发酵食品的出现，我们一直可以追溯到千万年前，人们早早的就学会控制食物的腐败程度，以便于有效的保存食物，懂得通过对维生素的控制，在不同季节摄取非当季食品及其特有的营养素。
古代粮仓显示，人类最早在至少1万1千年前，甚至在农业时代出现之前，就已经开始大量储存野生大麦等食物。但并不是所有粮食都像干谷物一样容易得到保存，有些食物如肉类等可以腌制保存，但必须使用大量盐巴，但也不一定适用于其他食材。
保存食物的另一种方法，其实是让食物开始腐败，关键在于如何通过温度、盐分、空气接触等条件控制腐败的程度，有时甚至会刻意加入某种细菌或真菌。于是就像人类学会控制火、水、植物和动物，全球各地的人类也学会控制我们肉眼看不见的东西，也就是微生物。
控制微生物就能有效的保存食物
这种腐败法的用途很广。突然间，只要用对微生物制程，早上挤的山羊奶就可以保存到下周，秋季产的包心菜也能保存到冬季，而现捕的渔获也可能保存至隔年。这一切都要归功于微生物的作用，就是我们如今所知的发酵，也就是将糖分转化为酸性物质、酒精，有时甚至是碱性化合物的过程。有益微生物创造出的不利环境可以阻止有害微生物入侵，甚至可以增添食物的营养价值。
只要一个随机的基因突变，就可能使经过微调的演化改变向外扩大，在饮食创新方面，运用想像力让行动符合现状甚至加速改革，其实并非坏事。如果某群人发现一种食物来源或制程能让他们更健康强壮，根据达尔文的理论，这种新的烹调文化元素一定会传开。
发酵技术的出现 让人们能跨越季节限制补充营养素
食品策略的效益在于通常只需要原料和指导就能创造出新的优势，而且很快就成为当地人们运用新的工具。首先是烹饪，接着是耕种，很快地，发酵技术开始问世了，产生了各种发酵类食品。
经过数千年前人不断的试验，不会让人生病的食物流传了下来。经过无数季节和先辈们的微调，这些食物成为保存期更长的粮食供给来源，也在季节更迭之际成为更稳定可靠的热量来源并提供重要的营养素。
除了基本的营养以外，这些发酵食品也能定期提供一定数量的多种微生物。如今许多科学家都认为，人体其实会预期时常摄取微生物──这些微生物的作用与我们体内的原生微生物相似，可以提升原生微生物的功能，同时带来暂时性的效益。
不过，如今我们夹在满足冲动欲望（甜味食物、咸味食物及高热量的食物）与遵从最新健康养生原则（选择无糖、低脂、低热量食物）的冲突之中。但在这些选项中，我们不知不觉忽略了与我们（以及在我们体内）一起演化且让我们保持健康的数兆微生物。
