在人类的遗传物质当中，Y染色体是男性独有，所以Y染色体只在男性之间遗传；其实人类细胞中还有独立的环状线粒体DNA，这个DNA绝大部分则来自于母亲。
人类染色体
人类的正常细胞拥有23对染色体（46条），其中包括22对常染色体和1对性染色体，性染色体决定了一个人的性别，如果性染色体为XX则为女性，XY则为男性。
其中Y染色体是男性独有，而X染色体在男性和女性中都存在，在外观上，Y染色体只有X染色体的三分之一长，基因测序显示，人类的Y染色体有78个有效基因，X染色体则拥有1098个有效基因，两者的等位基因有54个，而Y染色体上的非等位基因，则赋予了男性不同于女性的特殊身体结构，比如SRY基因（睾丸决定因子）就是Y染色体独有。
Y染色体遗传
人类生殖细胞在进行减数分裂后，女性的卵细胞中只有一条X染色体，男性X染色体和Y染色体在精细胞中各占一半，卵细胞和精细胞随机结合后，形成XX和XY的概率也就各占50%，所以自然受孕的情况下，生男生女的概率是相同的。
也正是因为Y染色体是男性的独有特征，所以Y染色体只能在男性之间遗传，我们通过Y染色体的研究，可以对一个家族的父辈进行溯源追踪；而X染色体可能来自于父辈也可能来自于母辈，所以X染色体无法进行隔代溯源追踪；比如两个不相识的人拥有的Y染色体基因相似度极高（染色体复制会存在突变），那么我们基本可以断定，这两人往上的某代中拥有相同的父辈。
Y染色体的演化
生物学研究表明，人类的Y染色体在1.8亿年前和X染色体一样长，同样拥有1000多个基因，但是后来因为某种原因，Y染色体上的基因要么消失，要么向其他常染色体转移了。
也有生物学家指出，人类的Y染色体正在变短，预计400万年后将会消失，就如鼹形田鼠只有X染色体而没有Y染色体一样，当然人类的Y染色体消失并不意味着男性将消失，只是Y染色体的部分基因将向其他常染色体转移而已，一些无效基因可能消失。
类似的染色体消失现象，人类在数百万年前也发生过，比如大猩猩就拥有24对（48条）染色体，生物学家猜测，在大约500万年前，人类祖先的两对染色体发生融合，使得人类的染色体少了一对。
线粒体DNA
Y染色体只在男性之间遗传，其实人类也有特殊的DNA在女性中遗传，比如线粒体的环状DNA，线粒体是人类细胞中产生能量的重要场合，并且有着独立于细胞核的遗传物质。
男性生殖细胞通过减数分裂产生的精细胞，会把细胞中的多余物质舍弃，只有少数的线粒体存在于精细胞的头部和尾部，而卵细胞中保留了全部的线粒体，所以人类细胞中的线粒体DNA，绝大部分来自于母亲，这也可以用作母系溯源的追踪。
