在日本列岛上曾经存在过两个灰狼的亚种。其中之一是分布在国土中南部，本州、九州、四国地区的号称体型最小的狼亚种——日本狼。另一种是生活在国土北部，北海道、南千岛群岛地区的一度被认为是体型最大的狼亚种——北海道狼。这两个狼的亚种都在19世纪后期的日本明治维新时代迅速减少，直至灭绝。北海道狼的灭绝大致发生在1896年到1903年之间，这比1905年，认定灭绝日本狼还要稍早一些。北海道狼灭绝后不到100年，严重的生态恶果已经暴露无遗。时至今日，日本政府每年要花费数以亿计的资金去收拾这个烂摊子。
北海道狼是怎样一种动物呢？作为灰狼的亚种之一，北海道狼的外貌和习性却都与大陆上的其他亚种有着一定的差异。从体型上看，成年北海道狼的头尾长度能够接近1.9米，比大陆上常见的灰狼亚种更大，这与它们的栖息地纬度较高，气候接近亚寒带有关系（北至库页岛地区也曾有北海道狼的分布）。从体色上看，大陆的狼亚种体色一般为灰色、黑色或褐色，而北海道狼的背部为茶褐色，腹部为淡褐色。在北海道原住民阿依努人的传说故事中，北海道狼被认为是身披金色和白色的狼神。从食性上看，北海道狼的主食不仅包括梅花鹿等食草动物，还包括鱼类和海滩上搁浅的鲸类。
北海道狼
千百年间，北海道狼的存在有效抑制了当地食草动物的增长，保护了森林、草原和农田。原住民阿依努人与狼和谐共处，将狼奉为猎鹿之神、狩猎之神，进行祭祀和崇拜。在他们传统文化中，狼是人类的同伴和帮手，值得尊重和敬畏。但遗憾的是，随着明治维新开始，北海道地区的拓荒运动如火如荼地展开，北海道狼“狼神”、“益兽”的可亲形象被彻底颠覆了。
明治维新以前，由于气候、地理和生产力水平等原因，日本的北海道地区还没有得到大规模的开发。维新之后，政府为了迅速将北海道改造成全国的食品供应、加工基地，不仅设立了专门的开发机构“开拓使”，还颁布了一系列法令，组织了大量移民迁入当地。一时间，大片的森林被砍伐，草地被垦荒，取而代之的是众多的农庄和牧场。梅花鹿等食草动物因为人为捕杀和栖息地丧失而数量锐减，以这些动物为食的北海道狼也陷入了饥饿的窘境。
由于猎物不断减少，北海道狼转而捕捉放牧的家畜。新建成的农场越多，狼伤害家畜的情况就越严重（虽然这时期几乎没发生过狼攻击人的事件）。这时候的社会舆论已经倒向了对狼不利的一面。农场主们为了保护自己的利益，不断宣扬狼对人身安全的威胁，使公众对狼心存恐惧与憎恶。而政府为了维护经济的快速发展，完全将狼视作“害兽”，制定了许多剿灭北海道狼严苛的政策。
1877年，当地的“开拓使”公开悬赏杀狼。1879年夏季，人们开始采用剧毒的毒饵毒杀狼群。1879年，北海道地区的暴雪造成了数十万头梅花鹿死亡，由于北海道狼失去了猎物，大批冻饿而死。从悬赏政策实行到1888年废止，北海道地区大约有两三千头狼被人类杀害。而根据后世科学家的推测，当时，北海道地区的狼也不过数千头而已。在血腥的滥捕背后，移民带来的家畜所携带的狂犬病和犬瘟病毒也对狼群造成了沉重打击。
关于北海道狼的最后记述是在1897年，一位皮毛商人关于狼皮的买卖记录。从此以后，虽然也有人声称见到过类似北海道狼的动物，但再没有其确切的存在证据。
狼群消失之后不足100年，北海道地区的生态灾难爆发了。失去了食物链顶端的食肉动物的控制，食草动物的数量很快恢复，并开始激增。以梅花鹿为例，它们的采食活动严重破坏了森林和草原的植被，也对农场中的牧草和各种农林作物造成了损害。每年由梅花鹿造成的农业经济损失可达数十亿日元。鹿类的泛滥还导致了每年数千件的汽车、火车、飞机的交通事故和延迟。发情期暴躁的雄鹿撞伤人的事件时有发生。经由鹿类传播的寄生虫和各种传染病也威胁着民众的健康。
为了控制食草动物的数量，政府只能采用人为猎捕，修建栅栏等措施亡羊补牢。而科学家们正在研究从大陆引入灰狼亚种，重建当地的生物链。但是，引入何种灰狼？引入的灰狼能否满足当地生态修复的需要？外来的灰狼是否会伤害其他野生动物？这些问题还要花费大量的人力和物力进行论证。
