有哪三种常见的mRNA修饰?

N6 - 甲基腺苷(m6A)

图丨 mRNA 修饰途径方法(来源:Cell)

早在 20 世纪 70 年代,科学家们就在 RNA 中发现了 m6A 修饰,但一直由于技术制约其功能未能被很好的揭示。直到 2012 年,科学家们的研究表明,m6A 修饰和 mRNA 的稳定性、剪接加工、翻译以及 microRNA 的加工有关。此外,m6A 还和干细胞命运、生物节律相关,可以促使干细胞从自我更新状态转向细胞分化,研究人员发现,甲基化会缩短 mRNA 的半衰期,减少其丰度。可以说,m6A 修饰几乎影响 RNA 代谢的每个步骤。

mRNA 中 m6A 修饰研究虽然已经取得了实质性进展,但仍然存在一些技术挑战和基础科学问题。第一,目前在转录组范围内检测 m6A 的方法主要依赖于 m6 A 抗体富集,与其质量密切相关,抗 体选择不当将造成假阳性;第二,MeRIP-Seq(RNA 甲基化测序)方法只能将 m6A 残基定位在 100~200nt(nucleotide,nt 指核苷酸)的转录本区域中,无法在全转录组水平上鉴定 m6A 的精确位置;第三,其它 RNA 结合蛋白免疫沉淀方法一样,对于一些小样本或珍贵样品不适用;第四,为什么 m6A 甲基化酶只对一些 mRNA 起作用而不是全部,是否还存在其它甲基化相关酶以及这些酶之间是如何协调作用的?第五,其它 RNA 修饰与 m6A 之间是否存在联系,它们是否一起调节某种转录物的生物学过程?这些问题仍有待进一步研究。

2'-O - 甲基化(Nm)

关于 5'帽子的 2'-O- 甲基化修饰(Nm),一般认为 5'帽子可以促使 mRNA 和核糖体的结合,能有效地封闭 RNA 5'末端,以保护 mRNA 免疫 5'核酸外切酶的降解,增强 mRNA 的稳定性。此外,5'帽子还参加 mRNA 前体的剪接,参与 mRNA 3'末端多聚腺苷酸化,mRNA 从核中到细胞质中的运输也需要 5' 帽子的参与。

1998 年,Wei 等发现帽结合蛋白(cap binding protein,CBP)可以与 ploy(A)绑定蛋白 (PABP) 相互作用,拉近了 5'帽子与 ploy(A) 尾的距离,形成的环状结构可以加强帽结构与 CBP 的 亲和力,加快核糖体的循环,从而提高翻译效率。(图 A)

图丨 5'帽子的功能示意图(来源:生命科学)

2010 年,Daffis 等发现病毒 RNA 5'帽子的 2'-O - 甲基化修饰可以使其逃脱宿主的抗病毒应答,细胞质 RNA 5'帽子的 2'-O - 甲基化修饰可能是宿主区分自身 RNA 和外来 RNA 的一个重要标识。哺乳动物细胞对 5'帽子没有 2'-O - 甲基化修饰的病毒具有天然的免疫,因为 IFIT1(interferon-induced protein with tetratricopetide repeats 1,干扰素诱导的四肽重复蛋白 1) 可以与这类病毒 mRNA 结合,使其不能被翻译。(图 B)

假尿嘧啶(ψ)

假尿嘧啶修饰是最丰富的 RNA 修饰,一般由尿苷的异构化产生,已有的研究表明,mRNA 的假尿嘧啶化修饰主要有三个功能:改变密码子、增强转录本稳定性和应激反应应答。mRNA 假尿嘧啶化修饰的过程是由假尿嘧啶合成酶(pseudouridine synthases,PUS)进行催化,让尿嘧啶核苷酸(U)化学结构发生改变,形成假尿嘧啶核苷酸。之前研究已在 tRNA、rRNA、snRNA 中发现了大量的假尿嘧啶,最近的研究证实假尿嘧啶同样存在于 mRNA 中。

2011 年,Karijolich 等发现,mRNA 上的假尿嘧啶化修饰可以改变密码子。将酵母中的密码子中的尿嘧啶 (U) 替换为假尿嘧啶,这些密码子就能编码氨基酸,2014 年,Schwartz 等发现,酵母发生热休克时,会由 Pus7p(一种蛋白) 额外引入超过 200 个假尿嘧啶修饰位点,如果敲除 PUS7 基因,则那些含有新引入修饰的 mRNA 会减少,这说明着假尿嘧啶修饰可能会增强转录本稳定性。

虽然以上三种修饰已被广泛应用于 mRNA 药物的生产过程中,但关于 mRNA 修饰点位的探究才刚刚开始,检测技术的局限性仍有待突破。ψ-seq 和 RiboMeth-seq (两种测序技术)对假尿嘧啶化修饰和 2'-O - 核糖甲基化修饰位点的定位可以达到单核苷酸的精度,但对 m6A 位点的定位精度还不够高。

此外,还有很多 RNA 修饰缺乏相应的技术手段去深入研究。因此,在技术方面还需要有更多的 “NGS+” 型(传统检测手段与高通量测序相结合)的高通量技术产生。最近,纳米孔技术是一种新颖的单分子方法,已显示对 m6A 的单碱基分辨率检测,科学家认为,这种单分子方法可能会成为一种新颖的范例,可以同时检测不同的 RNA 修饰。