曾经一项刊登在《美国国家科学院院刊》（Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America）的研究指出黑鼠不是造成黑死病流行的凶手。研究还发现黑死病很可能与亚洲的气候变化有紧密关系，从而改写世界疾病史的许多既定看法。
黑死病发源于蒙古统治下的亚洲，1347年传到欧洲并引起了大流行，是历史上死亡人数最多的疫情。此后的 400 年间，黑死病在欧洲反复暴发，导致数以百万，甚至千万计的人死亡。
过去的看法一般认为黑死病是由黑鼠身上的跳蚤跳到人的身上，由此传染给人类的。不过，根据最近挪威奥斯陆大学研究者斯坦西（Nils Christian Stenseth）教授及其团队的研究结果，传染黑死病的元凶不大可能是欧洲的黑鼠。因为黑鼠要大量繁殖，要求气候温暖且干燥。为了观察黑死病暴发时的天气是否适合黑鼠繁殖，研究团队把欧洲树木年轮的纪录跟历史上黑死病暴发的 7,711 个时间点进行比较。树木年轮所反映的众多气象指标显示，黑死病的出现时间跟欧洲的天气没有关联。欧洲北部黑鼠不多，但当地也曾发生黑死病肆虐的情况，同样说明黑死病不大可能是由黑鼠传播，病原来自更远的地方。
研究团队认为当时亚洲的天气状况是黑死病流行的关键。能够携带黑死病病原的动物可能包括大沙鼠（giant gerbil），其繁殖状况和气候密切相关——每当中亚的气候足够温暖且潮湿，大沙鼠等鼠类的数量就会减少，它们身上的跳蚤也必须另外寻求宿主，例如是家畜甚至是人类。
研究团队检验了巴基斯坦北部的树木年轮，发现其反映的历史上的气候与欧洲黑死病暴发的时间相关度最高。每当那里的气候发生某些突变，对大沙鼠等鼠类的繁殖不利的时候，欧洲一些港口城市就会在突变之后的 15 年左右不约而同地暴发黑死病。而黑死病暴发的时候正好是东西方贸易兴盛并得到发展的时期，所以学者推测黑死病很可能是沿着丝路被带到欧洲，然后通过海上贸易路线在欧洲各地传播。研究团队准备检测黑死病死难者骸骨的 DNA，以此检验他们研究的结论。
除此以外，史家对黑死病的爆发源头也有了新的假说。例如，任教于哥伦比亚大学的中国史名家韩明士（Robert Hymes）最近调查了中国史料，提出黑死病在亚洲的源头大概可以追溯到比一般所认为的更早的时代。他认为，在十三世纪蒙古对西夏的入侵已经可以看出一些端倪。毫无疑问的是，我们对黑死病的认识一定会被这些新研究改写。
