由于变法触及当权派的既得利益，1898年9月21日，慈禧太后发动政变，囚禁了光绪帝，处决谭嗣同等“戊戌六君子”，再度垂帘听政。康有为、梁启超等被迫流亡国外。 “百日维新”宣告结束。
1901年1月29日，被八国联军“炮火”赶到西安的慈禧太后发布了第一道“变法”上谕，其中写道：“法令不更，锢习不破，欲求振作，当议更张。……参酌中西政要，举凡朝章国故、吏治民生、学校科举、军政财政，当因当革，当省当并，或了诸人，或求诸已，如何而国势始兴。”晚清“新政”终于拉开帷幕。
所谓“新政”只是几十年清洋务运动的强化而已，主要内容仍然是练兵、筹饷、育才。不过，“新政”也为清王朝带来一支新式陆军，发展了资本主义事业，并于1905年废除了沿用了一千多年的科举制度，建立了新式学堂并派遣大量学生出国留学。
科举制的终结不仅是帝国体制终结的先兆，而且标志着中国传统德治的衰落。所谓的“政统”与“道统”、中央与地方、国家与社会的整合开始成为长期困扰中国社会的一个严重问题。
笔锋常带感情的梁启超在论及其所生之时代时曾写下这样激昂的文字：
今日之中国，过渡时代之中国也。……中国自数千年来，常立于一定不易之域，寸地不进，跬步不移，未尝知过渡之为何状也。虽然，为五大洋惊涛骇浪之所冲激，为十九世纪狂飙飞沙之所驱突，于是穹古以来，祖宗遗传、深顽厚锢之根据地，遂渐渐摧落失陷，而全国民族，亦遂不是不经营惨澹，跋涉苦辛，相率而就于过渡之道。故今日中国之现状，实如驾一扁舟，初离海岸线，而放于中流，即俗语所谓两头不到岸之时也。
语其大者，则人民既愤独夫民贼愚民专制之政，而未能组织新政体以代之，是政治上之过渡时代也；士子既鄙考据词章庸恶陋劣之学，而未能开辟新学界以代之，是学问上之过渡时代也；社会既厌三纲压抑虚文缛节之俗，而未能研究新道德以代之，是理想风俗上之过渡时代也。语其小者，则例案已烧矣，而无新法典；科举议变矣，而无新教育；元凶处刑矣，而无新人才；北京残破矣，而无新都城。
科举既废，法典未成，中国在过渡时代付出了巨大代价。钱穆在《中国历代政治得失》一书中是这样评价废科举事件的：“无论如何，考试制度，是中国政治制度中一项比较重要的制度，又且由唐迄清绵历了一千年以上的长时期。
中间递有改革，递有演变，积聚了不知多少人的聪明智力，在历史进程中逐渐发展，这决不是偶然的。直到晚清，西方人还知采用此制度来弥缝他们政党选举之偏陷，而我们却对以往考试制度在历史上有过上千年以上根柢的，一口气吐弃了，不再重视，抑且不再留丝毫顾惜之余地。那真是一件可诧怪的事。”
事实上，我们不能一味否认科举制度在历史上的意义和作用，科举制度在中国历史上承负着整合传统社会生活，并维系社会内部的文化生态平衡的功能。它对传统中国的政治、文化、思想、教育、经济与社会生活的运行均起到枢纽与调节作用。
中国传统社会的精英阶层，主要是由地主、士绅与官僚这三部分构成的。这些社会阶层各自在经济、文化与政治上承担着维系社会生命体的组织功能。这三个社会阶层之间事实上存在着一种独特的横向流动。而这种阶层之间的社会流动，主要是由科举制度来实现的。例如，地主与庶民子弟可以通过科举考试，取得秀才、举人这样的士绅身份，士绅则又可以进一步通过更高层次的科举考试而成为官僚政治精英。
而官僚精英则可以利用自己的权势与影响，通过所授予的职分田以及通过购置田产，进而在经济上成为士绅地主。在传统中国社会里，由于官僚的身份不是世袭的，而一个官僚在退出仕途之后，在传统中国约定俗成的财产继承方式的制约下，他的田产又在几个儿子中均分，这样，其后人则很容易在二代、三代以后又下降为平民。而平民又可以通过科举考试进而取得功名，从而再次进入上述地主、士绅与官僚之间的精英循环过程。
