疫情暴发后，想要控制疾病传播，最重要的莫过于将病毒检测的假阴性率降至最低。在今天刊登的几篇日记中，史隽老师记录分析了关于病毒检测的诸多信息。
撰文 | 史隽
原标题：《117疫情观察 | 史隽·波士顿篇·Ⅱ》
3月25日 周三
MA累计确诊 1838例
昨晚睡觉前听到哥伦比亚大学著名流行病学家W. Ian Lipkin感染了新冠病毒的消息，非常震惊。
来源：NBC news
Lipkin教授被称为世界领先的“病毒猎人 (virus hunter)”。他还是史蒂文·索德伯格（Steven Soderbergh）2011年的电影《传染病》（Contagion）的首席科学顾问。
在2003年非典时期，他受中国科学家和政府官员的邀请来到中国，帮助制定了控制病毒传播和减少感染的策略。2003年4月，他直接从患者的肺组织中测序出一段SARS冠状病毒 (SARS-CoV-1) 的序列并且研发出了首个针对SARS冠状病毒的敏感诊断测试。钟南山院士就是在他的建议下，把非典定义为病毒感染，改变了国内按细菌来治疗的政策。
非典过后，他与中国的科学家和政府官员紧密合作，帮助中国加强公共卫生体系。他帮助建立了上海的巴斯德研究所、北京的新国家疾病控制中心和广州市生物医学与健康研究所。
这次1月底2月初，他也去了中国。虽然不能去武汉，还是在广州和北京呆了一段时间。
钟南山院士和Lipkin教授在广州机场 (来源：哥伦比亚大学官网)
来源：China Daily
我记得很清楚，2月17日下班开车回家，听到了美国电台NPR对他的采访。那是他回到纽约，在家隔离的最后一天。采访里他说：新冠病毒和SARS病毒一样，起源于野生动物；测序结果表明它可能来自蝙蝠，通过某种中间宿主，可能是小型哺乳动物，传染到人。他还强调了，目前没有证据证明这种病毒可能起源于生物实验室或者是某种生物武器。
他认为当前最重要的事情是研发一个灵敏的检测方法，可以找出无症状感染者，而不是用辐射很大的CT来检测病人。这样才能有效的控制扩散。
现在的大多数测试只能用于已经生病并出现症状的患者，只有这类患者才能测得准确结果。
就在3月19日，Lipkin教授的团队宣布研发出了一个敏感的测试方法，可以检测到无症状或者轻症状COVID-19患者体内的少量病毒。重要的是，这种被称为C3 (CII COVID-19Coronavirus Assay) 的新测试可以减少假阴性和假阳性率，不仅减少了不知不觉传播病毒的人的数量 (假阴性)，而且减少了不必要的医疗资源浪费 (假阳性，即隔离或治疗因其他原因生病的人)。可惜该测试虽然灵敏，但目前仅限于研究使用，还没有大规模用于排查。
最小化假阴性率对于控制疾病传播至关重要。这个新检测法对新冠病毒的特异性很高，不会与其他病毒发生交叉反应，从而导致假阳性，导致不必要地隔离患者。
他认为目前控制疫情最好的工具是隔离 (isolation) 和限制 (confinement)。
Lipkin教授在接受采访的时候说：“如果我会感染新冠病毒，那么谁都有可能会感染。”
If it can hit me, it can hit anybody. That’s the message I want to convey.
