可供选择的问题很多，但是要挑出最合适的问题并不容易，假设真理机器的回答是详细的，而不是仅限于回答“是”和“否”的话，我们可以这么问：
问题一：宇宙大统一公式或者模型是什么？
从人类文明的发展史来看，科学文明的每一次巨大进步，都是科学技术带来的，比如第一工业革命号称蒸汽时代，第二次工业革命号称电气时代，第三次工业号称科技时代（包括生物技术、航天技术、微电子技术等等）。
从本质上说，第一、第二次革命是建立在牛顿力学之上的科学技术，第三次革命是建立在量子力学、相对论之上的科学技术，基础科学理论的突破往往伴随着技术上的巨大进步，物理学的终极梦想就是统一场论，所以提问统一场论的终极公式或者模型是没有问题的，至于把理论转化为技术就是人类要做的事了。
问题二：能解释宇宙大统一公式的数学理论是什么？
我们光有统一场论的终极公式还不行，还需要一个重要的工具“数学”，科学历史上，物理学革命往往都是要等相应数学理论建立之后才有的，比如牛顿力学需要微积分，广义相对论需要黎曼几何，量子力学需要复分析、概率性、代数几何等等。
问题三：如何才能破解生物遗传密码？
在所有基础理论当中，生物学与人类的关系最为密切，而生物学最终极的目标，就是破解生物基因密码，如果我们能从生物基因排列，推导出生物最终的表达形式，那么对于癌症、病毒、生老病死等等都不再是问题，我们甚至能够定向编辑基因，在短时间内完成人类在自然状态下，要花费数百万年才能完成的进化。
三个问题，分别涉及生物学、物理学和数学，或许能对人类社会提供最大的帮助；当然你也可以取巧，舍弃一个问题来反问机器：
问题：如果有一台只有两次提问机会的真理机器，如何提问才能最大化对人类社会的贡献？
在朱迪·福斯特主演的经典科幻片《超时空接触》当中，也有一个好问题，就是主演乘坐超时空机器去见已经存在数亿年的外星人前，对方说假设只允许你问他们（外星人）一个问题，你将问什么？
朱迪·福斯特回答道：你们怎么做到的？怎么度过技术文明的青春期，而没有自我毁灭？
这也是一个非常好的问题，人类目前面临最大的问题，其实就来源于自身，科学技术高速发展，核武器、生物武器等等都有可能让人类自我毁灭。
另外，我们还考虑一种情况，就是真理机器只能回答“是”或者“否”，并不对答案做任何解释，那么可以考虑这么几个问题：
照着人类目前的情况发展下去，人类文明会被自身毁灭吗？
科学技术能让人类在走出银河系吗？
宇宙中（或者银河系中）存在人类之外的其他高级文明吗？
造物主存在吗？
物理学终极理论存在吗？
……
至于选哪三个我也拿不准，但是提问的关键在于，无论真理机器回答“是”或者“否”，都要对人类文明的发展和科学研究起着指导作用。