据余英时考证，当时朝臣奏罢科举的一个主要理由是说它“阻碍学堂”，当时的社会舆论是以现代学校取代科举制度，士绅基本上都是持这样的看法。事实上，科举的起源与存续正是出于士绅阶层的要求，制度的设计与改进也操在他们的手中。
晚清的士绅阶层，无论在政治取向上是渐进的或急进的，都知道传统体制已绝不足应付“三千年未有之变局”。因此他们“求变、求新”的方案，彼此之间虽相去甚远，但在以现代学校取代科举这一具体问题上，却达成了一致。对此，余英时指出：
从社会结构与功能方面看，从汉到清两千年间，“士”在文化与政治方面所占据的中心位置是和科举制度分不开的。通过科举考试（特别如唐宋以下的“进士”），“士”直接进入了权力世界的大门，他们的仕宦前程已取得了制度的保障。
这是现代学校的毕业生所望尘莫及的。着眼于此，我们才能抓住传统的“士”与现代知识人之间的一个关键性的区别。清末废止科举的重大象征意义在此便完全显露出来了。
科举制的废除使朝廷失去了官僚体制自身的再造功能，朝野官民之间制度化的流通与平衡机制被破坏了。
1905年，中国历史上发生了两件大事，一是废止科举，二是同盟会成立。青年才俊纷纷出国留学，天高皇帝远，加上现代西方思想洗礼，海外留学，就不是“留学科学”，而是“留学革命”。事实上，在维新时代就产生了“新的社会类型的人”，他们不同于传统的士大夫和读书人，“他们的出现，与新颖的思想风气、新的变革的组织工具以及正在成长的社会舆论一起，构成了维新时代的主要遗产”。
最初的同盟会员，绝大多数是“游学”的新式文人。辛亥革命在一定程度上是留学生与海外移民输入的革命。而革命之后，那些受过西式教育的新兴知识分子，又成为共和政治中活跃的政治家。
废止科举从旧官僚体制中断了传统文人的仕进之路，同时也为新的共和政治准备了现代政治家。传统的知识与道德，不再能为权力提供合法性，那么就只有暴力与阴谋了。
袁世凯的保定军校、蒋介石的黄埔军校，培养了一批职业军事冒险家，他们掌握着中国的命运，主宰了军阀混战与国共战争。这正如钱穆在《中国历史上的考试制度》一文中所说，科举制“因有种种缺点，种种流弊，自该随时变通，但清末人却一意想变法，把此制度也连根拔去。民国以来，政府用人，便全无标准，人事奔竞，派系倾轧，结党营私，偏枯偏荣，种种病象，指不胜屈。不可不说我们把历史看轻了，认为以前一切要不得，才聚九州铁铸成大错”。
1904年的上海，一个敏感于时代变化的14岁少年，为了一本书而放弃功名，拒绝参加朝廷的考试。后来，这个叫胡适之的人对那个时代的新风是这样记述的：
这一年之中，我们都经过了思想上的一种激烈变动，都自命为“新人物”了。二哥给我的一大篮“新书”，其中很多是梁启超（1873—1929）先生一派人的著述；这时代是梁先生的文章最有势力的时代，他虽不曾明白提倡种族革命，却在一班少年人的脑海里种下了不少革命种子。
有一天，王言君借来了一本邹容的《革命军》，我们几个人传观，都很受感动。借来的书是要还人的，所以我们到了晚上，等舍监查夜之后，偷偷起来点着蜡烛，轮流抄了一本《革命军》。正在传抄《革命军》的少年，怎肯投到官厅去考试呢？
▌摘自《满地江湖吾尚在：章太炎与近代中国（1895－1916）》，孙德鹏（著），广西师范大学出版社授权合作稿
