿瘤微环境中，该菌株表现出对效应淋巴细胞群的有效激活作用。
与FMT相比，单一菌株具有一些实际优势：它们更易于表征和制造。因此，几家药品开发商都采取了这种策略。例如，位于英国利兹的 4D Pharma 公司，正在进行 MRx0518 疗法与 Keytruda 联合应用的 1/2 期试验，MRx0518 疗法是一种口服的鸡肠球菌菌株，具有 Toll 样受体（TLR）-5 激动剂的功能。
2020 年公布的中期数据显示，12 名肾细胞癌和非小细胞肺癌患者对该疗法的耐受性良好，而这些患者此前对免疫检查点抑制剂不应答。4D Pharma 公司的首席科学官 Alex Stevenson 说，与最近发表的 FMT 研究结果相比，“我们在肿瘤治疗后，也看到了非常相似的生物学现象。”
美国默克公司和 4D Pharma 公司计划将研究对象扩大到 120 名肾细胞癌、非小细胞肺癌或其他对免疫治疗无应答的实体瘤患者。
2021 年 2 月，4D Pharma 公司宣布与另外两家公司——德国默克公司和辉瑞公司合作，将 MRx0518 疗法与后者的 Bavencio（avelumab，一种靶向 PD-L1 的人类 IgG1λ 单克隆抗体）进行联合治疗，开展 1 期试验。
Bavencio 是唯一一种免疫疗法，被批准用于局部晚期或转移性尿路上皮癌，该试验将测试上述联合疗法，能否作为该类癌症患者的一线维持疗法。
韩国微生物组学机构 Genome & Company 公司，也将 Bavencio 与自己的 GEN-001 疗法联合起来进行试验，GEN-001 是一种肠溶胶囊，至少含有 1×10[11] CFU 的乳酸乳球菌（对免疫疗法应答肺癌患者的微生物组进行 16S 核糖体 RNA 分析鉴定得到）。
2020 年，在 1/1b 期试验中，研究人员给第一批实体肿瘤患者服用了上述联合药物。
③ 多菌株制剂
然而，与使用单一的微生物菌株，或利用特定菌株组成的活体生物药（LBPs）相比，利用 FMT 将整个微生物组移植给受体来干预疾病的临床记录历史更悠久。
FMT 通常是安全的；它们通过结肠镜或口服制剂给药，并作为其他疾病领域（如复发性艰难梭菌感染）标准护理的一部分，定期进行。
迄今为止，FDA 关于 FMT 研发的最新指导，是一份 2016 年的文件，专门用于复发性艰难梭菌感染。
2019 年，当两名免疫功能低下的患者因 FMT 出现抗生素耐药肠侵袭性大肠杆菌感染时，FDA 勒令 FMT 研发人员对 FMT 产品中的多重耐药菌，进行额外的筛查。
2020 年 4 月，FDA 再次强调，要解决 FMT 中 SARS-CoV-2 的感染风险。由于 FMT 也被开发用于癌症免疫治疗，所以上述这些微生物组产品的发展，可能会遵循类似的轨迹。
据 NCI 癌症免疫学综合实验室主任 Giorgio Trinchieri 所说：“他们不能像调节任何普通生物制剂那样，严格地调节 FMT 的成分。”他说，并且，产品成分的差异性，以及从 FMT 供体样本中去除潜在病原体所需的额外筛查程序，可能使这些产品的研发更具挑战性。
Trinchieri 发表了一篇论文，该论文论述了 FMT 治疗时应避免抗生素的使用。他还指出，定植问题增加了 FMT 的复杂性。FMT 治疗将一个微生物组添加到原有的微生物组中，这将会创造一个新的生态。
“不论你要移植的微生物有 1 种、10 种或 20 种，你都必须确保，这些微生物可以在患者体内定植，并且你最终得到的变化是稳定和有利的。”
为了寻找更简单、更明确的产品，有些微生物组公司以 FMT 作为起点，来发现特定的微生物菌株，并将其整合到 LBP 中。Ella Therapeutics 公司的科学联合创始人和首席医疗官 Markel，就是采用了这种方法——他们通过研究检查点抑制剂应答者的肠道微生物组，来开发产品。
与此同时，英国剑桥的 Microbiotica 公司，筛选出了那些确实对免疫疗法有应答的患者，并已鉴定出了 9 株能预测患者应答的菌株。而这些微生物菌株特征，可作为其他公司预测免疫疗法应答的生物标志物。
这 9 株菌株的混合物，也可以作为 LBP 的基础进行研发，混合物中的不同菌株，可以为肿瘤免疫的不同环节添砖加瓦，例如树突状细胞的成熟、白细胞介素-12 促进 CTL 启动、通过 TLR-3 激活 CTL、辅助性 T 细胞 1（TH1）定向应答辅助 CTL 杀死肿瘤细胞。
