很多人都知道，近亲繁殖会导致后代容易出现智力低下、畸形、疾病等症状，但是很多人并不知道为什么近亲繁殖会引起这些症状。在看待问题时，我们要知其然的基础上，还要知其所以然。
近亲的危害
在达尔文同一时期，还有一个名垂千古的人物正在修道院中种植豌豆，他就是后来大名鼎鼎的遗传学之父孟德尔。
孟德尔通过观察豌豆发现，纯种的豌豆杂交之后生出的第一代豌豆，只会表现出同一个性状，比如：紫花豌豆和白花豌豆杂交后，得出的后代只会开紫花。
但让杂交后的豌豆自交时，豌豆又会表现出不同的性状，比如：杂合子紫花自交之后，会得出紫花和白花两种花色，其中紫花与白花的比例是3:1。
为了验证不是偶然得到的数据，孟德尔又选出了7组不同性状，比如：高茎与矮茎；圆粒与皱粒；黄豆与绿豆等。结果都无一例外地表示出了3:1的规律。
由此，孟德尔揭开了生物的遗传规律，在体细胞中，控制同一性状的是一对等位基因，当两个等位基因相同时则为纯合子，生物会表现出该基因的形状；当两个等位基因不同时，生物会表现出显性基因的形状。
比如：相对于白花而言，紫花是显性基因，所以紫花与白花杂交之后得到的第一代全都是紫花。
等位基因在形成配子时，等位基因能够彼此互不干扰，独立进入到不同的配子之中，并通过基因重组的方式，在子代中继续发挥各自的作用。
而这，也解释了为什么近亲不能结婚的原因。
近亲繁殖
近亲结婚的主要危害是后代容易出现遗传疾病。遗传病又分为单基因遗传病，多基因遗传病和染色体遗传病。其中单基因遗传病就是由一个基因控制的疾病，而多基因疾病就是多种基因相互配合导致的疾病，染色体疾病就是染色体异常出现的疾病，比如：唐氏儿就是21号染色体异常。
在人类中，有许多疾病是由隐性基因控制（显性基因控制的疾病，容易被自然选择淘汰），如果不是近亲结婚，那么两人之间的基因差异性较大，即使有一人携带致病性基因，那另一人携带的可能性也不大，所以后代通常不会有问题，最多是该疾病的携带者。
但如果是近亲繁殖，那么两人的基因相似度较高，夫妻两人都有可能携带，导致后代患有遗传疾病的概率提升。
最典型的就是皇室血友病，由于欧洲皇室大多是近亲结婚，以至于它们后代中有很多人患有血友病。
还有白化病，白化病患者的整个家族可能都是正常的，但其实他们有的是携带者，当近亲结婚时，夫妻双方都有可能携带白化病的基因，导致后代发病。
而近亲繁殖导致的后代患有畸形、或者遗传病通过婚检不能完全检测出来，只能通过发病的后代来检测出家族携带该基因。
除了单基因遗传之外，多基因遗传病也容易在后代身上体现出来，所以近亲繁殖容易导致疾病的发生。科学家们曾经在小老鼠身上做过实验，让一批小老鼠同自己3代以内的近亲繁殖，结果发现当繁殖到第三代时，几乎所有的小老鼠都会出现不育，无法继续繁殖后代。
这也是为什么，很多国家通过法律禁止近亲结婚的原因。
人类为什么要让动物近亲交配？
其实在自然界中，动物们也会和人类一样，避免近亲繁殖，比如：雄狮会赶走种群中亚成年的雄狮，而雄性斑鬣狗也会离开原来的家，加入别的家族。这是因为在漫长的生物演化史中，近亲繁殖容易造成后代患病，因此被淘汰了。
然而在人工饲养环境下，人类为了获得想要的性状，会让动物近亲繁殖，纯种交配就是其中一种。纯种交配的好处是可以节约育种时间，大大加快育种速度。
比如：无毛猫的出现，就是猫主人将毛发稀疏的小猫和猫妈妈进行回交，而回交也是近亲繁殖的一种，最终得到了无毛猫。但是无毛猫面临着许多遗传疾病，一度不被猫协会承认。后来又有一批育种师将无毛猫与其他猫杂交，改良基因后又将它们培育成无毛猫，这就是斯德芬无毛猫，由于基因被改良，这种猫最终被猫协会所承认。
相比于近亲育种的好处而言，近亲繁殖会对动物后代造成严重的危害，比如：柯基脆弱的胃部，金毛容易患有癌症。由于动物具有感知疼痛的能力，所以这些遗传疾病对它们生活造成了困扰，甚至导致它们生活质量下降，可谓是得不偿失。