1952年出生的Lipkin教授已经68岁，希望他能早日康复。
马萨诸塞州的确诊人数突然增加了很多，似乎已经进入指数增长期。州长宣布学校将一直关闭到5月4日。
FDA又紧急批准使用了两个COVID-19诊断测试：
1) 由Mesa Biotech公司开发的手持式仪器 (见下图)
2) 由BioMérieux的子公司BioFire与美国国防部合作开发的全自动检测法，可以在约一个小时内提供结果。
来源：FierceBiotech
https://www.fiercebiotech.com/medtech/fda-authorizes-hand-held-covid-19-diagnostic-test
同时，FDA也发警告提醒大家：
消费者应谨慎购买或使用卖方声称有助于诊断、治疗、治愈或预防COVID-19的产品。
目前尚无FDA批准的预防或治疗COVID-19的疫苗和药物。
使用欺诈性的产品可能会导致人们延迟或停止适当的治疗，并可能危及生命。
来源：CNBC
https://www.cnbc.com/2020/03/25/fda-warns-consumers-against-fraudulent-coronavirus-tests-vaccines-and-treatments.html
3月26日 周四
MA累计确诊 2417例
Trump昨天发了一条twitter，说：“到目前为止，美国做的‘新冠病毒测试’已经远远超过任何其他国家！实际上，在过去八天的时间里，美国进行的测试要比韩国（过去被认为是非常成功的测试的国家）在八周的时间内做的测试更多。“
在之后的新闻发布会上，他又把这点说了好几遍。
然而，总统做的比较并不科学。流行病学家做比较通常使用的是人均检测率，测试的绝对数量不是很有意义。
尽管美国在冠状病毒检测的总数上超过了韩国，但鉴于美国人口是韩国的六倍多，因此美国的人均检测量却少得多。
截至昨天 (3月25日)，根据韩国CDC的报告， 5100万人口的韩国进行了357,896项新冠病毒测试。（数据来源：https://www.cdc.go.kr/board/board.es?mid=a20501000000&bid=0015）
相比之下，美国基本属于各州自治，每个州单独统计汇报自己的测试数据，有几个州不报告阴性结果数量或结果待定的测试数量，所以很难准确地统计美国到底有多少人接受了新冠病毒测试。
《大西洋》（The Atlantic）杂志的撰稿人Alexis Madrigal领导了一个有100多名成员的义工小组，汇总了各州政府网站和政府官员提供的数据，汇报在Covid Tracking Project上。根据他们的统计，截至昨天 (3月25日)， 3.29亿人口的美国进行了至少418,810项新冠病毒测试。（数据来源：https://covidtracking.com/data/）
根据这些数据，韩国的人均检测率是1/142，而美国只有1/786。
要达到韩国测试的覆盖面，美国还要测很多才够。
师兄发来他在超市买东西的照片，排队结账每人间隔至少2米，落实了媒体天天唠叨的“social distancing”。
摄影 | 安德鲁鱼
3月27日 周五
MA累计确诊 3240例
FDA又紧急批准使用了一个新的检测方法：由雅培 (Abbott) 公司开发的、目前最快的新冠病毒测试 (Abbott ID NOWCOVID-19 test)，阳性结果5分钟可以读出，阴性结果13分钟可以读出，而且体积小巧便携，几乎可以在任何医疗环境中使用。
该技术基于雅培的ID Now平台。这个平台是美国目前最常用的即时检验仪器，全美大约有18,000多个这样的重量不到7磅的小机子，广泛用于检测流感、链球菌性喉炎 (strep throat) 和呼吸道合胞病毒 (respiratory syncytial virus，一种引起感冒症状的常见病毒)。
上周，雅培公司的m2000 RealTime系统也获得了美国FDA的紧急批准使用， 用于医院和分子实验室诊断感染。这个系统每周最多可以进行100万次测试，但是需要的时间更长。
雅培公司计划从4月1日开始每天提供50,000个ID Now测试，两个系统加起来，每月至少提供500万次测试。
ID Now系统是雅培公司2016年2月份收购的Alere公司开发的。其检测原理是：将病人的鼻或咽拭子样本与化学溶液混合，病毒破裂从而释放RNA；将这个混合物插入ID Now系统中，通过等温核酸扩增技术结合转录介导，可以定性测微量的RNA，扩增大约150碱基的小段，这一小段是新冠病毒的特异序列，不同于其他病毒。如果样本里面有新冠病毒，扩增5分钟以后就能产生足够的信号，可以判断为阳性。而如果扩增13分钟以后仍然没有信号可以判断为阴性。
和师兄们研究了一晚上这背后的黑科技，最后还是有些细节不甚明白。感觉虽然速度快，但不如传统的RT-PCR方法严谨，没有一个很好的control来确保取样过程可能会有的问题，假阴性率也会高一些。
但不可否认，即时临检 (Point-of-care testing) 在疫情大面积暴发的时候还是有很大的优势的。
雅培病毒检测机 (来源：Abbott Laboratories雅培实验室)
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