为了避免 FMT 的不可预测性，Vedanta Biosciences 公司也在研发确定的细菌混合物产品，以在肠道中实现良好的定植。该公司的先导药物 VE800（一种 11 种菌株的组合），正与 BMS 公司的 Opdivo 疗法联合应用，进行 1 期试验。在与 Vedanta Biosciences 公司共同进行这项试验的同时，BMS 公司还对其进行了股权投资。
“利用一个确定、已知的产品，我们可以塑造患者的应答情况，取得更良好的微生物定植。”Vedanta Biosciences 公司的首席执行官 Bernat Olle 如是说。
并非所有确定的微生物制剂，都能取得成功。2021 年 4 月初，Seres Therapeutics 公司宣布，它将停止对于 SER-401（一种确定菌株的混合物）的1期试验，该试验原计划将 SER-401 与 BMS 公司的 Opdivo 联合应用于转移性黑色素瘤。
尽管 Seres Therapeutics 公司宣称 SER-401 很安全，并且耐受性良好，但依然决定“暂缓 SER-401 的进一步研究”，并继续实施其他项目。
④ 工程菌和肽
与其依赖于确定的未修饰菌株混合物，另一种研发 LBP 的方法，是利用分子工程进行修饰。Synlogic 公司的基因工程大肠杆菌 Nissle 菌株（SYN1891），就被设计成可以直接注射到肿瘤组织中，该方法类似于 130 多年前 William Bradley Coley 首创的方法。
SYNB1891 菌株，含有单核细胞增生李斯特菌的二腺苷酸环化酶基因和其他两个基因——dapA（编码二氢吡啶二羧酸合成酶，参与赖氨酸的生物合成）和 thyA（编码胸苷酸合成酶，参与胸苷酸的生物合成）——它们的表达受启动子的控制，该启动子仅在缺氧的肿瘤微环境中启动。
这样的条件选择机制，会迫使 SYN1891 菌株在恶性组织中复制增殖。当然，这种在人体中不能自然存在的基因工程 LBP，很可能会受到 FDA 最严格的审查。
Synologic 公司的首席医疗官 Richard Riese 认为，异源二腺苷酸环化酶，可增加环二核苷酸 2′,3′鸟苷酸-腺苷酸（cGAMP）的水平，而 cGAMP 是 STING（干扰素基因刺激蛋白）蛋白通路中的信号分子，会被抗原呈递细胞优先摄取，刺激 CD4[+ ]和 CD8[+] T 细胞的应答。
Riese 说，其他研究人员已经表明，胃肠道可用于抗肿瘤免疫，但与肿瘤部位注射的效果相比，这种作用是间接的；迄今为止，还没有人能够通过成功的药物或 LBP，挖掘出肠道的抗肿瘤机制。
Synologic 公司正将 SYNB1891 与靶向 PD-L1 的 Tecentriq（Atozolizumab）疗法联合起来，作为实体瘤和淋巴瘤的单一治疗进行 1 期试验，Atozolizumab 是 Roche 公司研发的一种 Fc 工程化、人源化、非糖基化的 IgG1κ 单克隆抗体，靶向 PD-L1。
最后一种方法，是将重心放在微生物组产生的肽上。总部位于巴黎和剑桥的 Enterome 公司，正在与 BMS 公司合作，检测微生物组来源的肽抗原与 Opdivo 疗法以及 EO2401 疗法联合应用的效果，该研究是一个两阶段的 1/2 期试验，Enterome 公司称，这种肽抗原可激发患者对肿瘤的免疫应答。
⑤ 未知与未来
目前，这些生物公司和研究人员研究出来的结果，仍然少于他们提出的问题。NCI 的 Trinchieri 说，目前尚不清楚，到底是哪些微生物，在哪些患者的哪些肿瘤中，对哪些检查点抑制剂的应答，起到关键的作用。
他说：“对 CTLA-4 有用的免疫疗法，不一定对 PD-1 有用。”例如，类杆菌似乎对抗 CTLA-4 疗法有积极作用，但对抗 PD-1 疗法有消极作用。“目前，我不会说你已经可以从一种免疫检查点抑制剂或一种肿瘤类型，推断出另一种的情况。”
即使是同样针对抗 PD-1 疗法，五项已发表的临床微生物组学研究，发现与应答有关的微生物也不相同：Arthur Frankel 于 2017 年发表的论文——粪拟杆菌；Zitvogel 于 2018 年发表的论文——Akkermansia muciniphila；Gajewski 于 2018 年发表的论文——长双歧杆菌；Wargo 于 2018 年发表的论文，Faecalibacterium和普拉梭菌；Markel 于 2021 年发表的论文——肠球菌科、肠球菌和链球菌。
原文链接：https://www.nature.com/articles/d41587-021-00002-w
作者｜Mark Zipkin
编译｜Jessica
审校｜617
编辑｜笑咲
