在准噶尔汗国的战争中喇嘛扮演着关键角色，它的一系列战争决策都是喇嘛驱动的。喇嘛有时候很灵，有时候也很坑，葛尔丹就被他们坑的很惨，葛尔丹败亡后策妄阿拉布坦却依旧尊重喇嘛，让喇嘛充当自己战争决策依据。
这首先是因为喇嘛们会给自己的决策打补丁，准噶尔士兵不管战果如何都信奉他们。葛尔丹远征时确实受到了师兄桑杰嘉措“南征大吉”的忽悠，但活佛大师们还是让他带着大军从乌兰布通逃出生天。因为对面的清军统帅福全对前来劝和的功德林活佛济隆非常尊重，济隆率领着 70 名弟子不但把清军大营的虚实打听清楚，还尽力忽悠福全，为葛尔丹撤军赢得了时间。葛尔丹撤回科布多后，老巢被策妄阿拉布坦偷袭，损失严重，又是桑杰嘉措派遣了众多农民帮助葛尔丹度过了难关。
对于准噶尔士兵来说，战事“无常”是常态，这个活佛不灵，换一个活佛换一种经典就是了。在战事严重不利时，葛尔丹的部下还在麦提尔节上询问喇嘛诵何种经方可以更快结束战争。由于葛尔丹带走了准噶尔几乎所有机动兵力，这些人后来又投奔了策妄阿拉布坦，就算策妄阿拉布坦不相信活佛的战争预言，但手下信的人实在太多，他也是无可奈何。
其次策妄阿拉布坦需要喇嘛教为他一统卫拉特的事业服务，喇嘛们的号召是他最好的战争动员口号，喇嘛是最好的带路帮手。和硕特拉藏汗的政权也是卫拉特一大势力，它占据了整个青藏高原，在西藏拥有各种武装64000人，加上地理优势非常难对付。但拉藏汗在18世纪初同活佛们矛盾深重，哲蚌寺、色拉寺和扎什伦布寺一怒之下就联系了策妄阿拉布坦，让其有了最好的进攻理由和帮手。1716年年底妄阿拉布坦派了6000精兵从伊犁出发，翻越阿里地区进攻兵力是自己十倍的强敌。这是战争史上最艰难的进军路线之一，准噶尔的骑兵却人人都像打了兴奋剂。因为三大寺已经派出了一大批熟悉地理的喇嘛给他们带路，准噶尔大军随身携带着佛像，听着喇嘛的祝福，还跟着喇嘛爬雪山，恐怕人人都觉得自己在重现格萨尔王祖先的辉煌（我没有打错，当时的准噶尔人确实相信自己的祖先是格萨尔王）。这6000准噶尔在随军喇嘛的担保下，穿越了阿里等地区，阿里等地五万多拉藏汗士兵都对他们熟视无睹，让他们一下子就冲到了拉萨城下。
拉萨的守军有内拉萨马兵3000人，拉藏汗还有和硕特蒙古骑兵3000人，原本也能一战。但拉萨城内的三大寺积极给准噶尔大军准备各种物资，还里应外合配合准噶尔作战。在这种前提下，拉藏汗只能窝囊战死。
策妄阿拉布坦本来就只是为了用兵方便才对喇嘛客气，拿下西藏后，他就把西藏各大寺庙当成了提款机，他的部下也见了黄金忘了佛爷，准噶尔这次成了西藏喇嘛眼中的公敌。
