于谦领导北京保卫战，打败瓦刺，迫使瓦刺放回了被俘虏的明英宗，保住了大明江山。虽然立下大功，但他却从不以此来炫耀。刚刚即位的代宗朱祁钰十分信任于谦，对他的建议几乎是言听计从。每要任用一个人，都秘密召见于谦，征求他的意见，于谦也是据实相告，无所隐讳，不避嫌怨。不仅如此，朱祁钰平时也十分关心于谦。于谦一直有痰疾，每当他发病时，朱祁钰便派太监兴安、舒良轮番去探望，听说于谦所服用的药不好时，还诏令御医制赐，甚至专门为他备下饭菜，亲自到万岁山，伐竹取沥给于谦。
本来于谦就立有大功，再加上皇帝信赖，自然招来了不少人的嫉妒，这些人拼命抹杀他的功绩，甚至连于谦举荐的人也反咬一口。罗通受于谦的荐举镇守居庸关，立下了功劳，可他不但不知感恩，却说毁于谦，上奏说；“当今这些大官们都是苟全性命保爵禄之人，憎贤忌才，光会说大话，不会干实事。”攻击的矛头直指于谦。
话说回来，罗通的指责固然是无中生有，但是，于谦自己的性格也使得他与一些大臣不和。
于谦性格非常刚直，看不起那些尸位素餐的勋旧贵戚。每遇事不如意，于谦就拊胸叹道：“此一腔热血，竞洒何地！”他对官场恶气、士大夫们的自私自利、妒贤忌才、争权夺利、贪婪无耻等丑陋面目非常厌恶，因此遭到这些人的忌恨。
朱祁钰当了皇帝后，便盼望帝位能传给亲生儿子朱见济，但他自己无法提出更换太子的要求。景泰三年(1452年)，朱祁钰终于想出了收买大臣的“妙计”：赐给内阁大臣大量的黄金和白银，并升了他们的官职，想让大臣们提出更换太子的要求。不久之后，广西的一位地方官犯法当死，为了保命，情急之下，竞密奏朱祁钰，请求更换太子。朱祁钰正发愁无人提此建议，看过奏章，万分欣喜，说道：“万里之外，乃有此忠臣！”马上令礼部会同群臣集议。
一些大臣，如陈循等很快签字画押，朱祁钰还迫使吏部尚书王直、于谦、御史左鼎等人都签了名，终于以合法程序废掉英宗之子太子朱见深，立自己的儿子做太子，大臣们也因此被加官晋级。这本来是皇家斗争的事，只要接受就行了。于谦却再三辞让，朱祁钰认为于谦对自己换太子的举动不满，逐渐疏远了于谦，始终末让于谦进入内阁。
这时，有些人看到于谦逐渐失去了朱祁钰的信任，便开始勾结在一起密谋陷害于谦，要置于谦于死地。其中最主要的有这样几个人：徐有贞、石亨和曹吉样。当年瓦刺军进攻北京城的时候，徐有贞主张南迁，当时就遭到了于谦的严厉斥责，因此徐有贞开始痛恨于谦，后来于谦立了大功，又得到了新皇帝的信任，徐有贞更是既痛恨又妒嫉。
总兵石亨功劳不如于谦，却被封侯，因而内心有愧，便举荐于谦长子于冕做官。在石亨看来，我推荐你的儿子做官，你就算不同意也得有所表示吧。于谦的表现大出石亨意料之外。于谦上书痛斥石亨：“现在正是国家多事之秋，大臣不应该顾及私人恩惠。而且石亨身为大将，没听说他举荐贤士与战将来为国家出力，反而独独推荐臣的儿子，这难道是公论吗？臣一向反对冒领军功，决不敢以子滥功。”
虽然于谦是个大功臣、大贤臣，但是，这件事于谦做得过火了。人家推荐你的儿子，你不答应就算了，顶多私下里说一说，你却非要在皇帝面前说推荐人的不是，你说石亨窝火不窝火？从此，石亨痛恨起于谦来了。于谦又少了一个援军。
景泰八年(1457年)正月，石亨、徐有贞、曹吉祥等人发动夺门之变，拥英宗复位。因为拥立有功，石亨等人成了英宗面前的红人，大权在握，他们想到的第一件事就是除掉于谦，以解心头之根。他们马上逮捕了于谦、王文等朱祁钰时期的重臣，并指使同党弹劾于谦密谋迎立外藩袭王的儿子为帝，但无论如何也找不到证据，只能勉强以“意欲”迎立外藩袭王的儿子为帝的罪名诬判二人谋逆，处以极刑。
法司对二人严刑拷打，王文极力进行辩解，于谦却笑道：“亨等意耳，辩何益？”后来案件被提交给英宗时，英宗有些犹豫，说：“于谦实有功。”徐有贞马上说：“不杀于谦，此举为无名。”英宗听了，想到自己这次复辟也不是很光彩，于是就批准了对于谦和王文的判决。
景泰八年(1457年)正月，于谦被杀，时年六十岁。抄没家产时，发现于谦家里根本没有钱，只有一些书而已。都督同知陈逵冒死收殓于谦尸体，裴太监秘密护送于谦少子逃往河南。天顺三年(1459年)，于谦之婿、千户朱骥扶送于谦灵抠回到故乡，葬于西湖三台山麓。
于谦从入宦途时起，廉洁正直，爱国爱民，在政治上卓具识见，并有所建树；而他在抵御瓦刺入侵时所发挥的作用，在当时对于保卫人民生命财产和北方经济的发展，更有巨大的贡献。于谦的功绩是不朽的，他是我国历史上值得后人纪念的一位英雄人物。
